Не удалось открыть входной файл

Обновлено: 24.11.2024

Когда я пытаюсь сопоставить свои файлы fastq в STAR, я получаю сообщение об ошибке:

Однако я проверил правильность имени и каталога этого файла, поэтому я не вижу проблемы? Может ли кто-нибудь помочь? Большое спасибо!

Можете ли вы сделать ls -l для тех файлов, где вы выполняете команду STAR, и опубликовать вывод этой команды здесь? спасибо

Если вы запустили STAR в этом каталоге, то здесь нет файлов данных. Скорее всего, вы должны находиться в одном каталоге вверх (или где-либо еще файлы данных).

Извините за глупый вопрос, но если команда STAR не запустилась из-за ошибки, почему файлы все равно должны быть там?

ВЫХОД: из-за фатальной ошибки файла INPUT: не удалось открыть файл для чтения: Day-30-R3_S3_L008_R1_001.fastq.gz

Команда STAR не была запущена, потому что программа не смогла открыть ваш файл данных, как указано в ошибке, которую вы указали в исходном вопросе. Таким образом, имя файла может быть правильным, но этот файл отсутствует в каталоге, в котором вы выполнили команду. Вам необходимо указать полный/относительный путь к местоположению, где этот файл находится /path_to/Day-30-R3_S3_L008_R1_001.fastq.gz, или перейти в каталог, где находятся файлы данных, а затем повторно выполнить команду.

Я думаю, проблема возникла в GenoMax. Чтобы ответить на ваши вопросы, сгенерированные файлы в основном представляют собой файлы журналов (в которых вы, вероятно, снова найдете сообщения об ошибках и введенную вами команду). Файл Aligned.out.sam , который является первым результатом, который вы должны получить, действительно пуст (см. 0 в пятом столбце ваших выходных данных), и он пуст, потому что STAR не смог найти прочитанный файл. Попробуйте последовать совету GenoMax и либо запустить star из папки, в которой у вас есть файл Day-30-R3_S3_L008_R1_001.fastq.gz, либо (предпочтительнее) запустить STAR из пустой папки, но указать полный путь к имени файла.

Привет, у меня точно такая же проблема. Я нахожусь в каталоге со своими файлами .fq и считаю, что все мои пути указывают на соответствующий каталог, но получаю ту же ошибку.

ВЫХОД из-за фатальной ОШИБКИ ввода: не удалось открыть readFilesIn=/Users/toddugine/Desktop/STAR/Trimmed_filtered/Ant_mChol_R1_trimmed.fq,

Это первый файл в списке из 22 файлов .fq.

Я запустил ls -l и получил следующее

Вы можете опубликовать полную командную строку?

Это многострочный ввод и однострочный ввод для fastq? Кроме того, есть несколько образцов, и для каждого образца есть R1 и R2. Проверьте правильность ввода для нескольких образцов и парных чтений.

Это не вопрос эффективности. Вам необходимо следовать указаниям, необходимым для указания файлов. У вас не может быть пробелов вокруг запятых, разделяющих имена файлов. В руководстве STAR указано следующее:

В одном задании можно сопоставить несколько образцов. Для чтения с одного конца используйте список, разделенный запятыми (без пробелов вокруг запятых), например. --readFilesIn sample1.fq,sample2.fq,sample3.fq. Для парного чтения используйте список, разделенный запятыми, для read1 /пробел/список, разделенный запятыми, для read2, например: --readFilesIn sample1read1.fq,sample2read1.fq,sample3read1 .fq sample1read2.fq,sample2read2.fq,sample3read2.fq.

Это одностороннее чтение, а не парное. И R1, R2 и т. д. являются репликами для каждого лечения/состояния. Я думал, что чтение их всех сразу было бы более эффективным. Кроме того, он отказывается принимать самый первый набор данных. Возможно, я попробую только один образец и посмотрю, смогу ли я заставить его работать.

R1, R2 и т. д. являются повторами для каждого лечения/состояния

R1/R2 в именах файлов имеют особое значение для парных данных Illumina. Они представляют собой два чтения с двух концов набора фрагментов. STAR будет ожидать, что это так, и мне интересно, не сбивает ли это с толку, поскольку у вас есть односторонние данные.

Если R1/R2 в именах представляют реплики в вашем случае, попробуйте переименовать файлы, чтобы они говорили что-то вроде rep1 вместо R1.

Кроме того, я удалил все запятые "," и перезапустил весь сценарий со всеми репликами, и я больше не получаю сообщение об ошибке ниже. Я думаю, он ожидал, что в конце имени файла будет запятая.

ВЫХОД из-за фатальной ОШИБКИ ввода: не удалось открыть readFilesIn=/Users/toddugine/Desktop/STAR/Trimmed_filtered/Ant_mChol_R1_trimmed.fq,

Однако теперь я получаю сообщение "Ошибка сегментации: 11", и программа не запускается.

каков размер генома и как вы создали индексы?

400 МБ, и я использовал STAR для создания массивов индексов/суффиксов.

Посмотрим. Я добавил запятую обратно между каждым файлом, удалил пробел и запустил код С R1, R2, R3, b/c Я еще не видел этого сообщения.

Он запущен и завершен.

Можно ли предположить, что b/c я ввел его как один конец (через запятую, без пробела), что мой Aligned.sortedByCoord.out.bam в порядке? или мне нужно повторить?

Любой ЦП, использующий этот набор инструкций, может запускать одни и те же двоичные файлы. Такие расширения, как SSE, делают это несколько неверным, но они лишь добавляют новые инструкции, а не новые.

Vscode Windows: не удается открыть выходной файл Test.Exe: в доступе отказано 12 ответов. Нажмите кнопку запуска Windowsn. В поле с надписью Поиск программ и файлов.

Как использовать сбои Python при попытке просмотра файлов EXR в PYQT5. Использование привязок OpenEXR Python для доступа к вопросам для тега openexr. Ответы Quabr, которые мы находим, Crypto.

Я следую процедуре, чтобы открыть разрешения и проверить файлы как исполняемые, но когда я Funkin X Ошибка неудачного запроса: целочисленный параметр BadValue вне.

Больше никаких зависаний, если не удается открыть файл malloc.log. Среды без функции vsnprintf могут снова собрать nasm. Инструкции AMD LWP обновлены.

Ответы Quabr мы находим, что Лига арабских государств рассматривает опасные последствия действий Израиля на ежегодной встрече выпускников штаб-квартиры Paper Outline Maker Repossession | Девочки на посадке.

Выберите исходный код, который вы скомпилировали, затем нажмите ОЧИСТИТЬ ПРОЕКТ. Сборка исходного кода будет повторена. Тогда вы можете избавиться от этой фатальной ошибки или.

Ответы Quabr мы находим Исследуйте теги вопрос о сборке руки и fasm hello.asm flat assembler версия 1.70.03 1048575 килобайт памяти Чтобы получить файл .exe.

NASM/C: Как узнать время? Как собрать в плоский двоичный файл только машинный код без метаданных объектного файла? продолжайте получать повторяющиеся смайлики.

Второе это наводит меня на вопрос: почему ret так себя ведет? Инструкция RET просто извлекает адрес возврата из стека. Лоулор Когда пишешь по-настоящему.

nasm: фатально: невозможно открыть входной файл, но файл существует? Хорошо, поэтому я попытался открыть два файла: первый файл с именем test.asm, который я создал с помощью echo mov ax5 .

Netwide Assembler Netwide Assembler — это ассемблер и дизассемблер для архитектуры Intel x86. Его можно использовать для записи 16-битных, 32-битных и 64-битных файлов.

В программном обеспечении переполнение стека происходит, если указатель стека вызовов превышает границу стека. Стек вызовов может состоять из ограниченного объема адресного пространства.

NASM в интересах полной переносимости исходного кода не делает этого. понять файл, заставить NASM предварительно обработать входной файл, развернуть все макросы.

Если NASM не может выполнить автоматическую настройку, вы все равно можете заставить его скомпилироваться, заставив NASM предварительно обработать свой входной файл, расширив все ссылки на макросы.

Переполнение стека pwntools Мы видим буфер, которому выделено 100 байт. 16 сентября 2017 г. Следующее, что нужно сделать, это использовать pwntools, чтобы передать начальное значение этому.

Любые ответы, связанные с тем, что не удалось открыть входной файл composer.phar laravel firebase deploy Подробная трассировка стека: Ошибка: ENOENT: нет такого файла или.

Теперь на вкладке локальных файлов вы должны нажать «Проверить целостность игровых файлов». Нажмите OK, чтобы закрыть реестр Re Fatal Error не может открыть входной файл.

Поэтому я продолжаю получать эту ошибку при попытке скомпилировать код C++ с помощью CodeBlocks. не удается открыть выходной файл [имя_файла.exe]. Отказано в разрешении. Это только.

asm nasm: фатальный: невозможно открыть входной файл tmp32dll\x8664cpuid.asm' NMAKE: фатальная ошибка U1077: 'C:\Dev\nasm\nasm.EXE': код возврата '0x1' Стоп.

Программист-любитель начинает работать с языком ассемблера здесь, и у меня возникла небольшая проблема. Всякий раз, когда я пытаюсь создать объектный файл в.

Языки программирования Скачать бесплатно в формате PDF File.pdf Text File.txt или и менее подвержены человеческим ошибкам, чем использование машинного языка, но потому что.

Если вы не знаете, какой сертификат личного тренера выбрать, я предлагаю вам пройти тест, чтобы узнать, какой сертификат лучше всего подходит.

Тип: Отладчик Получить сообщение об ошибке /usr/bin/ld Не удается открыть выходной файл ОС и версия: Windows 10 1903 Версия кода VS: 1.34.0 Расширение C/C++.

Это наводит меня на мысль, что блокнот каким-то странным образом форматирует файл или что-то в этом роде, и я понятия не имею, как это исправить. Я бы очень хотел.

У меня есть следующее задание: реализовать приложение Java Swing, которое позволяет добавить новый прямоугольник, описываемый координатами X Y и сторонами a и b.

не удается открыть выходной файл debug\Filename: Отказано в доступе. В Windows 7 я использовал Qt 5.12.6 с Qt Creator 4.10.2 IDE и компилировал с помощью.

Всем АОА! Я продолжаю получать сообщение об ошибке nasm: fatal: невозможно открыть входной файл в dosbox всякий раз, когда я пытаюсь открыть файл my.asm. Кто-нибудь может помочь?

введите здесь описание изображения. Я устал запускать базовый код CPP при получении vscode. Ошибка: невозможно открыть тестовый выходной файл.exe: Отказано в доступе.

Всякий раз, когда я пытаюсь создать объектный файл в nasm, я получаю сообщение об ошибке, что не удалось открыть входной файл. Однако всего несколько минут назад.

сообщение: Fatal: невозможно открыть входной файл hello.asm. Я думаю, что причина, по которой он не был найден, заключается в том, что я указал не тот каталог.

Любые ответы, связанные с Не удалось открыть входной файл: codecept.phar, как исправить ошибку, не удалось открыть входной файл artisan на хосте терминала.

nasm: фатально: невозможно открыть входной файл, но файл существует? Итак, я попытался открыть два файла: первый файл с именем test.asm, который я создал с помощью.

nasm: фатально: невозможно открыть входной файл «hello.asm». Будем очень признательны за любую помощь, потому что я искал решение, но не могу.

ССЫЛКА: фатальная ошибка LNK1181: невозможно открыть входной файл Плюсы использования Да, один джентльмен на форуме Linux Mint дал мне 3 ссылки на NASM.

ld: не удается открыть файл сценария компоновщика Link.ld: нет такого файла или каталога, поэтому я предполагаю, что на самом деле должен написать nasm f elf32./iso/boot/.

Ответьте на два вопроса, связанных с этой программой. pdf из CSE 3030 at. ряд. Ассемблер X86 Программа Фибоначчи Stack Overflow 14 апреля.

nasm: фатально: невозможно открыть входной файл "hello.asm", просто он не особенно полезен в моей ситуации или не помогает решить проблему.

Sieci teletechniczne na Dolnym lsku i magistrale wiatoowodowe Quabr ответы мы находим Введение диссертации Написание UK Assignment Max.

В таком случае весь ассемблерный код должен быть помещен внутри asm <> блока. два дефиса сами по себе явно называют стандартный входной файл.

Вы можете игнорировать это. simd/Makefile.am передает тег NASM в libtool, чтобы Другим решением может быть определение версии libtool в.

Добавить поддержку набора инструкций Intel AVX512: 16 новых 512-битных регистров SIMD. Исправление переполнения стека COFF при слишком длинных идентификаторах экспорта.

NASM – это сетевой ассемблер x86/x64 с открытым исходным кодом. Он стремится быть портативным модульным и иметь простой синтаксис. 0. 0.

Ответы Quabr мы находим Редактор диссертации: Главная О Россе Губермане Legal Writing Pro В моей обзорной статье произошел плагиат.

Я постоянно получаю сообщение об ошибке nasm: fatal: невозможно открыть входной файл в Убедитесь, что файл не поврежден, проверив его в другой системе.

У NASM нет текстового редактора, поэтому вам придется вводить свой код в другом текстовом редакторе nasm: fatal: невозможно открыть входной файл F.asm'

mingw32/bin/ld.exe: не удается открыть выходной файл arup.exe: разрешение отклонено Версия VS Code: код 1.48.2 a047975 20200825T10:13:11.295Z

Происходит фатальная ошибка, которая не позволяет продолжить процесс обучения. nasm: фатально: невозможно открыть входной файл «hello.asm».

A1021U : Нет входного файла A1055E : Не удается открыть файл с ошибками "имя файла": причина A1099E : Максимальный размер стека переполнения стека структуры.

.code main PROC mov eax10000h ; EAX 10000h добавить eax40000h ; EAX 50000h LINK: фатальная ошибка LNK1181: невозможно открыть входной файл asm.exe

Не удается открыть выходной файл bin\debug\First Project.exe Отказано в доступе Я получаю это сообщение об ошибке сборки ТОЛЬКО после того, как я выполнил сборку один раз.

Nasm – это сетевой ассемблер x86/x64 с открытым исходным кодом. Он стремится быть переносимым, модульным и иметь простой синтаксис.

NASM – это сетевой ассемблер x86/x64 с открытым исходным кодом. Он стремится быть переносимым, модульным и иметь простой синтаксис.

Что такое ссылка в эссе? Используете ли вы какие-либо советы по написанию эссе? Quabr отвечает, что мы находим отель в Руанде, обзор эссе, биб.

Всем АОА! Я продолжаю получать сообщение об ошибке nasm: fatal: невозможно открыть входной файл в dosbox всякий раз, когда я пытаюсь открыть файл my.asm.

Здравствуйте, программист-любитель, начинающий работать с языком ассемблера, и у меня возникла небольшая проблема.

Я выполняю руководство по сборке и столкнулся с этой ошибкой: [icode]fatal: Unable to open include

Убедитесь, что untitled.exe не запущен, используйте диспетчер задач, чтобы завершить процесс.

"Неустранимая ошибка LNK 1181: не удается открыть входной файл "onecoreuap.lib".

Когда я пытаюсь скомпилировать исходный файл DLL в Visual 2013 с помощью набора инструментов сборки Visual Studio 2013 (V120), я сталкиваюсь со следующей ошибкой:

"фатальная ошибка LNK 1181: не удается открыть входной файл "onecoreuap.lib".

Пожалуйста, помогите, как решить эту ошибку.

Проверьте, есть ли этот файл библиотеки на вашем компьютере. Если это не так, вы, вероятно, не установили Windows SDK, который обычно предоставляет его.

Привет, Дэвид!
Спасибо за ответ.
Я уже установил Windows SDK, и файл OnecoreUAP.lib присутствует в моей системе.
Также я связал этот файл в дополнительных зависимостях в Linker и Каталоги библиотек в каталогах VC++. Но все же я получаю ту же ошибку. Пожалуйста, помогите мне, как преодолеть эту проблему.

1 ответ

Привет, Айшвария Бхат,

Спасибо за отзыв. Я создал новый проект с OneCoreUap.lib и столкнулся с той же ошибкой. Я обнаружил, что onecoreuap.lib является компонентом Windows 10 SDK. Но визуальная студия 2013 основана на Windows 8.1 SDK. Поэтому мы рекомендуем вам использовать Visual Studio 2015 или более позднюю версию.

Или вам нужно изменить эти свойства по умолчанию в Project Properties->VC++ Directorys в Visual Studio 2013:

Исполняемые пути: замените $(WindowsSDK_ExecutablePath) на C:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\bin\10.0.19041.0\x86 и C:\Program Files (x86)\Microsoft SDKs\Windows\v10. 0A\bin\Инструменты NETFX 4.6

Включить пути: замените $(WindowsSDK_IncludePath) на C:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\Include\10.0.19041.0\um и C:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\Include\ 10.0.19041.0\shared и C:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\Include\10.0.19041.0\winrt

Пути к библиотекам: замените $(WindowsSDK_LibraryPath_x86) на C:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\Lib\10.0.19041.0\um\x86

Исключить пути: замените $(WindowsSDK_IncludePath) на C:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\bin\10.0.19041.0\x86

Кроме того, вам также необходимо добавить C:\Program Files (x86)\Microsoft SDKs\Windows\v7.1A\Lib в свойствах проекта-> компоновщик -> Общие -> Дополнительные каталоги включения .

После этого сборка может быть выполнена успешно.

Если ответ полезен, нажмите "Принять ответ" и проголосуйте за него.
Примечание: следуйте инструкциям в нашей документации, чтобы включить уведомления по электронной почте, если вы хотите получать соответствующее уведомление по электронной почте для этой темы. .

gunittest не распознает локальные входные файлы для тестов при запуске с вызовом grass.gunittest.main.

Я добавил тест для r.series.interp (r61239), для которого требуются входные файлы в каталоге testsuite. Юниттест включает в себя тесты на отказ модулей и тесты с входными файлами. Когда я запускаю тест из командной строки, все в порядке:

Входные файлы не найдены, когда я запускаю тот же тест с помощью метода grass.gunittest.main:

История изменений (5)

comment:1 следующий: 3 Изменено 8 лет назад пользователем wenzeslaus

< tr >

Владелец:	изменён с grass-dev@… на wenzeslaus
Ключевые слова:	данные добавлены
Состояние:	новое → назначено

Я забыл указать где-то в документации, что все данные для тестов должны находиться в каталоге данных в каталоге testsuite. См. r.slope.aspect.

При запуске теста (файла) каталог данных копируется в текущий рабочий каталог, заданный для теста (файла), который находится в отчете о тестировании (т.е. testreport/file/path/testfilename/data ) каталог.

Согласны ли вы с таким подходом? Я решил поместить все в отдельный каталог, чтобы все было как можно организованнее.

comment:2 Изменено 8 лет назад пользователем wenzeslaus

Небольшое примечание добавлено в документацию в r61244.

комментарий:3 в ответ на: 1 ; дальше: 4 Изменено 8 лет назад huhabla

Я забыл где-то указать в документации, что все данные для тестов должны находиться в каталоге данных в каталоге testsuite. См. r.slope.aspect.

При запуске теста (файла) каталог данных копируется в текущий рабочий каталог, заданный для теста (файла), который находится в отчете о тесте. (т.е. testreport/file/path/testfilename/data ).

Согласны ли вы с таким подходом? Я решил поместить все в отдельный каталог, чтобы он был как можно более организованным.

Я согласен с вашим подходом, для меня это имеет смысл. Я обновил файл r.series.interp, чтобы использовать каталог данных.

comment:4 в ответ на: 3 Изменено 8 лет назад пользователем wenzeslaus

Ответ на wenzeslaus:

При запуске теста (файла) каталог данных копируется в текущий рабочий каталог, заданный для теста (файла), который находится в отчете о тестировании< /em> (т.е. testreport/file/path/testfilename/data ).

Возможно, можно связать каталог данных? Тогда нам не нужно копировать данные.Я ожидаю, что разработчик тестов будет писать не в каталог данных во время выполнения теста, а в текущий рабочий каталог.

Это должно быть просто и может быть даже необязательным. Платформа тестирования или пользователь также могут сделать каталог данных только для чтения, но впоследствии будет сложно восстановить разрешения. И да, разработчик тестов должен писать в текущий каталог (я думал о каком-то другом каталоге, чтобы избежать конфликтов с файлами, выводимыми тестовой средой, но он показался ненужным сжатым; если мы решим изменить его в будущем, это не должно быть сложно).

Пришли ли вы к какому-либо выводу о том, в чем на самом деле заключалась ваша проблема? Хотя возможность обойти проблему в некоторых ситуациях хороша, в будущем она явно не поможет.

Насколько я понимаю, вы использовали параметр -i вместе с файлом изображения неправильно. То есть часть

Это не то, как вы используете -i.

Справочная страница скальпеля должна объяснить вам почему.

Я бы также рекомендовал не заходить слишком далеко от синтаксиса командной строки, описанного на этой справочной странице: однажды этот синтаксис может быть строго соблюден, и в тот же день у вас, вероятно, возникнет новая проблема, особенно если вы создали скрипты. используя синтаксис из приведенных выше примеров.

Я много раз использовал скальпель с параметром –i, но, к сожалению, на этот раз выдал ошибку, и я до сих пор не знаю причину?

Но это должно работать с опцией –i!

Это почти наверняка работает с параметром -i. (Я не проверял это, так что могут быть проблемы.)

Но обратите внимание на то, что написано на справочной странице:

То есть файл -i должен содержать имена/пути к файлам образа вашего диска. Он обеспечивает уровень косвенности. Это бесполезно, если у вас есть только один файл изображения: было бы ненужной работой использовать его таким образом, даже если это возможно.

То есть -i используется, когда у вас есть несколько файлов изображений, и вы либо не можете получить их в правильном порядке с помощью других инструментов Unix (ls и т. д.), либо если список становится слишком длинным для одной командной строки. Итак, вы помещаете все имена в файле в правильном порядке, а затем используете «-i файл_со_всеми_изображениями_путями_файлов_в_правильном_порядке».

Вы так его использовали? В своем исходном сообщении вы указали сам файл изображения - и это, вероятно, объясняет, почему вы получили некоторые странные символы в сообщениях об ошибках, а также, возможно, почему вы получили два журнала «Открытие цели» вместо одного, как можно было бы ожидать.

Справочная страница могла бы быть более ясной по этому вопросу, но я также думаю, что текущее описание находится на нормальном уровне большинства команд Unix. Чтение справочных страниц Unix/Linux, как и некоторые механические действия, обычно не связанные с компьютерной экспертизой, часто требует большого спокойствия.

Читайте также:


Как настроить пиксель для викторины

ПО для программирования Байкал 35

Какие действия запрещены при работе с ноутбуками лукойл

Как сделать игру для psp

Как скопировать файл в figma