Как открыть файл кляпа

Обновлено: 04.07.2024

350 копий
Карта MP3 в комплекте
Обе стороны заканчиваются закрытым пазом; сторона A с механическим пульсом и сторона B с голосом.
Записано в Оберлине, Ройал-Оук, Буффало, Копенгагене и Анн-Арборе.
Записано Finalized 1 февраля 2017 г. в поезде между Халл и Лондон.
Спасибо, Райан, Гибби и Форест.

Петли ленты, Yamaha CS-5, тачка, Erase Heads, Radio Shack Piezos, Lips,
Schoeber Reverbatape, Wind Licked Dirt, Shitty Drumset, Fancy Piano, Realistic Mixe, Taser,
Moog Rogue , Лем Бэби, Ножницы, Пластиковый стол, Металлический стул, Скрытый настольный диктофон,
Погремушка, Птицы, CTA 102, Эхо-камера, Симулятор киборга.

℗ 2017 Huron House Music (ASCAP) / © Dais Records, 2017

Штрих-код и другие идентификаторы

Общество прав человека: ASCAP
Матрица / биение (биение, сторона А, гравировка): BONATI MASTERING NYC 27693.1(2).
Матрица / биение (биение, сторона B, гравировка): BONATI MASTERING NYC 27693.2(2).

Условия

Политики отмены: Заказы будут привлечены, если оплата не пройдет в течение 7 дней. ** ПРОЧТИТЕ ПЕРЕД РАЗМЕЩЕНИЕМ ЗАКАЗА **

- Если вы хотите отправить более 6 пластинок (или 10 компакт-дисков), запросите у нас стоимость доставки! Мы всегда ищем самый дешевый/лучший вариант.

ВНИМАНИЕ! ПОЖАЛУЙСТА, ВНИМАТЕЛЬНО ПРОВЕРЬТЕ ВСЕ ПОСЫЛКИ, ПРЕЖДЕ ЧЕМ ПОДПИСАТЬСЯ НА НИХ. ЕСЛИ ОН ВЫГЛЯДИТ КАКИМ-ЛИБО ПОВРЕЖДЕННЫМ, ПОКОРОНЫМ ИЛИ ОТКРЫТЫМ, ПОЖАЛУЙСТА, ОТКАЗАЙТЕСЬ ОТ ДОСТАВКИ И ПОПРОСИТЕ ПИСЬМЕННОЕ ПОДТВЕРЖДЕНИЕ ОТ КУРЬЕРА, ЧТО ПОСЫЛКА БЫЛА ПОВРЕЖДЕНА ИЛИ ОТКРЫТА.

ОТСЛЕЖИВАНИЕ:
После того, как ваш заказ будет отправлен, мы вышлем вам номер для отслеживания. Посылки, отправленные заказным письмом, отслеживаются онлайн

УПАКОВКА:
Записи упакованы в многослойную картонную коробку и защищены картонными ребрами жесткости. По запросу мы можем упаковать виниловые пластинки вне конверта.

ОПЛАТА:
Оплата возможна только через PayPal, начиная с 01.02.2022 (Discogs PayPal Payments Solution).

Внесение дополнительных изменений в ваши заказы после их оплаты больше невозможно!

ЦВЕТНОЙ ВИНИЛ ОТКАЗ ОТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ:
Иногда на этикетках будет использоваться один и тот же штрих-код и каталожный номер для нескольких цветных вариантов LP, если вы хотите убедиться, что цвет винила соответствует указанному, разместите заказ и СВЯЖИТЕСЬ С НАМИ ПРЕДВАРИТЕЛЬНО. к оплате.

ДОСТУПНОСТЬ:
Мы продаем на нескольких платформах, и иногда проданные товары не сразу исчезают из списка, поэтому может случиться так, что заказанная вами запись отсутствует на складе или больше недоступна. Не беспокойтесь — в большинстве случаев мы можем получить новую копию в течение 2–10 дней.

ОТЗЫВ:
Пожалуйста, не оставляйте отрицательный/нейтральный отзыв, предварительно не связавшись с нами. Любой вопрос можно решить мирным путем.

ЧАСЫ ОБСЛУЖИВАНИЯ КЛИЕНТОВ:
Понедельник-пятница с 9:00 до 17:00 (центральноевропейское время)
Мы не работаем по выходным, запросы, полученные с 17:00 пятницы по центральноевропейскому времени до 8:00 понедельника по центральноевропейскому времени, будут ответим в следующий понедельник.

Творчество нойз-музыканта Аарона Диллоуэя, ранее работавшего в Wolf Eyes, источает грубую уязвимость и игривость. В его новом альбоме сочетаются страх и любопытство.

В Аароне Диллоуэе всегда было что-то очаровательное. В то время как его товарищи по группе из Wolf Eyes, с которыми он играл во время их квинтэссенции начала 2000-х, кричали и били булавами, Диллоуэя можно было заметить за кулисами — он выглядел странно одиноким и очарованным, его челюсть слегка отвисла, а контактный микрофон был закреплен внутри. его щеки. Проволока свисала изо рта и висела перед его гитарой. После того, как он отделился от группы, Диллоуэй неожиданно повернул налево и переехал в Катманду, Непал, чтобы записать семью Натхов, группу заклинателей змей, которых он встретил, «бродя по улицам и деревням… в поисках звуков и музыки». Но именно в его сольной работе все становится по-настоящему странным.

Нойз-музыка часто исследует темы катарсиса, используя взрывные объемы и измельченные текстуры, чтобы перенести артистов и слушателей в состояния, выходящие за общепринятые границы музыки. Абразивность одновременно отсеивает нежелательных зрителей и защищает артистов. В конце концов, если вам это не нравится, вы, вероятно, просто не понимаете. Не так обстоит дело с Диллоуэем, чья музыка источает грубую уязвимость и игривость. В фильме Modern Jester 2012 года этот подход достиг своего апогея, старательно растягивая грязные петли ленты в богатую ткань отвратительного дискомфорта.

The Gag File является продолжением Modern Jester и ничуть не менее вознаграждает и нервирует, чем его предшественник, хотя его длина почти вдвое меньше, поэтому его легче понять. переварить. Открывающая песня «Ghost» сразу же захватывает внимание простым, трепещущим синтезаторным гулом и качающимся ритмом.На бумаге это звучит не так уж и много, но Диллоуэй находит правильный баланс между страхом и любопытством. (Он кажется липким и нечистым, но что именно, это?) Позже в микс вмешивается бормочущий вокал, вызывающий шепот мертвых глаз серийного убийцы из фильмов категории B. «Караоке с Кэлом» переворачивает динамику, выдвигая на первый план мужской голос, теперь задыхающийся и задыхающийся в поле легкого шипения ленты и ничего больше, а затем представляя вздымающуюся, одинокую фигуру пианино.

В этом направлении движется остальная часть пластинки, спотыкаясь и проползая сквозь звуковой мусор. «Inhuman Form Reflected» смешивает шумы толпы — может быть, с американских горок, может быть, из чего-то более катастрофического — с вялыми синтезаторными прогрессиями. Это заканчивается тем, что единственная фигура стонет, кричит в панике и, в конце концов, падает. Позже «Нет глазниц (для Отто и Синди)» искажает полевые записи бара; дружелюбное хихиканье и альт-рок, бурлящие посреди нисходящего альбома, заставляют вас нервничать.

Диллоуэй недавно сотрудничал в прямом эфире с Genesis P-Orridge, и это сотрудничество имеет смысл. Вы можете проследить прямую связь между скользким, напевным ужасом «Hamburger Lady» и The Gag File — ужас, странность и двусмысленность альбома кажутся такими же резонансными. Слушая в спортзале посреди дня множество телевизоров, настроенных на Трампа, «Самые смешные домашние видео Америки» и рекламные ролики «революционных чистящих средств», я не мог придумать лучшего саундтрека.

Почти все эти песни основаны на каком-то ритме, но не на том, который обычно продвигает музыку вперед. Это ритмы хрипов, поломанных стирально-сушильных машин в ветхих подвалах, звук моторика после того, как все моторы проржавели насквозь. Диллоуэй пропускает кульминационные арки повествования ради немигающей эмоциональной чистоты, и, в отличие от работы его соотечественников в «Глазах волка», The Gag File никогда не бывает ни охраняемым, ни откровенно антиутопическим. Каким бы резким ни был альбом, Диллоуэй поддерживает дневниковый тон — честный, по существу и открытый для интерпретаций. Невозможно не представить, как он бродит по своим старым излюбленным местам Детройта, хитрый наблюдатель, делающий заметки о жуткой смеси упадка, обновления, опасности и возможностей города. Здесь явная привязанность к детриту, внутренняя логика, которая считается и с гнилью, и с последующим сырым, грибковым ростом. Преследуемый призраками своей собственной индустрии, Средний Запад породил нойз-андеграунд, который чувствует себя совершенно незаинтересованным в надежде, тепле и сочувствии, которые может предложить музыка. В конце концов, какая от этого польза?

Новаторская карьера Филлис Диллер как стендап-комика длилась почти 50 лет. На протяжении всей своей карьеры она использовала кляп для организации своего материала. Папка с приколами Диллера состоит из стального шкафа с 48 ящиками (вместе с расширением на 3 ящика), содержащего более 52 000 каталожных карточек размером 3 на 5 дюймов, каждая из которых содержит напечатанную на машинке шутку или прикол. Эти каталожные карточки организованы в алфавитном порядке по темам, начиная от аксессуаров и заканчивая событиями в мире и охватывая почти все, что между ними. Вместе мы сможем лучше задокументировать шутки Филлис Диллер и собрать важные данные, чтобы узнать больше о ее новаторской карьере.

Начав свою карьеру в 1950-х годах, Филлис Диллер преодолела барьеры в мире комедии и стала первой сольной женщиной-комиком, имя которой стало нарицательным. Она разработала сценический образ неумелой домохозяйки и оделась в диковинные наряды с растрепанными волосами. Ее материал был сосредоточен на самоуничижительных шутках, посвященных идеализированному образу американских матерей и домохозяек. Она также создала много других мифических персонажей, включая своего «мужа» Клыка, ее «соседку» миссис Чистую и ее «свекровь» Моби Дика. Высмеивание Диллером внутренних ожиданий соответствовало взглядам феминистского движения 1950-х и 1960-х годов.

Хотя Филлис Диллер создала большую часть собственного материала, она также использовала шутки других авторов. Иногда она покупала сразу несколько шуток у одного автора, а в других обстоятельствах фанаты рассылали ей шутки по почте. Многие из этих участников были женами и матерями со всей страны, у которых был подобный опыт, которым они могли поделиться с Диллером. Когда шутка была предоставлена писателем, отличным от Диллера, на карточке с шуткой указывается имя автора и часто, сколько шуток было получено и по какой цене. Некоторые каталожные карточки в коллекции содержат короткие остроты, в то время как в других случаях полная сюжетная линия шутки охватывает несколько каталожных карточек.

Подробнее о том, что нам нужно расшифровать эти карточки, можно узнать из записи блога O Say Can You See из Национального музея американской истории.

Обратите внимание: эти карточки дают возможность ознакомиться с первоисточниками, а также обсудить и поразмышлять об историческом контексте, культурных ценностях и других формах социальных отношений. Некоторый язык в этой коллекции может быть нечувствительным к культурным особенностям или оскорбительным для некоторых зрителей.Он представлен в том виде, в котором он существует в исходном документе, в интересах исследования. Материал отражает культуру и контекст, в котором он был создан, а не точку зрения Смитсоновского института.

Помимо досье Филлис Диллер, в Отделе культуры и искусства Национального музея американской истории хранятся костюмы, реквизит, телевизионные сценарии, фотографии, книги и аудиозаписи, иллюстрирующие разнообразную карьеру Диллер, охватившую почти половину век. Мы приглашаем вас присоединиться к нам, поскольку мы собираем больше данных о досье Филлис Диллер, чтобы более полно задокументировать и отметить ее впечатляющую карьеру, а также сделать эти карты более доступными для исследователей и общественности.

Оцифровка коллекции каталожных карточек Филлис Диллер была щедро поддержана Майком Уилкинсом и Шейлой Дуиньян.

Наш процесс расшифровки и проверки

Мы стремимся сбалансировать качество и скорость нашего процесса расшифровки; ваши отзывы помогают нам улучшить наш подход. На данный момент наша система работает следующим образом:

1) Любой может начать расшифровку или добавить расшифровку документа.

2) После того, как доброволец решит, что он «закончил» и готов к рассмотрению, другой доброволец (у которого должна быть учетная запись на сайте) может просмотреть расшифровку и либо отправить ее на редактирование, либо завершить. транскрипция.

3) Готовая стенограмма отправляется в Смитсоновский институт, где ее можно использовать немедленно или подвергнуть дополнительной обработке.

Как расшифровать файл кляпа Филлис Диллер

Мы просим вашей помощи, чтобы эти шутки, остроты и шутки было легче находить с помощью поиска. Пожалуйста, расшифруйте каждую карточку следующим образом — как написано, с каждым элементом в отдельной строке:

Категория
Автор или комик(ne)
ДД/МММ/ГГГГ
Шутка

Пожалуйста, запишите случай на карточке таким образом, чтобы отразить то, как он отображается на карточке.

В этом примере "Phyllis Gag" карточка должна быть расшифрована как:

ВОЖДЕНИЕ
Филлис Гэг
ОКТЯБРЬ 1964 г.
Если бы все автомобили в мире были сложены встык - это было бы воскресенье после обеда.

Пожалуйста, посмотрите в качестве примера прописных (заглавных) букв на этот пример шутки о Бадди Бароне.

Карточка должна быть расшифрована как:

ЖИВОТНЫЕ
БАДДИ БАРОН
12 октября 1992 г.
НАША СОБАКА ЛАЕТ ДОСТАТОЧНО ВЫСОКИМ ТОНОМ, ЧТОБЫ ОТКРЫТЬ ДВЕРЬ ГАРАЖА.

Обратите внимание, что категория и автор не подчеркнуты. См. приведенные ниже инструкции о том, как транскрибировать подчеркнутые или выделенные фразы в шутках.

Конкретные элементы страницы и расшифровка карточек Филлис Диллер

Категория

Если у категории есть подкатегория, пожалуйста, расшифруйте как Категория: Подкатегория

Если категория не указана, введите Неизвестно. См. эту карточку в качестве примера.

Нет необходимости указывать, подчеркнута ли категория или вставлена ли подкатегория.

Не нужно указывать, если категория написана от руки. Расшифруйте как пример на этой карточке.

Автор

Если указан второй человек или источник, укажите их обоих в расшифровке. Пример "Филлис Гагс. Миссис Рона Грир" с этой карточки.

Нет необходимости указывать, если автор подчеркнут.

Обратите внимание, что дату можно ввести в отдельной строке в формате ДД/МММ/ГГГГ или как можно больше информации о дате. См. изображения карточек выше в качестве примеров.

Если на карточке нет даты, введите Неизвестно.

Заглавные буквы

Пожалуйста, расшифруйте карточки, как они напечатаны или написаны. Регистр или заглавные буквы (и ВСЕ ЗАГЛАВНЫЕ) не повлияют на поиск в нашей системе. В качестве примера см. эту карточку с несколькими обращениями

Штампованные элементы

На некоторых карточках может быть указана категория. Нет необходимости включать соглашение [[stamped]], применяемое в других проектах Смитсоновского центра транскрипции. Расшифруйте, как на этой карточке.

Шутки с несколькими карточками

Посмотрите на этот пример шутки с двумя картами: Карточка - 1 - и Карточка - 2 -.

Числа на карточках

Правки для шуток

Если Шутка была отредактирована для изменения, добавления или удаления слов, укажите эти изменения. Команда кураторов и коллекций хотела бы узнать больше о процессе Диллера, отраженном в этих правках.

Вот пример рукописной вставки в шутку.

На этой карточке показан пример того, как указать, что часть шутки была отредактирована.

Акцент в шутках

Пожалуйста, указывайте, когда в шутке подчеркивается слово или фраза; этот акцент, как правило, будет подчеркнутым словом или фразой. Вы можете отразить ударение с помощью [[подчеркнуто]] слова или фразы [[/подчеркнуто]].

Ошибки в карточках

Пожалуйста, расшифруйте карточки и слово с ошибкой так, как они написаны. Вы можете оставить примечание в поле «Примечания к расшифровке этой страницы», чтобы предупредить персонал об орфографической ошибке. Посмотрите этот пример того, как оставить заметку.

Комиксы на карточках

Некоторые карточки с шутками Филлис Диллер на самом деле являются комиксами! Пожалуйста, добавьте дополнительную строку после Шутки, где вы описываете комикс, используя [[комикс ___]] или [[газетный мультфильм ___]]. Вот пример комикса о Локхорнах, наклеенного на карточку.

Заполненные и утвержденные карточки: примеры

См. эти утвержденные карточки в качестве примеров того, как транскрибировать: «Жизнь опасна» и «За рулем».

Освещение в СМИ файла с шутками Филлис Диллер

Узнайте больше о том, как Филлис Диллер пожертвовала свой файл с шутками Национальному музею американской истории, из следующих источников.

Расскажите нам больше!

Как только вы обнаружите какие-либо связи (например, с другими известными комиками, отсылками к событиям и т. д.) в этих проектах, сообщите нам об этом. Мы добавим их ниже!

Присоединяйтесь к нам

Независимо от того, являетесь ли вы специалистом в области архивного дела, сотрудником, исследователем, студентом или любопытным человеком, мы активно ищем добровольцев, которые присоединятся к этой всемирной инициативе. С вашей помощью мы сможем сделать наши обширные коллекции по искусству, истории и науке более доступными для всех и во всем мире. Вы можете просматривать проекты

Другие вопросы?

Благодарим вас за интерес, проявленный к Смитсоновскому центру транскрипции. Если у вас есть вопросы, предложения или просто мысли о Центре транскрипции, свяжитесь с нами здесь. Вы также можете отправлять вопросы в Твиттер @TranscribeSI.

Этот проект является продуктом многих увлеченных, творческих и преданных делу людей, которые внесли свой вклад в предметную область, технические решения, контент и дизайн, а также многое другое. Благодаря вашим отзывам мы можем продолжать совершенствоваться.

НЕ ПОДДЕРЖИВАЕТСЯ — приложение командной строки для чтения, очистки, аннотирования и изменения геномных данных. Можно экспортировать файл NCBI .tbl с аннотациями генома.

Лицензия

GAG выпущен под лицензией MIT.

Цель

GAG может считывать геном и записывать его в формат NCBI .tbl. Это основная цель программы. Однако, если вы пишете файл .tbl, есть большая вероятность, что вашему геному суждено встретить tbl2asn дальше по течению. В преддверии этой встречи GAG включает (растущее) количество опций для удаления сомнительных функций или обрезки ошибочных областей из вашего генома. Его также можно использовать для добавления функциональных аннотаций. Эти параметры описаны в разделе «Расширенное использование».

Установка

GAG написан на Python 2. Если у вас установлен Python 2 (не 3!), вы можете скачать заархивированный исходный код по ссылке вверху этой страницы, извлечь его и запустить.

Основное использование

Вот как может выглядеть очень простой сеанс GAG:

Эта команда создаст подпапку gag_output, содержащую, среди прочего, файл .tbl.

Геном

Что такое геном? Отличный вопрос. Геном может быть разным для многих людей. Для GAG геном — это файл .fasta и файл .gff.

Быстрый файл

Вы должны предоставить GAG файл .fasta с данными о последовательностях нуклеиновых кислот. (Подробнее здесь.) Важно отметить, что GAG ожидает найти в ваших последовательностях только «A», «C», «G», «T» или «N» (верхний или нижний регистр). Смешанные основания («R», «M» и т. д.) или недопустимые основания («Q», «ㅊ» и т. д.) преобразуются в «N» для трансляции белка, обнаружения стартового/стоп-кодона или чего-то еще. мы могли бы пофантазировать.

Компания GAG примет сборку с каркасом или без него, хотя сборка с каркасом рекомендуется.

Файл GFF3

Для достижения наилучших результатов используйте действительный файл GFF3. Спецификацию GFF3 можно найти на домашней странице Sequence Ontology, а здесь есть валидатор. Программное обеспечение genometools также можно использовать для исправления простых ошибок в файлах gff3 до использования GAG. (В случае непредсказуемых результатов попробуйте загрузить недопустимый файл. Известно, что это работает. Кто знает?)

Ваш предполагаемый действующий файл GFF3 должен содержать признаки, идентифицированные как «ген», «мРНК», «экзон» и «CDS», а также возможные сопутствующие элементы «start_codon» и «stop_codon». Есть и другие действительные функции, но на данный момент GAG будет игнорировать их, записывая их в файл с именем «genome.ignored.gff» для потомков. (Вы всегда можете воссоединить эти функции с окончательным результатом, набрав cat genome.ignored.gff genome.gff > reunited.gff в командной строке Linux.) Если у вас есть любимая функция, которая, по вашему мнению, должна быть в вашем .tbl-файле, посетите страницу страницу проблем и сообщите нам об этом.

Столбец 9 файла GFF3 — это столбец «атрибуты». Для каждой функции требуется уникальное поле «ID»; поле «Родитель» обязательно для всех негенных признаков; все остальное подливка. Например, добавьте уникальное поле «Имя» в свой ген, и оно будет включено в ваш .tbl-файл. Прикрепите поля «Dbxref» или «Ontology_term» к своей функции mRNA, и эти аннотации будут добавлены при записи файла .tbl. Дополнительную информацию и примеры см. в разделе Функциональные аннотации.

Ссылка на GAG

Укажите следующее:

Следующие виньетки демонстрируют некоторые возможности GAG по удалению сомнительных особенностей вашего генома, исправлению ошибок и пометке функций для дальнейшего изучения.

Удаление терминала N

В зависимости от используемого вами ассемблера ваш геном может содержать последовательности, начинающиеся или заканчивающиеся неизвестными основаниями ("N" или "n"). NCBI не будет принимать материалы, содержащие такие последовательности. Например, взгляните на файл walkthrough/terminal_ns/genome.fasta. Он ползает по неизвестным базам. Этот тип последовательности принесет вашему представлению генома большую красную отметку «ОТКЛОНЕН».

GAG может проверять каждую последовательность в вашем .fasta на наличие N в начале или в конце. Если он их найдет, он удалит их из последовательности и (если основания были в начале последовательности) соответствующим образом обновит индексы всех признаков в последовательности. Если случайно у вас есть ген, который начинается с одного из этих неизвестных оснований, он будет удален. Такова жизнь. (Примечание: GAG только удаляет 'N' в начале или конце каркаса; он не удаляет неизвестные основания в сборке.)

Чтобы использовать эту невероятную мощь, просто запустите GAG с флагом --fix_terminal_ns:

Если вы сейчас откроете файл terminal_ns_removed/genome.fasta, вы увидите, что буквы «N» в начале и в конце последовательности исчезли. (Сравните этот файл с файлом walkthrough/terminal_ns/genome.fasta .) Кроме того, индексы каждой функции в файле 'terminal_ns_removed/genome.gff' обновляются, чтобы соответствовать новой очищенной последовательности.

Пометка и удаление коротких интронов (и многое другое)

Еще одно руководство NCBI касается минимальной длины интронов. Десять кажется магическим числом. Однако довольно часто можно найти структурные аннотации, поступающие из автоматизированных конвейеров аннотаций с более короткими интронами. К счастью, GAG может пометить (или удалить) их для вас. Возможно ли, что в вашем геноме действительно есть интроны короче 10 п.н.? Полагаю, что так. Должны ли вы просто взять и удалить каждую мРНК с коротким интроном? Или каждая мРНК, кодирующая белок короче определенной длины? Это зависит от вас. Но tbl2asn и NCBI имеют определенные ограничения минимального размера для интронов, длин пептидов и т. д. Так что, если вы хотите сохранить что-то, выходящее за эти пределы, берите это с ними. Тем, кто проявляет осторожность, мы предлагаем пометить и проверить.

Ниже приведен пример пометки и удаления коротких интронов; чтобы получить полный список команд, введите gag.py -h

Для начала давайте получим некоторые основные статистические данные о нашем геноме. Запустите GAG без каких-либо специальных параметров:

Теперь взгляните на файл статистики, расположенный по адресу gag_output/genome.stats. Вы увидите много информации; вот хорошие моменты:

Итак, у нас есть два гена, и по крайней мере один из них имеет подозрительно короткий интрон. Посмотрите пошаговое руководство/short_introns/genome.gff

Если вы посчитаете, то увидите, что длина интрона между этими двумя экзонами составляет всего 4 п.н. Мы нашли виновника.

Чтобы решить эту проблему, снова запустите GAG, на этот раз с параметром --flag_introns_shorter_than:

Проверка результатов в flagged_intron/genome.gff:

Единственная разница заключается в самом последнем столбце — оба этих экзона имеют дополнительную аннотацию. Там написано gag_flag=intron_min_length:10 .

На этом этапе вы можете загрузить помеченный геном в браузер геномов и выполнить поиск объектов, содержащих аннотацию gag_flag, чтобы изучить их более внимательно. Если вы определили, что они не принадлежат вашему геному, вернитесь в GAG и замените «флаг» на «удалить» в приведенной выше команде.

Последнее слово об удалении таких функций: политика GAG заключается в удалении родительской мРНК при обнаружении неправильной длины интрона, экзона или CDS. Если при этом родительский ген остается без каких-либо мРНК, ген также удаляется. Другими словами, GAG по умолчанию удаляет пустые гены и мРНК.Если у вас есть пустые функции, которые вы хотели бы сохранить по какой-либо причине, зайдите на страницу "Проблемы" и сообщите нам об этом.

Создание стартовых и стоп-кодонов

Некоторые конфигурации определенных конвейеров/программного обеспечения аннотаций будут создавать строки в файле GFF3, указывающие функции start_codon и stop_codon. Как упоминалось выше, GAG считывает и сохраняет эти функции. Если они отсутствуют в ваших аннотациях (что бывает часто), вы должны их создать. Если они присутствуют в вашем файле gff3 и вы не запустите эту команду, GAG посчитает их правильными и переведет на их основе. Если в вашем файле GFF3 есть явные признаки стартового и стоп-кодона и у вас есть основания полагать, что они неверны или полностью отсутствуют, запустите приведенную ниже команду, и GAG произведет пересчет (при условии стандартных эукариотических старт- и стоп-кодонов).< /p>

В качестве примера взгляните на геном, содержащийся в папке walkthrough/start_stop_codons. .fasta выглядит так: а .gff выглядит так:

Если вы используете GAG для записи этого генома в выходную папку, файл genome.stats будет содержать много статистических данных; вот основные моменты:

Итак, CDS у нас один, и у него нет ни остановки, ни начала. Однако, если вы наденете очки для чтения и просмотрите файл .gff, вы увидите, что первые три основания этих компакт-дисков имеют индексы 6, 7, 8. Если вы посчитаете основания в .fasta, вы см., что соответствующие нуклеотиды 'atg'. Похоже на стартовый кодон для меня. Вы можете выполнить аналогичное упражнение, чтобы найти последние три основания, или просто довериться тому, что мы для удобства представили их в нижнем регистре — это «метка», стоп-кодон.

Чтобы устранить эту оплошность, запустите GAG с флагом fix_start_stop:

Взгляните на start_stop_fixed/genome.stats и поразитесь улучшениям. Вот соответствующие строки:

Эта CDS теперь считается "завершенной", что означает, что мы нашли начало и конец. Когда вы записываете его в формате .tbl, эта информация будет перенесена и предотвратит эти коварные сообщения «ERROR: PartialProblem» от tbl2asn.

Функциональные аннотации

GAG поддерживает два взаимодополняющих метода добавления функциональных аннотаций в ваш геном. Самый простой способ — включить их в столбец 9 вашего файла .gff. Добавление записи «Name=___» к гене приведет к тому, что это имя гена будет добавлено в ваш файл .tbl. Затем вы можете добавить записи в его дочерние мРНК, используя одно из следующих ключевых слов: «Dbxref=___», «Ontology_term=___» или «product=___». (Обратите внимание на строчную букву «p» в «продукте». Это важно; атрибуты, начинающиеся с заглавных букв, зарезервированы в спецификации GFF3.)

Еще один вариант — передать GAG файл с вашими аннотациями, разделенный табуляцией. Вы можете сделать это самостоятельно, если у вас есть пользовательские аннотации, или использовать Annie, средство извлечения аннотаций. Энни фокусируется на использовании белков UniProt Swissprot, созданных вручную, чтобы предоставить возможное имя гена и функцию белка, и InterProScan, чтобы предоставить перекрестные ссылки на аннотации из функциональных баз данных. Если вы решите создать эту таблицу самостоятельно, как и в первом варианте, вы можете добавить имена к генам или аннотации к мРНК. В каждой строке таблицы должно быть три строки. Первый столбец должен содержать идентификатор гена или мРНК, которые необходимо аннотировать. Для генов формат следующий:

Обратите внимание, что второй столбец должен содержать слово «имя», просто чтобы подчеркнуть, что вы даете гену имя. Гены не могут принимать функции, перекрестные ссылки в базе данных и т. д. Они принадлежат мРНК, записи в таблице которых должны выглядеть так:

Все это (надеюсь) проясняется на примере. Взгляните на геном, содержащийся в папке «прохождение/аннотации». Вот .gff:

Как видите, первый ген ("TEST_1") имеет "Имя", а его дочерняя мРНК ("TEST_1-RA") имеет аннотации "Dbxref" и "продукт". Теперь взгляните на файл genome.annotations:

Эта таблица содержит аннотации для второго гена в геноме. Мы добавим эти аннотации и запишем геном в файл .tbl.

Взгляните на файл 'annotated/genome.tbl'. Это должно выглядеть так:

Как видите, у обоих генов теперь есть имена, а соответствующие им дочерние признаки имеют функциональные аннотации.

Читайте также: