Программа для построения 3D моделей молекул органических веществ
Обновлено: 20.11.2024
БЕСПЛАТНОЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ
BIOVIA DISCOVERY STUDIO VISUALIZER Выбор редакции
Коммерческая визуализация графики доступна бесплатно для всех академических, правительственных и коммерческих исследователей через Discovery Studio (DS) Visualizer. С помощью DS Visualizer вы можете визуализировать и обмениваться молекулярной информацией четким и согласованным способом, а также в большом количестве стандартных отраслевых форматов. Вы также можете создавать высококачественную графику.
Это преемник WebLab Lite от Accelrys. Однако WebLab Lite по-прежнему доступен на некоторых сайтах в Интернете. В Discovery Studio Visualizer есть несколько расширенных функций, в том числе возможность отображать сайты связывания лигандов в белках и создавать поверхность вокруг лиганда.
-- Функциональность для построения небольших молекул, структур белков и нуклеиновых кислот
АВОГОДРО Выбор редакции
Avogadro — это расширенный редактор и визуализатор молекул, предназначенный для кроссплатформенного использования в вычислительной химии, молекулярном моделировании, биоинформатике, материаловедении и смежных областях. Он предлагает гибкий высококачественный рендеринг и мощную архитектуру плагинов. Многие считают это лучшим для всех платформ. явно лучший для MAC
Кросс-платформенный: молекулярный конструктор/редактор для Windows, Linux и Mac OS X.
Бесплатный, с открытым исходным кодом: простая установка, весь исходный код доступен под лицензией GNU GPL.
ЗВОНОК
Chime – это подключаемый модуль, который позволяет просматривать молекулы в трехмерном изображении через браузеры Netscape или Explorer. Хотя Chime бесплатен, вам придется зарегистрироваться, чтобы скачать версию с MDL.
Расмол
RasMol — это программа для молекулярной графики, разработанная в Эдинбургском университете. Программное обеспечение предназначено для визуализации белков, нуклеиновых кислот и малых молекул. Программа имеет возможность чтения в PDB, а также в некоторых других форматах. Для получения дополнительной информации о RasMol посетите домашнюю страницу RasMol.
Просмотрщик SwissPDB
Swiss-PdbViewer – это приложение с удобным интерфейсом, позволяющим одновременно анализировать несколько белков. Белки можно накладывать друг на друга, чтобы вывести структурное выравнивание и сравнить их активные сайты или любые другие соответствующие части. Аминокислотные мутации, водородные связи, углы и расстояния между атомами легко получить благодаря интуитивно понятному графическому интерфейсу и меню.
ArgusLab Выбор редакции
ArgusLab содержит: интерактивный 3D-конструктор молекул, который позволяет пользователю создавать сложные структуры и манипулировать ими; и богатый набор вычислительных методов, как квантово-механических, так и молекулярно-механических, для расчета свойств основного и возбужденного состояний. Программа бесплатна для академического использования
Mage требует использования файлов Kinemage. В настоящее время доступно большое количество этих файлов как для образовательных, так и для исследовательских целей (см. домашнюю страницу Kinemage для получения дополнительной информации). Теперь вы можете запускать Kinemages на своей домашней странице, используя Mage с поддержкой Java. Из-за большого количества общедоступных файлов Kinemage это делает его интересным инструментом для учителей. См. пример использования апплета Mage для молекулы фуллерена.
JME Molecular Editor-MolSoft
JME Molecular Editor — это Java-апплет, который позволяет рисовать/редактировать молекулы и реакции (включая создание запросов подструктуры) и изображать молекулы непосредственно на HTML-странице. Редактор может генерировать SMILES или MDL mol файл созданных структур. Вы можете скачать копию на сайте JME.
Апплет просмотра Chemis 3D
Chemis3D, Molecular viewer — это Java-апплет, который визуализирует виртуальные 3D-молекулярные модели в веб-документе. Он специально разработан для открытой интерактивной молекулярной визуализации в Интернете или через интранет. Chemis3D – это небольшой апплет (около 30 КБ), который хорошо работает в любом браузере с поддержкой Java и не требует специальных подключаемых модулей или профессиональных приложений.
Тинкер
Программное обеспечение для молекулярного моделирования TINKER представляет собой полный и общий пакет для молекулярной механики и динамики с некоторыми специальными функциями для биополимеров. TINKER имеет возможность использовать любой из нескольких общих наборов параметров, таких как Amber (ff94, ff96, ff98 и ff99), CHARMM (19 и 27), Allinger MM (MM2-1991 и MM3-2000), OPLS (OPLS-UA , OPLS-AA и OPLS-AA/L).
Программное обеспечение Oscail X-Windows для кристаллографии и молекулярного моделирования
Это программное обеспечение БЕСПЛАТНО для пользователей АКАДЕМИЧЕСКИХ УЧАСТНИКОВ. Коммерческие пользователи должны получить разрешение на его использование.
Это программное обеспечение для Windows представляет собой интегрированную высококачественную систему для построения и моделирования молекул (включены Mopac и Iconc), а система управляет компьютерными играми GAMESS и Tinker. Кристаллографическое программное обеспечение может решать, уточнять и исследовать кристаллические структуры малых молекул. Производимые изображения варьируются от высококачественного HPGL до фотореалистичного рендеринга 3D.Визуализированные фильмы эффективны и просты в использовании с помощью RASMOV. Также доступно программное обеспечение для моделирования порошковой модели, а также для обнаружения и отображения пустот.
ЯСАРА
YASARA — это пакет молекулярной графики, моделирования и моделирования для Linux и Windows. YASARA работает на основе PVL (Portable Vector Language), новой среды разработки. PVL позволяет визуализировать даже самые большие белки и обеспечивает настоящее интерактивное моделирование в реальном времени с высокоточными силовыми полями на стандартных ПК. Этап начального уровня можно скачать бесплатно.
JMol/Jsmol Выбор редакции
Jmol and Jsmol — это бесплатная программа для просмотра молекул с открытым исходным кодом, написанная на Java. Он работает как отдельное приложение и как апплет веб-браузера. Jmol — это совместно разработанный инструмент визуализации и измерения для ученых и преподавателей. Новые функции добавляются на постоянной основе. Пользователям предлагается изменить его в соответствии со своими потребностями и внести свои изменения в проект. JMol является заменой Chime/Rasmol.
Для приложений Jmol см. 3D-молекулы с использованием программного обеспечения Jmol и Jsmol
Закрывая этот баннер и используя MolView, вы соглашаетесь с Условиями использования!
Нам нужна ваша поддержка, чтобы создавать больше классных вещей! Пожертвовать
Разрешить MolView собирать анонимные данные об использовании (подробности)
О нас
MolView – это интуитивно понятное веб-приложение с открытым исходным кодом, которое делает науку и образование еще лучше! MolView в основном предназначен для веб-платформы визуализации данных. Вы можете использовать MolView для поиска в различных научных базах данных, включая базы данных соединений, базы данных белков и спектральные базы данных, а также просматривать записи из этих баз данных в виде интерактивных визуализаций с использованием технологий WebGL и HTML5. Это веб-приложение построено на базе библиотек JavaScript и онлайн-сервисов, перечисленных ниже. Набор виртуальных моделей послужил источником вдохновения для рождения этого проекта.
-
Библиотеки JavaScript
- Корзина: очистить весь холст
- Ластик: удаление атомов, связей или текущего выделения.
- Отменить/повторить: отменить или повторить последние изменения.
- Инструменты выделения: все эти инструменты можно использовать для перетаскивания текущего выделения или отдельных атомов и связей. Вы можете добавлять/удалять атомы и связи к выбору, щелкая по ним. Если вы выделили отдельный фрагмент, вы можете повернуть его, перетащив атом в выделении. Вы можете удалить выделение с помощью клавиши DEL или ластика. Каждый инструмент имеет разное поведение правой кнопки мыши:
- Перетаскивание: перемещайте молекулу целиком (для этого уже можно использовать левую кнопку мыши)
- Прямоугольный выбор: выберите атомы и связи с помощью прямоугольной области выбора.
- Выбор лассо: выберите атомы и связи, нарисовав область выделения от руки.
Левая панель инструментов
- Облигации: выберите один из типов облигаций (одинарная, двойная, тройная, вверх, вниз) и добавьте или измените связи.
- Фрагменты: выберите один из фрагментов (бензол, циклопропан и т. д.) и добавьте фрагменты.
- Цепочка: создайте цепочку из атомов углерода.
- Заряд: увеличение (+) или уменьшение (-) заряда атомов.
Правая панель инструментов
На этой панели инструментов вы можете выбрать один из нескольких элементов, вы также можете выбрать элемент из таблицы Менделеева с помощью последней кнопки. Вы можете использовать этот элемент для создания новых атомов или изменения существующих атомов.
Вы можете загружать молекулы из больших баз данных, таких как PubChem и RCSB, используя форму поиска, расположенную в левой части строки меню. Просто введите то, что вы ищете, и появится список доступных молекул.
Вы также можете нажать кнопку раскрывающегося списка рядом с полем поиска, чтобы выбрать конкретную базу данных.Это выполнит более обширный поиск в выбранной базе данных. В настоящее время поддерживаются три большие базы данных:
- PubChem
- Банк данных о белках RCSB
- Открытая база данных по кристаллографии
Меню "Инструменты" содержит несколько служебных функций, перечисленных ниже.
Вы можете встроить конкретное соединение, макромолекулу или кристалл, используя указанный URL-адрес или HTML-код. Обратите внимание, что связанная структура — это та, которая в данный момент отображается в окне модели. Вы также можете скопировать URL-адрес из адресной строки, чтобы создать ссылку на текущую структуру.
Экспорт
- Изображение структурной формулы: снимок эскиза (PNG с альфа-каналом)
- Изображение 3D-модели: снимок модели (PNG, альфа-канал в Glmol и ChemDoodle)
- Файл MOL: экспорт MDL-файла Molfile из 3D-модели (общие молекулы)
- Файл PDB: экспортирует файл банка данных белков из 3D-модели (макромолекулы)
- Файл CIF: экспортирует файл кристаллографической информации из 3D-модели (кристаллические структуры)
Информационная карточка
Собирает и отображает информацию о структурной формуле.
Спектроскопия
Это показывает новый слой, где вы можете просматривать молекулярные спектры текущей структурной формулы (загружаются из Sketcher). Подробнее см. в главе «Спектроскопия».
Ресурс 3D-модели
При этом вы перенаправляетесь на веб-страницу текущей 3D-модели на веб-сайте исходной базы данных (кроме случаев, когда модель разрешается с помощью средства разрешения химических идентификаторов)
Расширенный поиск
Эти функции позволяют выполнять расширенный поиск в базе данных PubChem, используя структурную формулу из эскиза.
- Поиск сходства: поиск соединений с похожей структурной формулой
- Поиск подструктуры: поиск соединений с текущей структурой в качестве подмножества
- Поиск надстройки: поиск соединений с текущей структурой в качестве надмножества.
Вы можете открыть представление «Спектроскопия» через «Инструменты» > «Спектроскопия». Вы можете просматривать три вида молекулярных спектров.
- Массовый спектр
- ИК-спектр
- Прогноз H1-ЯМР
Экспорт данных
Вы также можете экспортировать различные типы данных из текущего выбранного спектра.
- Изображение в формате PNG: снимок из интерактивного спектра.
- Файл JCAMP: файл JCAMP-DX текущего спектра
Меню «Модель» содержит некоторые общие функции для 3D-модели.
Сбросить
Эта функция возвращает положение модели, масштабирование и вращение к значениям по умолчанию.
Представление
Вы можете выбрать из списка различных представлений молекул, включая; мяч и палка, палка, сферы Ван-дер-Ваальса, каркас и линии. Макромолекулы автоматически рисуются с помощью лент.
Фон
Вы можете переключаться между черным, серым или белым фоном. Фон по умолчанию черный (экспортированные изображения из GLmol или ChemDoodle имеют прозрачный фон)
Двигатели
Вы можете выбрать один из трех различных движков рендеринга: GLmol, Jmol и ChemDoodle. GLmol используется как движок рендеринга по умолчанию. GLmol и ChemDoodle основаны на WebGL, технологии браузера для поддержки 3D-графики. Если WebGL недоступен в вашем браузере, для всего рендеринга будет использоваться Jmol.
MolView автоматически переключается на:
- Jmol, если вы выполняете функции из меню Jmol
- GLmol, если вы загружаете макромолекулы (из-за значительно более высокой производительности)
- ChemDoodle, если вы загружаете кристаллическую структуру (GLmol не может отображать кристаллические структуры)
Возможно, вы захотите вернуться к GLmol, когда вам больше не нужны Jmol или ChemDoodle, так как GLmol работает лучше.
Обратите внимание, что макромолекулы в каждом движке нарисованы немного по-разному. ChemDoodle обеспечивает наилучшее отображение. Однако вам следует избегать использования ChemDoodle для очень больших макромолекул.
Преобразование модели
Трехмерную модель можно вращать, панорамировать и масштабировать. Используйте правую кнопку для вращения, среднюю кнопку для перевода (кроме ChemDoodle) и колесо прокрутки для масштабирования. На сенсорных устройствах вы можете вращать модель одним пальцем и масштабировать модель двумя пальцами.
Кристаллография
Вы можете загрузить массив кристаллических ячеек (2x2x2 или 1x3x3) или одну элементарную ячейку при просмотре кристаллических структур.
Туман и обрезка
При просмотре больших структур, таких как белки, может быть полезно скрыть определенную часть с помощью тумана или плоскости отсечения. GLmol предлагает несколько вариантов для этого.
- Туман: вы можете переместить туман вперед, перетащив мышь вверх, удерживая CTRL + SHIFT (перетащите в противоположном направлении, чтобы переместить туман назад).
- Плоскость отсечения: вы можете переместить фронтальную плоскость отсечения внутрь конструкции, перетащив мышь влево, удерживая CTRL + SHIFT (перетащите в противоположном направлении, чтобы переместить плоскость отсечения назад).
Меню «Белки» предлагает ряд настроек отображения белков, включая различные цветовые схемы и различные представления цепей.
Показать биосборку
При загрузке структуры белка MolView по умолчанию показывает асимметричную единицу. Эта функция позволяет вместо этого просматривать всю биологическую единицу.
Сетевое представление
Вы можете выбрать одно из четырех представлений цепочки. Вы также можете просмотреть всю структуру цепочки, включив параметр «Облигации».
- Лента: рисует ленточную диаграмму (представление по умолчанию)
- Цилиндр и пластина: сплошные цилиндры для α-спиралей и сплошные пластины для β-листов.
- Трубка с B-фактором: трубка с B-фактором в виде толщины (тепловое движение)
- С-альфа-след: линии между центральным атомом углерода в аминокислотах (очень быстрый рендеринг)
Цвет цепи
Вы можете выбрать одну из шести цветовых схем цепи.
- Вторичные структуры: разные цвета для α-спиралей, β-листов и т. д.
- Спектр: цветовой спектр (радуга)
- Цепочка: каждая цепочка окрашена в свой цвет.
- Остаток: все аминокислотные остатки окрашены по-разному
- Полярность: окрашивает полярные аминокислоты в красный цвет, а неполярные - в белый.
- B-фактор: синий для низкого B-фактора и красный для высокого B-фактора (если указано)
Меню Jmol предлагает несколько замечательных функций и расчетов только для Jmol.
Очистить
Удаляет все выполненные расчеты и измерения.
Высокое качество
Включает высококачественный рендеринг в Jmol (включен по умолчанию на быстрых устройствах). Если этот параметр отключен, сглаживание отключается, и модель рисуется с использованием линий при ее преобразовании.
Расчеты
Вы можете выполнять следующие расчеты Jmol в Jmol:
- Прозрачная/непрозрачная поверхность МЭП: вычисляет и проецирует молекулярный электростатический потенциал на полупрозрачную или непрозрачную ван-дер-ваальсову поверхность.
- Заряд: вычисляет и проецирует атомный заряд в виде текстовой метки и цветового градиента от белого к атому.
- Диполи связи: расчет и рисование отдельных диполей связи.
- Общий диполь: расчет и рисование чистого диполя связи
- Минимизация энергии: выполняет интерактивную минимизацию энергии MMFF94 (обратите внимание, что эта функция выполняет не более 100 шагов минимизации за раз)
Измерение
Вы можете измерять расстояние, угол и кручение с помощью Jmol. Вы можете активировать и деактивировать один из этих типов измерения через меню Jmol.
- Расстояние между двумя атомами в нм
- Угол между двумя связями в градусах
- Торсионное кручение между четырьмя атомами в градусах.
Обратите внимание, что в некоторых случаях разрешенная 3D-модель представляет собой лишь приближение к реальной молекуле, это означает, что вам необходимо выполнить минимизацию энергии, чтобы выполнить надежные измерения.
Встроить
Ширина
Высота
HTML-код
Вы можете использовать приведенный ниже HTML-код, чтобы встроить текущую 3D-модель на свой веб-сайт.
Нажмите кнопку воспроизведения, чтобы посмотреть ознакомительное видео
Хотите создать 2D-рисунки для молекул и химии?
Посмотрите ChemDoodle 2D → ↓ХимДудл 2D
Двумерное химическое рисование, издательское дело и информатика
Основные особенности
ChemDoodle 3D – это инструмент для работы с химией в 3D с ведущими в отрасли инструментами молекулярного моделирования и лучшей в своем классе графикой.
Новый взгляд на химию
Мы очень долго изучаем модели, созданные в ChemDoodle 3D. Внимательно посмотрите на визуализацию, когда вы вращаете ее, чтобы увидеть, как связи ориентируются в сторону камеры; каждый меш объекта в сцене создан для слияния с другими; и наши модели являются одними из самых великолепно созданных программным обеспечением в этой отрасли.
Вся визуализация в ChemDoodle 3D управляется стилями, определенными вами. Стили могут применяться ко всей сцене, выбранному содержимому или отдельным объектам.
Продвинутый движок 3D-графики ChemDoodle 3D позволяет красиво отображать текст. Используйте это, чтобы показать метки атомов и многое другое. У вас есть полный контроль над шрифтом, размером и цветом.
Помимо предопределенных наборов цветов Jmol, Rasmol, PyMOL и CDK, вы также можете вручную определить свой собственный набор цветов элемента, который будет применяться к рендерингу молекул.
Включите компас в левом нижнем углу изображения или в центре поверх содержимого, чтобы описать ориентацию.
Доступны как ортогональные, так и перспективные проекции, которые можно мгновенно переключать.
Вы можете быстро переключаться между различными уровнями качества, чтобы улучшить вывод графики или повысить производительность.
Эффекты прозрачности позволяют видеть сквозь объекты сцены. ChemDoodle 3D позволяет визуализировать прозрачные объекты с обратными гранями или без них.
ChemDoodle 3D может генерировать несколько типов поверхностей и цветовых функций для любого количества атомов. Визуализируйте пространство своих структур так, как не могут другие редакторы.
Вы можете настроить алгоритмы сетки, типы отображения, нормали, цвета и многое другое.
Доступны различные типы поверхностей, в том числе поверхности Ван-дер-Ваальса (VDW), поверхности, доступные для растворителей (SAS) и поверхности без растворителей (SES, Connolly).
Раскрашивайте поверхности с помощью различных функций, чтобы представить конструкцию с физической точки зрения. Функции включают в себя цвет атомов, заряды (Gasteiger, QEq, QTPIE), липофильность (AlogP98) и молярную рефракцию (AMR98).
Просматривайте модели атомных орбит на основе квантовых чисел с помощью виджета "Орбиты". Доступно множество опций для настройки графики, которую затем можно вывести в изображение. Отличный способ увидеть различные формы орбит.
Гамма-коррекция изменяет модель яркости графики, чтобы компенсировать нелинейную физику яркости вашего монитора. По умолчанию для ChemDoodle 3D используется стандартное значение 2,2, но вы можете изменить его в соответствии со своим экраном.
С легкостью создавайте ультрареалистичные изображения, наброски, мультфильмы, картины и другие художественные иллюстрации
Шейдерные программы — это расширенные инструкции, отправляемые на графическую карту, о том, как создается трехмерная графика. ChemDoodle 3D предоставляет вам несколько встроенных шейдеров для рендеринга графики, создания реалистичных стилей, таких как пластика, и нереалистичных стилей, таких как мультфильмы. Шейдеры в ChemDoodle 3D также предоставляют дополнительные функции, такие как контуры и тени.
Управление цветом и направлением освещения.
- Нет
- Плоский
- Мультфильм
- Гуро
- Фонг
- Блинн-Фонг
Визуализация – это завершенная процедура, в ходе которой мы взаимодействуем с видеокартой, используя один или несколько шейдеров для создания конечного изображения. В простейшей процедуре выполняется один вызов графической карты, куда мы передаем данные сцены и создаем изображение с помощью одной шейдерной программы. Это то, что мы называем упреждающим рендерингом.
Недостаток прямой визуализации заключается в том, что каждый пиксель вычисляется изолированно, что ограничивает методы, которые мы можем использовать. Вместо этого мы можем объединить несколько проходов рендеринга через видеокарту вместе, используя выходные данные одного полного прохода в качестве входных данных для другого. Это позволяет программному обеспечению создавать некоторые дополнительные эффекты.
В ChemDoodle 3D вы найдете стили для трех различных типов модулей визуализации: (1) прямой модуль визуализации (2) модуль отложенного рендеринга и (3) последующий эффект.
Сглаживание сглаживает грубые края пикселей в графике (известные как неровности). ChemDoodle 3D поддерживает как аппаратное (MSAA), так и программное (FXAA) сглаживание.
Полностью настраиваемые динамические тени в режиме реального времени придают реалистичности вашей графике.
Текстуры применяют стиль поверхности к объектам, визуализируемым в сцене. Это делается путем определения трехмерного шаблона, подобно тому, как вы бы увидели трехмерные шаблоны, если бы вырезали кусок дерева. Затем объекты создаются из этого шаблона для создания графики, что позволяет создавать ряд интересных стилей. Выберите текстуры гранита, дерева, полосы и многое другое.
Определите затуманивание с помощью алгоритмов linear, exp1 и exp2. Придайте невероятной глубины своей графике или сосредоточьтесь на определенных разделах с помощью этих функций.
Затенение окружающего пространства экрана (SSAO) имитирует затенение окружающего света в углах и расщелинах 3D-объектов. Если вы посмотрите в угол своей комнаты, он будет казаться немного темнее, чем центры стен. Этот прием придает изображению значительную долю реализма и очень помогает в восприятии топографии. Этот метод полностью настраивается в ChemDoodle 3D.
Эффекты контура создаются путем обнаружения существенных изменений значений кэшированных данных от пикселя к пикселю. В ChemDoodle 3D предусмотрено два типа алгоритмов контура: Трассировка и Художественный. Вы можете контролировать цвета, толщину, эскизность и многое другое!
Эффект глубины резкости фокусируется на определенной части сцены, имитируя изображения, сделанные с помощью объективов фотоаппаратов. Вы можете определить начальную и конечную глубину резкости, а также степень несфокусированного эффекта размытия и расширения.
- Размытие (по Гауссу)
- Размытие (Кувахара)
- Размытие (среднее)
- Развернуть
- Обнаружение границ
- Пикселизовать
- Постеризация
- Повысить резкость
Взаимодействуйте со своими структурами в режиме реального времени с помощью расширенного физического моделирования
Процедуры молекулярного моделирования ChemDoodle 3D можно запускать в режиме реального времени (с помощью виджета Minimizer), поэтому вы можете взаимодействовать с молекулами во время их построения или легко менять конформации. Наш механизм моделирования быстр и эффективен, что позволяет вам быстро генерировать соответствующие 3D-координаты для ваших построенных конструкций.
Определите функцию оптимизации, используемую для минимизации энергии по нескольким встроенным направлениям поиска, включая наискорейший спуск, сопряженные градиенты и BFGS, с несколькими вариантами линейного поиска.
ChemDoodle 3D включает реализации нескольких опубликованных силовых полей. Наши реализации являются одними из самых точных и последовательных в отрасли.
Универсальное силовое поле (UFF) отлично подходит для быстрого создания частичных и полных химических структур для демонстраций и изображений, поскольку оно может работать с подавляющим большинством периодической таблицы. Полная реализация включена в ChemDoodle 3D.
Молекулярное силовое поле Merck (MMFF94) и его статический вариант (MMFF94s) точно реализованы в ChemDoodle 3D. Используйте это силовое поле для создания экспериментально точной геометрии для измерений и расчетов.
Общее силовое поле янтаря (GAFF) совместимо с силовым полем янтаря для белков и нуклеиновых кислот.
Силовое поле отталкивания электронных пар валентной оболочки (VSEPR) представляет собой очень специфическое силовое поле точек на сфере (POS). Вся цель этого силового поля состоит в том, чтобы создать идеальные формы для теории VSEPR. Силовое поле VSEPR идеально подходит для использования студентами и преподавателями и демонстрации того, почему определенные центры атомов вместе с электронными парами приводят к определенным формам в молекулярных структурах. Допустимо до 8 соединений в центре и многоцентровых структурах.
Поскольку целью силового поля VSEPR является создание форм, расчеты энергии не имеют значения для пользователя, поскольку они не имеют физического значения. При использовании силового поля VSEPR виджет Minimizer вместо этого отображает текущую молекулярную геометрию и форму VSEPR редактируемого атомного центра.
В ChemDoodle 3D реализовано несколько моделей заряда: Gasteiger-Marsili PEOE, MMFF94, QEq и QTPIE. Вы также можете использовать эти модели заряда для окрашивания молекулярных поверхностей.
Типирование атомов – важный шаг в правильном применении силового поля. Вы можете увидеть, какие типы атомов определены для атомов в ChemDoodle 3D для конкретного силового поля, которое вы используете. Вы даже можете вывести типы атомов для использования в других приложениях.
Силы можно визуализировать, чтобы показать, как изменится молекула с учетом расчетов градиента силового поля.
Помимо показа типов атомов и расчетов векторов силы, ChemDoodle 3D сообщит вам, когда структура несовместима с определенным силовым полем, предоставив описательные ошибки и предупреждения. Используйте всю эту информацию для надежности и ссылок.
Параллельная обработка позволяет использовать мощность вашего многоядерного процессора для ускорения вычислений. Силовые поля в ChemDoodle 3D специально разработаны для параллельной работы. Это означает, что ваша структура, для оптимизации которой обычно требуется x секунд, теперь оптимизируется всего за доли x секунд. Включите параллельную обработку в ChemDoodle 3D, если вы хотите оптимизировать большую структуру или систему. Понимание того, как работает параллельная обработка и как она реализована в ChemDoodle 3D, очень важно. У нас есть целый раздел, посвященный параллельной обработке, в руководстве пользователя ChemDoodle 3D.
Нивичок в молекулярном моделировании? Не волнуйтесь. В руководстве пользователя ChemDoodle 3D есть целая глава, посвященная молекулярному моделированию и его реализации. Вы сможете оптимизировать структуры в кратчайшие сроки.
Присоединяйтесь к ResearchGate, чтобы задавать вопросы, получать отзывы и продвигать свою работу.
Последний ответ
Популярные ответы (1)
Все ответы (30)
Да, ChemBio3D сделает это как часть пакета ChemOffice, но это дорого, и я полагаю, что у вас нет лицензии на сайт, иначе вы бы уже использовали его!
На веб-сайте molinspiration есть базовый 3D-генератор (нарисуйте структуру и нажмите кнопку "Galaxy 3D Generator"):
Возможно, кто-то знает лучший веб-сайт или программу, но она бесплатна и работает нормально для "нормальных" органических молекул.
Советую вам попробовать сайт моновдохновения, чтобы нарисовать молекулы и получить химические и биологические свойства.
«PerkinElmer ChemOffice Professional» — это надежное программное обеспечение, которое можно использовать для рисования 2D/3D молекулярных структур с помощью модулей «Chemdraw» и «3D Chem». Кроме того, существует множество расширений, которые можно установить в программное обеспечение для рисования сложных структур, таких как полимеры, УНТ/МУНТ и т. д.
Существует множество программ для рисования химических молекул, таких как ChemDraw, VESTA, Gaussview и т. д. Каждая программа имеет свои свойства. выбор программы зависит от вас.
Для рисования трехмерной структуры молекул используются различные программы, такие как Dmol, westa, avogadro и т. д.
Chemdraw 3D, Automax 3D, Adobe Illustrator, Material Studio, Power Point и многие другие. Это зависит от вашей способности использовать и рисовать сложную молекулярную морфологию и архитектуру.
- Конструктор Ascalaph
- Авогадро
- МЯЧ
- Бискит
- CPMD
- Габедит
- Гемический
- Джмоль
- Молекель
- Пимол
- Кутемол
- Расмол
Похожие вопросы и обсуждения
Это для всех, кто работает в области химии или биохимии.Мне нужно будет включить некоторые 2D и 3D молекулярные и белковые структуры в мой проект докторской диссертации и в будущем, и я очень хотел бы сделать эти фигуры сам. Тогда мне интересно, может ли кто-нибудь из вас порекомендовать хороший (в лучшем случае с открытым исходным кодом) для начала. Спасибо!
Мне нужна программа для рисования химических структур. Я использовал бесплатную пробную версию ChemDraw, срок действия которой истек. Теперь я ищу альтернативное программное обеспечение, которое может делать химический рисунок. Я не ищу никаких специальных или расширенных функций. Мне просто нужно программное обеспечение, которое может генерировать изображения хорошего качества для использования в публикациях?
Мы хотим обратить внимание на индексы Миллера, присутствующие в порошках и монокристаллах XRD и управляемые в виде их файлов JCPDS. Они нужны нам для различных веществ, например. соли редкоземельных элементов, а также некоторые керамические и координационные полимеры. Поэтому было бы очень полезно узнать о бесплатном электронном ресурсе, собирающем их. С уважением и большое спасибо за вашу помощь и руководство.
Существует множество бесплатных программ для анализа данных XRD, но что лучше, если у меня есть необработанные данные, данные dat, cpi, sd, rd?
Может ли кто-нибудь прокомментировать, какие программы графического дизайна (2D и 3D) лучше всего используются авторитетными журналами для создания красочных научных иллюстраций/рисунков для исследовательских статей?
Я хочу схематически объяснить процесс изготовления мембраны, и мне нужны предложения, какое программное обеспечение использовать для этого
Мой вопрос основан на том факте, что PowerPoint, Photoshop и Illustrator обычно используются для создания научных рисунков в виде окончательных файлов PDF, либо отдельных изображений, либо для окончательного собранного рисунка для статьи, поэтому я хотел бы услышать о опыт и точку зрения относительно того, какой из них лучше всего подходит для качественной публикации научных данных, а также советы и почему.
Читайте также:
-
: считывание/запись химических 2D-данных : основной механизм 3D-рендеринга : механизм 3D-рендеринга : механизм 3D-рендеринга и отображение спектра
Нажмите на одну из тем ниже, чтобы узнать больше. Вы также можете посмотреть несколько видеороликов на YouTube, чтобы начать работу.
Темы
MolView состоит из двух основных частей: редактора структурных формул и средства просмотра 3D-моделей. Редактор структурных формул окружен тремя панелями инструментов, которые содержат инструменты, которые вы можете использовать в редакторе. Нарисовав молекулу, вы можете нажать кнопку 2D to 3D, чтобы преобразовать молекулу в 3D-модель, которая затем отобразится в средстве просмотра. Ниже приведен список всех инструментов эскиза.
Верхняя панель инструментов