Поиск кротов

Обновлено: 23.11.2024

Последняя версия

Скачать здесь. Сейчас поддерживается только macOS.

Что такое Крот?

Mole (鼹鼠) – это инструмент управления документами Markdown.

Чем Крот не является?

  • Mole – это не еще одно продвинутое приложение для письма, которое позволяет вам делать в нем все, а за его пределами – меньше всего.
  • Mole — это не просто красивый редактор Markdown. Mole не предоставляет никакого редактора вместе с ним. Наслаждайтесь своим любимым.
  • Mole не владеет вашими документами. Крот сам является их читателем. Ваши тексты находятся в простых файлах Markdown в папках на диске.
  • Mole не планирует предоставлять много функций, связанных с одним документом. Экспортировать документ в pdf или HTML? В вашем редакторе уже должна быть эта функция.
  • Mole не требует от вас работы с документами в нем. Он просто предлагает альтернативные подходы. Вы определенно можете работать с файлами непосредственно в Finder или с другими инструментами, или даже с Mole параллельно. Если файл будет изменен, Mole узнает об этом.
  • Mole не принуждает вас добавлять какие-либо определенные метаданные в ваш файл Markdown, хотя это и рекомендуется.
  • Mole не заботится о папках. Речь идет только о файлах. Категория объявляется так же, как и в метаданных, и не обязательно должна совпадать с именем папки, в которой находится файл.

Крот для вас, если

  • Вы любите Markdown. Вы пишете в этом формате почти все, кроме бумажного любовного письма (или это также может быть печатный файл Markdown).
  • У вас есть любимый редактор уценки, и он может меняться по мере появления новых лучших редакторов.
  • Вы перепробовали множество способов управления своими письменными материалами (технические заметки, статьи в блогах, обзоры чтения, идеи, романы и т. д.), в том числе интегрированные приложения для создания больших заметок, однако после нескольких лет боль), ты до сих пор волнуешься:
    • Приложениям нравится изобретать свой собственный закрытый формат файла, который могут интерпретировать только они сами, поэтому всегда непросто экспортировать ваши статьи по своему желанию, даже если в меню есть функция экспорта.
    • Чем больше вы пишете с помощью приложения, тем больше вы на него полагаетесь. Подумайте, может ли приложение перестать обновляться и стать бесполезным через 5 лет, или компьютер Apple устарел и заменен новым устройством, из-за чего личные документы трудно прочитать?
    • Редактор, предоставляемый приложением, часто хорош, но не является вашим любимым.
    • Вы устали снова преобразовывать все тексты в новое приложение, однако старое уже не устраивает.

    Наконец вы понимаете, что для этого не существует идеального приложения. Вы можете обратиться к простому и глупому методу, то есть к созданию простых текстовых файлов в папках, расположенных на диске. И как ни странно, это работает безболезненно.

    Давайте посмотрим, как это работает. Далее все ваши документы называются примечаниями для удобства.

    • Организация заметок: заметки могут быть сгруппированы в подпапки с понятными именами, которые обычно можно рассматривать как категории.
    • Примечание при просмотре: используйте Finder, он достаточно удобен, особенно при просмотре столбцов. Вы можете переключаться между подпапками и быстро просматривать имена файлов.
    • Создание заметки: скопируйте существующий файл и начните его изменять. Или вы можете написать простой скрипт bash, чтобы сделать это следующим образом
    • Редактирование заметок. Используйте свой любимый редактор Markdown. Это удовольствие.
    • Удаление заметки: выполняется в Finder.
    • Поиск файлов заметок по тегам. Вы можете добавлять теги к файлам в Finder вручную. Но это не очень хороший способ, потому что эта информация существует вне самих текстов. Вы потеряете его при копировании файлов или переустановке системы. В качестве решения я добавляю некоторые метаданные в текст в качестве вводной части, что будет объяснено позже.
    • Поиск в содержимом заметки: Spotlight в MacOS по умолчанию не индексирует файлы Markdown, и это не так просто взломать, потому что файл конфигурации Spotlight «запрещен» macOS. Конечно, это можно сделать с помощью некоторых команд терминала. Но это не удобно для обычных пользователей.
    • Быстрый просмотр: сделано в Finder. Для этого нужно что-то установить.
    • Операции, связанные с редактированием одного документа: выполняются вашим редактором. например экспорт в другой формат, печать…
    • Другие требования:
      • Синхронизировать с облаком: поместите папку в Dropbox
      • Шифрование: используйте такие инструменты, как Boxcryptor
      • Опубликовать заметку как публикацию Jekyll: для этого требуется выполнить несколько шагов: скопировать заметку в папку записи Jekyll, переименовать файл записи, добавить/изменить некоторые метаданные в заголовке… Выполняется вручную или с помощью скрипта.

      Итак, вывод: Это почти окончательное решение, хотя и не очень эффективное для некоторых заданий, а для обычных пользователей некоторые задания невыполнимы.

      Mole предоставляет минимальный пользовательский интерфейс для реализации вышеуказанных операций, а также обеспечивает удобство и эффективность. 😄

      Метаданные в файле Markdown

      Метаданные — это верхний заголовок в тексте, в котором записана некоторая метаинформация о документе.

      Если вы добавите заметку с помощью Mole, некоторые метаданные по умолчанию будут добавлены перед вновь созданным файлом. Это title , date , category , tags и summary , а также включенные и --> , поэтому они распознаются как комментарии. Пример:

      Метаданные извлекаются и правильно отображаются с помощью Mole. Они очень полезны для получения ключевой информации о вашем документе. Взгляните на интерфейс и отношения трех тел:

      Для формата метаданных нет стандартного определения. Я рассмотрел популярные из них, такие как вводная часть Jekyll и мультиуценка, и, наконец, решил использовать блок комментариев, потому что это самый навязчивый подход. Быть включенным безопасно. Ни один редактор не должен распознавать его как часть основного содержания.

      • title : имя файла, если метаданные не существуют
      • дата: дата создания, если метаданные не существуют.
      • категория: «Без категории», если метаданные не существуют.
      • теги: пустые, если мета-примечание существует
      • резюме: сначала несколько строк текста, если метаданные не существуют

      Некоторые примечания

      • Mole требует, чтобы вы указали корневую папку, в которой хранятся все ваши документы. Папка может содержать файлы любого формата, и Mole распознает и отслеживает только файлы Markdown.
      • Поддерживаемые расширения файлов Mardown: md (по умолчанию) и markdown.
      • Когда вы добавляете заметку Mole, новый документ будет создан в подпапке с названием категории по умолчанию, т.е. root/category/title.md. Но позже вы можете переместить его по своему усмотрению.
      • Когда вы публикуете документ как сообщение Jekyll, к метаданным исходного документа будет добавлен метаданный «published: true». Преобразованный пост-документ будет помещен в указанную вами папку _post проекта Jekyll с измененным именем файла и вступительной частью, готовой к публикации.

      Благодарность

      Приложение разработано с помощью Electron. CSS изменен на основе Photon.

      Имя Крот взято из классического чешского мультфильма Кртек, который понравился моей маленькой дочери во время разработки этого приложения.

      Файл структурных данных (файл Mol/SDF) химических соединений – это неотъемлемая часть программного обеспечения, связанного с химией, для выполнения различных научных анализов. Большинство программ визуализации, а также вычислительного программного обеспечения основаны на файлах структурных данных, которые часто недоступны в Интернете. Для наших клиентов Mol-Instincts мы разработали автоматический процесс создания файла структурных данных химических соединений, доступного для загрузки в Интернете. Файл структурных данных можно мгновенно найти с помощью поиска Google, если Google их индексирует.

      Общее количество переработанных химических соединений превышает 100 миллионов. Мы будем постоянно обновлять дополнительный файл структурных данных редких химических соединений.

      Как найти файл Mol (SDF) с помощью поиска Google

      Найти файл структурных данных (файл Mol/SDF) с помощью Google довольно просто. Просто введите ваш вводимый текст и добавьте Mol-Instincts на экран поиска Google.

      Например, если вы хотите найти файл mol холестерина, просто введите
      Вы можете использовать другой текст вместо химического названия (холестерин), например номер CAS или ключ InChI, или любую другую информацию, которую вы может иметь.

      Что доступно

      В дополнение к файлу структурных данных (файл Mol/SDF), основная молекулярная информация, такая как формула, химический идентификатор, например, название IUPAC, строка SMILES, InChI и т. д., а также двухмерная и трехмерная предоставляются объемные изображения.

      Нажмите на следующую ссылку, чтобы перейти на пример страницы:

      Пример страницы

      Файл холестерина SDF/Mol — C27H46O | Мол-Инстинкты

      Google не может найти?

      Возможно, вы не сможете найти то, что ищете, с помощью поиска Google, если Google еще не проиндексировал то, что мы отправили.
      В этом случае просто используйте следующую поисковую систему, которая является одной из внутренних поисковых систем Mol-Instincts:

      Вы можете выбрать в качестве входных данных имя, номер CAS, формулу и т. д. Здесь вам не нужно добавлять «Mol-Instincts» во входные данные, поскольку в данном случае это внутренняя поисковая система Mol-Instincts.

      Информационный веб-проект Mol-Instincts

      Механизм генерации файла структурных данных (файл Mol/SDF) был разработан как часть платформы Mol-Instincts для одновременной обработки миллионов химических соединений на автоматической основе, которая выполняется на параллельной вычислительной платформе, оснащенной тысячами ядер ЦП.

      Теперь механизм применяется для создания файла структурных данных (файл Mol/SDF), доступного в Интернете, и рассчитан на то, что через несколько лет будут созданы миллиарды файлов структурных данных.

      1408, 14-й эт. AceHighTechCity 2-Cha, 25 Seonyu-ro 13-gil, Yeongdeungpo-gu, 07282 Сеул, Республика Корея.

      © ChemEssen, Inc. Все права защищены.
      Контент источников глубоких данных о химических соединениях Последнее обновление: 03.03.2022

      Некоторые издатели стремятся сделать публикации более ценными, включив в них доступ к информации о химической структуре, чтобы облегчить поиск и индексацию. Более подробная информация содержится в этом комментарии от Elsevier.

      Компания Elsevier хотела бы обогатить онлайн-статьи, визуализируя и предоставляя подробные сведения о химических структурах, которые вы определяете как основные химические соединения, описанные в вашей статье. Для этого в EES можно загрузить молярные файлы ключевых соединений. Используйте предпочитаемый инструмент рисования для экспорта химических структур в виде файлов mol и убедитесь, что они четко определены и не содержат ароматических связей, R-групп или других переменных. Представленные файлы mol будут доступны для загрузки из вашей онлайн-статьи на ScienceDirect. Кроме того, Elsevier сгенерирует ключи InChI из файлов mol и включит их в онлайн-статью, что повысит возможность поиска вашей статьи в Интернете, например. в Гугле. Ключи InChI также будут использоваться для связи статьи с дополнительными данными в Reaxys.

      Формат файла mol – это очень хорошо зарекомендовавший себя формат. Его преимущество состоит в том, что он является удобочитаемым текстовым форматом, поэтому вы можете открыть и прочитать его в любом текстовом редакторе. molfile состоит из некоторой информации заголовка, таблицы соединений (CT), содержащей информацию об атомах, а затем соединений и типов связей, он не содержит никакой информации об отображении, поэтому то, как будет выглядеть результирующая структура, будет зависеть от программного обеспечения, используемого для ее открытия. Это означает, что вам нужно будет сохранить вашу диаграмму, схемы и т. д. в собственном формате файла для вашего пакета химических чертежей, а затем экспортировать в формат файла mol при отправке. Так как вам нужно экспортировать каждую структуру в виде отдельного файла, это станет несколько утомительным, к счастью, Брайан Майерс написал сценарий Apple, который значительно упрощает процесс для пользователей ChemBioDraw.

      Сценарий показан ниже, а внизу страницы есть ссылка для скачивания. Ключевым элементом сценария является использование «идентификатора приложения», что позволяет избежать необходимости изменять сценарий для разных версий ChemBioDraw, таких как Std, Pro или Ultra. Однако, начиная с версии 13, PerkinElmer теперь владеет Cambridgesoft, поэтому в зависимости от вашей версии вам потребуется отредактировать сценарий.

      указать идентификатор приложения "com.cambridgesoft.ChemDraw" --для ChemBioDraw версии 12 или ниже

      указать идентификатор приложения "com.perkinelmer.ChemDraw" --для ChemBioDraw версии 13 или более поздней

      Обновить

      Одна из проблем с исходным скриптом заключается в том, что файл mol содержит в своей первой строке неправильное название файла (похоже, это имя шаблона документа).

      Когда вы только что запустили приложение ChemDraw или создали новый документ, заголовок будет "Без названия **", например "Без названия документ ACS 1996-1". Когда вы сохраните его как файл Mol, его блок заголовка унаследует название текущего документа «Безымянный документ ACS 1996-1».

      Было бы лучше, чтобы название molfile совпадало с именем файла, которое пользователь вводит в диалоговом окне. Один из способов добиться этого — «отредактировать» файл, а затем снова сохранить файл с тем же именем. Мы можем сделать это, добавив строку для очистки структуры, а затем сохранив ее. Простое сохранение снова не работает, файл должен быть изменен.

      попробуйте
      сохранить первый документ в ( molAttachment ) как «MDL Molfile»
      -- это необходимо для того, чтобы убедиться, что название файла mol задано правильно
      выполните пункт меню «Очистить структуру» " меню "Структура"
      сохранить первый документ в ( molAttachment ) как "MDL Molfile"
      закрыть первый документ без сохранения

      Если теперь вы посмотрите на файл mol в текстовом редакторе, вы увидите, что заголовок установлен более правильно.

      Этот сценарий прекрасно демонстрирует возможности AppleScript для автоматизации повторяющихся задач. Чтобы использовать сценарий, просто выберите структуру в схеме ChemBioDraw, а затем запустите сценарий. Вам будет предложено указать уникальное имя для файла mol, после чего сценарий создаст файл mol для вас.

      Онлайн-инструменты для файлов SDF/Mol

      Где найти FAQ (часто задаваемые вопросы) по онлайн-инструментам для файлов SDF/Mol? Я хочу использовать их для создания, проверки или преобразования.

      2020-04-16, 2005👍, 0💬

      Спецификация формата файла SDF/Mol V2000
      Что такое спецификации формата SDF (файл структурных данных) или Mol, V2000? Вот краткое изложение спецификаций формата SDF/Mol V2000: 1. Текстовый файл — SDF в текстовом файле для хранения нескольких молекулярных структур. 2. Строка-разделитель структур ($$$$). Каждая структура молекулы отделена от других символом . 16.04.2020, 1870👍, 1💬

      Что такое формат файла SDF/Mol
      Что такое формат файла SDF/Mol? SDF (файл структурных данных), также называемый файлом Mol или Molfile, представляет собой текстовый файл для представления одной или нескольких структур молекул и связанных с ними свойств. SDF был разработан и опубликован Molecular Design Limited (MDL) и стал наиболее широко используемым стандартом. 16.04.2020, 1803👍, 0💬

      cactus.nci.nih.gov - Создание файла SDF
      Что такое услуга генератора SDF, предоставляемая cactus.nci.nih.gov? Сервис генератора SDF, предоставляемый cactus.nci.nih.gov, позволяет вам генерировать SDF (файл структурных данных) из любой заданной молекулы в строке SMILES (упрощенная система ввода данных для молекулярного ввода). Чтобы использовать службу генератора SDF, вам нужно n. 16.04.2020, 1313👍, 0💬

      cactus.nci.nih.gov/translate — Преобразование в/из SDF
      Что такое переводчик cactus.nci.nih.gov/translate SDF? pubcactus.nci.nih.gov/translat Переводчик eSDF позволяет переводить файлы SDF из файлов других типов, включая SMILES, SD, MOL и т. д., и в них. Онлайн-инструмент SDF — pubchem.ncbi.nlm.nih.gov Для получения дополнительной информации , посетите cactus.nci.nih.gov/translat. 02.02.2021, 1266👍, 0💬

      sdf2svg - PHP-скрипт для преобразования SDF в SVG
      Как преобразовать преобразование SDF в SVG (масштабируемую векторную графику) с помощью PHP-скрипта "sdf2svg"? Я хочу увидеть структуру молекулы в виде файла SVG. Если вы хотите преобразовать молекулярные структуры в формате SDF в формат SVG (масштабируемая векторная графика) для непосредственного просмотра на веб-страницах, вы можете загрузить и установить. 16.04.2020, 948👍, 0💬

      Преобразование SDF в SVG с помощью Open Babel
      Как преобразовать Преобразование SDF в SVG (масштабируемую векторную графику) с помощью Open Babel? Я хочу увидеть структуру молекулы в виде файла SVG. Если вы хотите увидеть структуру молекулы, указанную в файле SDF, вы можете преобразовать ее в файл SVG (масштабируемая векторная графика) с помощью инструмента «Открыть Babel». 1. Загрузите а. 16.04.2020, 859👍, 0💬

      Что такое CTfile и CTAB
      Что такое CTfile (файл химической таблицы) и CTAB (таблица соединений)? CTfile (Chemical Table File) относится к шести форматам файлов, которые используются для хранения химической информации в виде таблицы. Все форматы CTfile имеют общую структуру, называемую CTAB (таблица соединений), которая описывает структурные отношения. 16.04.2020, 645👍, 0💬

      Где найти часто задаваемые вопросы о молекулах? Я хочу больше узнать о молекулах. Здесь.

      Как конвертировать конвертировать SDF в SVG (масштабируемую векторную графику) с помощью PHP-скрипта "sdf2svg"? Я хочу с.

      Где найти часто задаваемые вопросы о молекулах? Я хочу больше узнать о молекулах. Здесь.

      Как конвертировать конвертировать SDF в SVG (масштабируемую векторную графику) с помощью Open Babel? Я хочу увидеть мол.

      Читайте также: