Выберите правильную последовательность действий для создания файлового архива

Обновлено: 03.07.2024

При создании документов вам может понадобиться использовать символ или специальный символ, который не отображается на клавиатуре. Доступ к этим символам и специальным символам можно получить в диалоговом окне Символ.

Используйте диалоговое окно Символ, чтобы найти символы, символы других языков, стрелки и другие символы. Символы, вставленные в документы, могут быть отформатированы как обычный текст. Чтобы просмотреть видео об этих процедурах, см. видео: Вставка символов.

Поместите точку вставки туда, где будет вставлен символ

На вкладке Вставка в группе Символы нажмите СИМВОЛ

Выберите один из вариантов символов, предоставляемых Word,
ИЛИ
Выберите Дополнительные символы.
Появится диалоговое окно Символ.

Выберите вкладку Символы

Выберите нужный символ

ПРИМЕЧАНИЕ. Если нужный символ не отображается, в раскрывающемся списке "Шрифт" выберите другой шрифт.

Нажмите ВСТАВИТЬ
В документе появится символ.

Повторяйте шаги 4–5, пока не вставите все нужные символы

Нажмите ЗАКРЫТЬ

Вставка специальных символов

Специальные символы, как и символы, не отображаются на клавиатуре; однако некоторые из них имеют больше функций, чем символы. Например, неразрывный дефис выглядит так же, как и любой другой дефис, но слова, которые он разделяет, всегда остаются на одной строке (т. е. не разбиваются на части).

Поместите точку вставки туда, где будет вставлен специальный символ

Выберите вкладку Специальные символы

В поле прокрутки Символ выберите нужный символ

Нажмите ВСТАВИТЬ
В документе появится специальный символ.

Повторяйте шаги 4–5, пока не вставите все нужные символы

Нажмите ЗАКРЫТЬ

Была ли эта статья полезной? Да Нет

Подключиться к УВЭК

Университет Висконсина – О-Клэр

Пользователи отвечают на вопрос последовательности, располагая ответы в правильной последовательности. Они могут сделать это, щелкнув и перетащив ответы или щелкнув их в раскрывающемся списке.

Вы не можете вставлять вопросы последовательности в файл PPT.

Выберите слайд перед тем, куда вы хотите вставить вопрос. Например, если вы хотите, чтобы слайд с новым вопросом был слайдом 7 в презентации, щелкните слайд 6.

Если вы вставляете вопрос в существующий тест, он добавляется к тесту.

В Диспетчере викторин (Adobe Presenter > Группа викторин > Менеджер) выберите викторину, в которую вы хотите добавить вопрос, и нажмите Добавить вопрос.

Создать оцененный вопрос

Вопрос оценен.

Создать вопрос для опроса

Вопрос не оценивается.

Появится диалоговое окно "Новый вопрос последовательности".

На вкладке "Вопрос" примите текст по умолчанию для имени или введите новое имя непосредственно в текстовое поле. Имя появляется на слайде с вопросом в презентации.

Если вы создаете несколько вопросов одного типа (например, множественный выбор, краткий ответ и т. д.) в одной презентации, введите для каждого из них уникальное имя, чтобы их можно было различать.

В текстовом поле «Вопрос» введите вопрос последовательности, точно такой, какой вы хотите, чтобы он отображался на слайде. (Текстовое поле Вопрос нельзя оставлять пустым.)

В текстовом поле "Оценка" введите (или укажите с помощью стрелок вверх и вниз) количество баллов, присвоенных этому вопросу. Присвоение баллов означает относительную важность вопроса. Присвоение разных баллов разным вопросам позволяет, например, дать вводным вопросам меньшее значение, а сложным вопросам — большее значение. Вы можете ввести любое целое числовое значение. Если все вопросы имеют одинаковую ценность (например, 10 баллов), они оцениваются одинаково.

В области "Ответы" нажмите на пустую строку или нажмите "Добавить" и введите слова или фразы, которые являются правильными ответами на вопрос. При необходимости нажмите «Добавить» и «Удалить», чтобы составить соответствующий список.

Введите ответы в правильной последовательности.

В списке «Стиль» нажмите «Перетащить», если вы хотите, чтобы пользователи щелкали и перетаскивали ответы, чтобы расположить их в последовательности. Нажмите «Раскрывающийся список», чтобы предоставить им список, из которого они могут выбрать ответы в правильной последовательности.

Выберите «Показать кнопку очистки», чтобы отобразить кнопку на слайде вопроса, которую пользователи могут нажать, чтобы удалить свои ответы и начать сначала.

Выберите, какое действие должно следовать за правильным ответом. Вы можете перейти к следующему слайду (Перейти к следующему слайду, действие по умолчанию), перейти к другому слайду в презентации (Перейти к слайду) или отобразить веб-страницу (Открыть URL-адрес).Если вы отображаете веб-страницу, введите ее адрес в текстовом поле «Открыть URL-адрес», а затем укажите, где отображать веб-страницу (выберите «Текущая», чтобы веб-страница заменила презентацию, или «Новая», чтобы отобразить веб-страницу в другом окне).< /p>

Перейти к следующему слайду

В зависимости от того, какой параметр вы выбрали для действия, это текстовое поле позволяет указать точное место назначения.

Воспроизвести аудиоклип

Выберите этот параметр, чтобы импортировать аудиофайл или записать новый аудиофайл, который будет воспроизводиться при правильном ответе на вопрос. При необходимости используйте кнопки «Запись», «Остановить», «Удалить» и «Импорт». (Если вы уже записали звук, кнопка «Воспроизвести» заменит кнопку «Запись». Чтобы перезаписать звук, вы должны сначала удалить звук, а затем выбрать «Запись».)

Примечание. Если в вопросе есть аудиоклип и действие, воспроизводится аудиоклип, а затем выполняется указанное действие.

Показать правильное сообщение

Выберите этот параметр, чтобы отправлять текстовое сообщение пользователям, когда они дают правильный ответ. Отмените выбор этого параметра, если вы не хотите оставлять отзыв о правильном ответе.

Используйте стрелки или введите текст непосредственно в текстовое поле, чтобы указать, сколько догадок может сделать пользователь, прежде чем произойдет другое действие. Попытка определяется как каждый раз, когда пользователь открывает и просматривает слайд с вопросом. (Установка количества попыток на 1 предотвращает продолжение презентации, если пользователь выходит, а затем снова пытается войти в викторину. Не устанавливайте количество попыток на 1, если вы планируете использовать свою презентацию на собрании или поместить в архив.)< /p>

Выберите этот параметр, чтобы предоставить пользователям неограниченное количество попыток.

Нажмите на нужное действие или пункт назначения после последней попытки. Вы можете перейти к следующему слайду (Перейти к следующему слайду, действие по умолчанию), перейти к другому слайду в презентации (Перейти к слайду) или отобразить веб-страницу (Открыть URL-адрес). Если вы отображаете веб-страницу, введите ее адрес в текстовом поле «Открыть URL-адрес», а затем укажите, где отображать веб-страницу (выберите «Текущая», чтобы веб-страница заменила презентацию, или «Новая», чтобы отобразить веб-страницу в другом окне).< /p>

Перейти к следующему слайду

Воспроизвести аудиоклип

Выберите этот параметр, чтобы импортировать аудиофайл или записать новый аудиофайл, который будет воспроизводиться при неправильном ответе на вопрос. При необходимости используйте кнопки «Запись», «Остановить», «Удалить» и «Импорт».

Показать сообщение об ошибке

Выберите этот параметр, чтобы отправлять текстовое сообщение пользователям, когда они дают неправильный ответ. Отмените выбор этого параметра, если вы не хотите комментировать неправильный ответ.

Показать сообщение о повторной попытке

Выберите этот параметр, чтобы отправлять текстовое сообщение пользователям, когда они дают неправильный ответ, но есть оставшиеся попытки (например, повторите попытку).

Показать неполное сообщение

Выберите этот параметр, чтобы отправить текстовое сообщение пользователям, которые не ответили (например, «Выберите ответ, прежде чем продолжить»).

Примечание. Вы можете изменить текст по умолчанию в сообщениях «Правильно», «Ошибка», «Повторить попытку» и «Не завершено» в диспетчере викторин. Выберите «Adobe Presenter» > «Викторина» > «Управление» и перейдите на вкладку «Ярлыки по умолчанию».

Выберите вкладку "Отчетность". Вы можете принять настройки по умолчанию или, при необходимости, изменить следующие параметры:

При выборе этого варианта информация об ответе отправляется на сервер Adobe Connect или в систему управления обучением.

Название теста, которому назначен этот вопрос. Вы можете выбрать другой тест во всплывающем меню.

Этот номер создается автоматически при создании теста. Этот номер используется для сообщения результатов презентаций Adobe Presenter, которые будут отслеживаться на сервере Adobe Connect Server или в системе управления обучением.

Примите номер по умолчанию или введите новый номер непосредственно в текстовое поле. Максимальная длина идентификатора взаимодействия составляет 64 символа. Если вы хотите, чтобы презентация Adobe Presenter отправляла информацию об отслеживании на сервер Adobe Connect, вы должны использовать идентификатор взаимодействия, указанный сервером Adobe Connect.

Примечание. Если вы создаете новый вопрос путем копирования и вставки существующего слайда с вопросом, необходимо ввести новый уникальный идентификатор взаимодействия, чтобы каждый отдельный вопрос правильно передавался в Adobe Connect Server. Мы не рекомендуем создавать новые вопросы путем копирования и вставки; всегда создавайте новые вопросы с помощью Менеджера викторин.

Слайд с новым вопросом последовательности появится в указанном месте презентации.

В Unix и Unix-подобных операционных системах (таких как Linux) вы можете использовать команду tar (сокращение от "архивирование ленты") для объединения нескольких файлов в один файл архива для удобства хранения и/или распространения. Кроме того, вы можете использовать tar в сочетании с утилитой сжатия, такой как gzip или compress , для создания сжатого файла архива.

Создать файл архива

Чтобы объединить несколько файлов в один файл архива (например, my_files.tar ), используйте следующую команду (замените файл1 и файл2 именами файлов, которые вы хотите объединить):

Чтобы объединить все файлы в каталоге в один архивный файл (например, my_files.tar ), используйте следующую команду (замените /path/to/my/directory абсолютным путем к каталогу, содержащему файлы, которые вы хочу совместить):

Вы можете использовать любое имя вместо my_files.tar , но вы должны сохранить расширение .tar.
Если вы не используете параметр -f, tar будет считать, что вы хотите создать ленточный архив, а не объединять несколько файлов.
Опция -v указывает, что tar должен быть подробным (сообщать обо всех файлах по мере их добавления).

Создать сжатый архивный файл

Многие дистрибутивы Linux используют GNU tar — версию tar, созданную Free Software Foundation. Если в вашей системе используется GNU tar , вы можете использовать tar в сочетании с утилитой сжатия файлов gzip для объединения нескольких файлов в сжатый файл архива.

Чтобы использовать tar и gzip для объединения нескольких файлов в сжатый файл архива (например, my_files.tar.gz ), используйте следующую команду (замените файл1 и файл2 именами файлов, которые вы хотите объединить):< /li>
Чтобы использовать tar и gzip для объединения всех файлов в каталоге в сжатый файл архива (например, my_files.tar.gz ), используйте следующую команду (замените /path/to/my/directory на абсолютный путь в каталог, содержащий файлы, которые вы хотите объединить):

В приведенных выше примерах параметр -z указывает tar использовать gzip для сжатия архива по мере его создания.
Расширения файлов .tgz и .tar.gz эквивалентны; оба означают файл архива tar, сжатый с помощью gzip .

Если ваша система не использует GNU tar , но тем не менее имеет gzip , вы можете создать сжатый файл архива tar (например, my_files.tar.gz с помощью следующей команды (замените file1 и file2 именами файлов, которые вы хотите комбинировать):

Если в вашей системе недоступен gzip, вы можете использовать утилиту сжатия для создания сжатого архива (например, my_files.tar.Z ); например (замените файл1 и файл2 именами файлов, которые вы хотите объединить):

Извлечь содержимое файла архива

Чтобы извлечь содержимое файла архива tar, созданного tar (например, my_files.tar ), используйте следующую команду:

Чтобы извлечь содержимое файла архива tar, сжатого с помощью gzip (например, my_files.tar.gz ), используйте следующую команду:

Если вы не используете GNU tar и вам нужно извлечь содержимое файла архива tar, сжатого с помощью gzip (например, my_files.tar.gz ), используйте следующую команду:

Чтобы извлечь содержимое файла архива tar, сжатого с помощью Compress (например, my_files.tar.Z ), используйте следующую команду:

Дополнительная информация

При использовании команды tar порядок параметров иногда имеет значение. Например, некоторые версии tar (не GNU tar ) требуют, чтобы за параметром -f сразу же следовал пробел и имя архивного файла tar.

Команда tar имеет много доступных опций. Для получения подробной информации обратитесь к странице руководства tar; в командной строке введите:

GNU tar поставляется с дополнительной документацией, включая руководство, доступ к которому можно получить через интерфейс GNU Info. Вы можете получить доступ к этой документации, введя:

В информационном интерфейсе нажмите ? (знак вопроса) для списка команд.

В Университете Индианы для личной или ведомственной поддержки систем Linux или Unix см. раздел Получение справки по Linux или Unix в IU.

Быстрые шаги одновременно применяют несколько действий к сообщениям электронной почты. Это поможет вам быстро управлять своим почтовым ящиком. Например, если вы часто перемещаете сообщения в определенную папку, вы можете использовать Quick Step, чтобы переместить сообщение одним щелчком мыши. Или, если вы пересылаете сообщения своему руководителю или коллегам, Quick Step одним нажатием может упростить задачу.

или

Быстрые действия, включенные в Outlook, можно настроить. Вы также можете создать свою собственную галерею быстрых действий с наиболее часто выполняемыми почтовыми действиями.

Примечание. Быстрые шаги нельзя отменить с помощью команды меню или сочетания клавиш, например Ctrl+Z. Это связано с тем, что быстрые действия могут содержать действия, такие как окончательное удаление, которые нельзя отменить.

Быстрые действия по умолчанию

Вы можете настроить любой из быстрых шагов по умолчанию. При первом использовании некоторых быстрых шагов вам будет предложено настроить их. Например, если вы хотите, чтобы Quick Step перемещал сообщения в определенную папку, вы должны указать папку, прежде чем сможете использовать Quick Step.

Быстрые действия по умолчанию в Outlook включают следующее:

Перемещает выбранное сообщение в указанную вами почтовую папку и помечает сообщение как прочитанное.

Перенаправляет сообщение вашему менеджеру.Если ваша организация использует Microsoft Exchange Server или Microsoft 365, имя вашего руководителя обнаруживается в глобальном списке адресов и вставляется в поле «Кому», или вы можете указать получателя.

Пересылает сообщение другим участникам вашей команды. Если ваша организация использует Microsoft Exchange Server или Microsoft 365, имена членов вашей команды обнаруживаются в глобальном списке адресов и вставляются в поле "Кому".

Перемещает сообщение в указанную почтовую папку, отмечает сообщение как завершенное, а затем помечает его как прочитанное.

Открывает ответ на выбранное сообщение, а затем удаляет исходное сообщение.

Создайте свой собственный Quick Step для выполнения любой последовательности команд, назовите его, а затем примените значок, который поможет вам идентифицировать его.

Чтобы настроить или изменить существующие быстрые действия, выполните следующие действия:

В Почте выберите Дом.

В группе «Быстрые действия» нажмите стрелку «Дополнительно» сбоку от поля «Быстрые действия», чтобы открыть «Управление быстрыми шагами».

В поле "Быстрый шаг" выберите быстрый шаг, который вы хотите изменить, а затем нажмите "Изменить".

В разделе "Действия" измените или добавьте действия, которые должен выполнять этот быстрый шаг.

При желании в поле "Сочетание клавиш" выберите сочетание клавиш, которое вы хотите назначить этому быстрому шагу.

Если вы хотите изменить значок быстрого шага, выберите значок рядом с полем Имя, выберите значок и нажмите кнопку ОК.

Создать быстрый шаг

В Почте выберите Дом.

В группе "Быстрые действия" в галерее "Быстрые действия" выберите "Создать новый быстрый шаг".

В поле "Имя" введите имя нового быстрого шага.

Нажмите кнопку со значком рядом с полем Имя, выберите значок и нажмите кнопку ОК.

В разделе "Действия" выберите действие, которое должен выполнить быстрый шаг. Выберите Добавить действие для любых дополнительных действий.

Чтобы создать сочетание клавиш, в поле "Сочетание клавиш" выберите сочетание клавиш, которое вы хотите назначить.

Примечание. Новые быстрые действия отображаются в верхней части галереи на вкладке «Главная» в группе «Быстрые действия». Хотя измененные быстрые действия сохраняются в галерее на прежнем месте, их можно изменить в разделе «Управление быстрыми шагами».

Функция «Добавить последовательности» может использоваться для добавления новых последовательностей к существующему проекту, который уже выполняется. Например, ядерные последовательности бактериального генома уже существуют в проекте, но плазмидные последовательности не были включены. Используйте Add Sequences, чтобы добавить плазмиды в проект.

Настройкой формата файла по умолчанию являются файлы быстрой последовательности. Это можно изменить на файлы NCBI ASN.1 или файлы выравнивания fasta. Функцию обзора можно использовать для поиска файлов, которые нужно открыть, или файлы можно просто перетаскивать, и недавно использованные файлы будут отображаться в поле «Недавно использованные файлы» для удобства использования.

Если импортированный файл имеет тот же идентификатор последовательности, что и один из существующих файлов, произойдет ошибка:

< бр />

Выберите OK, и откроется диалоговое окно:

В верхней части окна отображаются все идентификаторы последовательностей из существующей последовательности. В нижней части отображаются новые идентификаторы последовательностей. В новом отображении идентификатора последовательности в примере это указывает на то, что проблема заключается в дублирующемся идентификаторе. Просто введите новый идентификатор в поле «Новый идентификатор последовательности» и нажмите кнопку «Перепроверить проблемы».

Когда все правильно, столбец Проблемы (последний столбец) будет пустым. В этот момент нажмите кнопку «Принять». Новые последовательности будут добавлены в конец файла. В любой момент, чтобы завершить процесс без внесения изменений, просто нажмите кнопку отмены.

Редактировать последовательность

Диалоговое окно «Редактировать последовательность» – это полезный инструмент для просмотра последовательности и объектов, а также редактирования содержимого последовательности и расположения объектов.

Меню «Показать» управляет отображаемой информацией. Например, пользователь может выбрать просмотр рамок считывания или отображение дополнения к последовательности под последовательностью.Пользователь также может отображать объекты в виде маркированных строк под последовательностью или скрывать их. Для кодирующих областей параметр «На лету» показывает трансляцию белка, рассчитанную с использованием последовательности, лежащей в основе кодирующей области, и рамки кодирующей области. Также отображается белок, связанный в данный момент с кодирующей областью, и пользователь может выбрать «Несоответствие», чтобы выделить позиции в последовательности белка, которые не соответствуют рассчитанному переводу.

Пункт меню Правка->Найти запускает диалоговое окно, которое позволяет пользователю искать символы последовательности в последовательности нуклеотидов, обратном дополнении или в транслированных кадрах. Текстовое поле «Перейти к:» позволяет пользователю выбрать положение курсора. Это полезно для перехода к определенной позиции без прокрутки. Этот элемент управления также позволит пользователю искать символы последовательности — например, поиск «atg» переместит курсор к следующему экземпляру этого кодона. Текстовое поле «Выбрать:» позволяет пользователю выбрать диапазон последовательности, не используя мышь для перетаскивания курсора. Выбор диапазона последовательности полезен, поскольку меню «Аннотации» можно использовать для создания объекта для выбранного местоположения. Пользователь может редактировать последовательность напрямую, щелкая последовательность и вводя символы или используя клавишу возврата или удаления. Когда объекты отображаются, их местоположение можно настроить, перетащив конечные точки их интервалов. Обратите внимание, что при внесении изменений в диалоговом окне «Редактирование последовательности» необходимо использовать кнопку «Подтвердить», чтобы применить изменения к данным, прежде чем добавлять новые функции с помощью меню «Функции» или повторно переводить области кодирования с помощью кнопки «Повторно перевести». Кнопка "Отмена" закроет диалоговое окно и отменит все изменения, внесенные диалоговым окном.

Последовательность обновления

Обновление последовательности позволяет пользователю загрузить новую последовательность, чтобы заменить существующую последовательность и внести соответствующие изменения в существующие функции. Диалоговое окно обновляет одну последовательность за раз.

При выборе последовательности обновления открывается диалоговое окно открытия/выбора файла на вашем компьютере. Выберите правильный файл FASTA или ASN.1 из списка доступных файлов.

Когда обновленный файл последовательности будет успешно прочитан, откроется диалоговое окно "Обновить последовательность" с четырьмя разделами: "Выравнивание", "Обновление последовательности", "Существующие функции" и "Параметры".

Выравнивание описывает и отображает существующую последовательность и обновленную последовательность, показывая различия разными цветами.

Обновление последовательности указывает, как будет изменена существующая последовательность, и по умолчанию выбирает Заменить, что заменяет всю существующую последовательность новой последовательностью. Это также позволяет:

Без изменений (полезно, когда пользователь хочет только импортировать функции из последовательности обновления, а не изменять нуклеотидное содержимое существующей последовательности.);
Исправить выровненную область (заменить только выровненную часть последовательности)
Продлить 5’ (добавляет новую последовательность к 5’-концу существующей последовательности, но отключается, если флажок «Игнорировать выравнивание» не установлен и выравнивание между существующей и обновляемой последовательностями не указывает на то, что обновляемая последовательность содержит нуклеотиды, следует добавить в конец 5'.)
Продлить 3’ (добавляет новую последовательность к 3’-концу существующей последовательности, но отключается, если флажок «Игнорировать выравнивание» снят, а выравнивание между существующей и обновляемой последовательностями не указывает на то, что обновляемая последовательность содержит нуклеотиды, следует добавить в конец 3'.)
Игнорировать выравнивание (используется при отсутствии хорошего выравнивания между существующей последовательностью и последовательностью обновления. Если этот флажок установлен, параметры «Исправить» и «Без изменений» отключены, а параметры «Заменить», «Расширить 5'» и «Расширить 3» включены. )

Существующие объекты по умолчанию выбирают «Не удалять», но также позволяют «Удалить внутреннюю выровненную область», «Удалить внешнюю выровненную область» и «Удалить все» в качестве параметров обработки объектов в существующей последовательности.

Параметры включают в себя выбор «Импортировать все функции из последовательности обновления» или выбрать, что аннотация скопирована из более ранней версии того же образца нуклеотидов

Кнопка «Обновить последовательность» применит все выбранные параметры к существующей последовательности и функциям и закроет диалоговое окно.

Кнопка "Отмена" закроет диалоговое окно и не внесет изменений в существующую последовательность и функции.

Новая последовательность и любые другие связанные изменения будут отображаться в представлении «Плоский файл».

Удалить последовательности

Удалить последовательности открывает диалоговое окно, позволяющее удалить одну или несколько последовательностей из текущей группы последовательностей.Все невыбранные/неудаленные последовательности остаются в текущей группе и могут продолжать обрабатываться.

В открытом диалоговом окне в верхнем левом окне перечислены последовательности в текущей группе по имени файла/идентификатору последовательности SequenceID (длина последовательности). Например, появится последовательность из 4321 нуклеотида с SequenceID SEQ1: Filename1/SEQ1 SEQ1 (4321)

Нажав на последовательность, указанную в левом окне, чтобы выделить ее, а затем щелкнув [>>>], вы можете переместить выбранную последовательность в правое окно. Нажатие [Принять] в нижней части диалогового окна теперь удалит выбранные последовательности из текущей группы.

Если последовательность была выбрана неправильно и ее нужно переместить обратно в левое окно, чтобы остаться в текущей группе, выделите последовательность в правом окне и нажмите [ >>] варианты:

Один или несколько идентификаторов SequenceID, которые включают/не включают определенный текст, можно выбрать с помощью раскрывающегося меню «Seq-id»: Является одним из/Содержит/Не содержит/Равно/и т. д., а также путем ввода нужного текста SequenceID. в свободном текстовом поле. Верхний и нижний регистры и пробелы также могут использоваться/игнорироваться для указания желаемых идентификаторов SequenceID с помощью этих вариантов. Выбор [Снять ограничение] удаляет все варианты из этой опции.

Последовательности определенной длины можно выбрать, используя следующие две опции: "Выбрать последовательности длиннее" и/или "Выбрать последовательности меньше" и введя длину последовательности в виде количества нуклеотидов в соответствующие поля.

Кнопки в нижней части диалогового окна функционируют следующим образом:

Выбрать — перемещает указанные последовательности из текущей группы в список для удаления из текущей группы.
Выбрать все: перемещает все последовательности в текущей группе в список для удаления из текущей группы.
Отменить выбор всех – перемещает все перечисленные последовательности, подлежащие удалению, обратно в текущую группу.
Принять — подтверждает выбор последовательностей, которые нужно удалить из текущей группы, удаляет их и закрывает диалоговое окно.
Отмена – закрывает диалоговое окно, не предпринимая никаких действий.

Последовательности с обратным дополнением по идентификатору последовательности

Ориентация отдельного контига, плазмиды или хромосомы не имеет значения для GenBank. Однако отправители могут предпочесть, чтобы последовательности были в определенной ориентации, например, чтобы все контиги находились на плюсовой цепи или чтобы определенные гены были первыми в геноме. Если определено, что необходимо обратное дополнение последовательности, это можно сделать с помощью задачи «Обратное дополнение по SeqID».

Последовательность или последовательности, подлежащие обратному дополнению, можно выбрать в верхнем окне. Удерживайте нажатой кнопку Ctrl при выборе нескольких последовательностей. Кроме того, идентификаторы последовательностей можно ввести в поле ограничений, чтобы выбрать определенные последовательности. Например, все последовательности с идентификаторами последовательностей, содержащими F, будут выбирать эти три последовательности в этой демонстрационной записи. После ввода ограничения нажмите кнопку выбора, чтобы отметить эти записи для изменения. Если все последовательности должны быть обратно дополнены, просто нажмите кнопку «Выбрать все», чтобы выделить все последовательности. Если что-то было выбрано неправильно, просто нажмите кнопку «Отменить выбор всего» и начните заново.

Если список для изменения правильный, нажмите «Принять», чтобы выполнить действие. Это создаст нуклеотидную последовательность с обратной комплементацией, но не внесет никаких других изменений. Если в последовательности есть признаки и установлен флажок «Обратные признаки», они могут следовать действию обратной последовательности комплементов, поэтому последний ген теперь будет первым и т. д. Если признаки и последовательность находятся на противоположных цепях, только один из двух блоков будет нужно проверить. Во всех случаях последовательность должна быть проверена после, чтобы убедиться, что изменения были включены.

Обрезать клемму Ns

Trim Terminal Ns удаляет один или несколько неизвестных нуклеотидов (обозначенных в последовательности как «n») с 5- или 3-концов всех последовательностей в текущей группе.

Терминалы N иногда добавляются инструментами, которые создают выравнивание нескольких последовательностей, чтобы заполнить пробелы на концах последовательностей, когда все последовательности имеют разную длину.Однако GenBank предпочитает не включать концевые N в последовательности, поскольку они считаются неоднозначными данными, не добавляющими дополнительной ценности последовательности.

Использование Trim Terminal Ns приведет к удалению 5-футового терминала Ns и приведет к следующему:

Когда используется Trim Terminal Ns для удаления 5’ или 3’ n’ов, всплывающее диалоговое окно сообщит о последовательности(ях) и количестве удаленных n’ов.

Если терминалы N не удалены из отправляемой последовательности, они будут удалены при обработке последовательности GenBank.

Расширить известные пробелы, включив в них фланкирующие N

После отправки файла, содержащего пробелы, загрязнение часто может быть обнаружено с помощью экрана постороннего загрязнения рядом с границей пробела. Чтобы система координат оставалась неизменной, загрязнение часто заменяют на N в последовательности. Однако теперь эти N необходимо включить в соседний зазор. Вместо того, чтобы удалять все пробелы и добавлять их обратно, просто используйте кнопку «Расширить известные пробелы, чтобы включить фланкирование N», чтобы настроить пробелы в файле отправки, чтобы включить эту дополнительную последовательность, когда пробел имеет расчетную длину. Всегда проверяйте, чтобы предполагаемая длина зазора изменилась соответствующим образом. Обратите внимание, что эта задача работает только тогда, когда зазор оценивается по длине. Его нельзя использовать, когда промежутки имеют неизвестную длину.

Добавить доказательства связи ко всем пробелам

В ПРОГРЕССЕ

Добавить разрывы сборки в последовательность

Добавить зазоры сборки в последовательность открывает диалоговое окно, позволяющее идентифицировать и описывать зазоры в текущей последовательности.

Что такое пробел в последовательности? Участок неизвестной последовательности между участками известной последовательности. Неизвестная последовательность может иметь известную (оценочную) длину, основанную на выравнивании или другой биологии, или может быть неизвестной длины.

Все пробелы неизвестной длины в последовательности должны быть представлены строкой ровно из 100 внутренних N. Первый выбор в диалоговом окне по умолчанию соответствует этому описанию и преобразует эти пробелы при нажатии кнопки «Принять».

Все промежутки (внутренние строки N) длиной 101 N или более будут преобразованы в промежутки известной длины, равной количеству N. Это также настройка по умолчанию.

Кроме того, по умолчанию CDS с интервалами, включающими промежутки, будут скорректированы при преобразовании промежутков.

Добавление информации о связи к пробелам позволяет установить тип разрыва, связь и свидетельство связи. Выберите соответствующий тип из раскрывающегося меню и, при необходимости, соответствующую связь и доказательство.

Выберите «Принять», чтобы применить описанные пробелы, или «Отмена», чтобы закрыть диалоговое окно без каких-либо действий.

Удалить пробелы

Удалить элементы зазоров удаляет все элементы зазоров сборки в файле отправки. Если пробелы были включены в файл отправки с помощью функции «Добавить пробелы сборки в последовательность» в Genome Workbench или с помощью программ table2asn_gff или tbl2asn, эту функцию можно использовать для их удаления. Обратите внимание, что это не изменяет базовую последовательность, а только возвращает последовательность в состояние до промежутка. Будут ошибки, связанные с наличием N, если элементы зазоров сборки не будут добавлены обратно. Зазоры можно добавить обратно с помощью команды «Добавить зазоры сборки в последовательность» с новыми настройками.

Читайте также: