Ошибка при инициализации компаса 18, как исправить windows 10

Обновлено: 04.07.2024

Эта фиксация не принадлежит ни к одной из веток в этом репозитории и может принадлежать ответвлению за пределами репозитория.

0 участников

Пользователи, внесшие вклад в этот файл

Открыть с рабочего стола
Просмотреть в необработанном виде
Копировать исходное содержимое Копировать необработанное содержимое

Копировать необработанное содержимое

Все заметные изменения в этом проекте будут задокументированы в этом файле.

Формат основан на ведении журнала изменений, и этот проект придерживается семантического управления версиями.

Удален кодер xtrn. 768f648
переименовать метод в TLS-моникер, локальное хранилище потока 8860c28
Удалены NTGhostscriptDLL и NTGhostscriptLoadDLL из частного заголовка. 70b7dfa
удалить ссылку на ImageMagickObject d64a152
Исправлена установка в папку, содержащую символы, отличные от ASCII. e3d32a2
не перераспределять данные, относящиеся к потоку b61069a
косметика 6831beb
Удален кодер xtrn. 854e7be
исправить исключение компилятора под Cygwin 32315c98c1bf89
удалить ссылки на ImageMagickObject 1e63c5c
ожидает выпуска 9b99699
ожидает выпуска 9ce4eba
косметика c02d827
ожидается выпуск 8a8673ae6d7f78
ожидается выпуск e7418d5
ожидается выпуск b855d8e
нет необходимости в условной компиляции d5fe059
пошаговое исправление d0a2bc4
Пробел. b36de79
Создать исключение, если изображение не может быть прочитано, но исключение не возникло. 3e15c68
ожидает выпуска fd143dc

косметика 1da04daf5aeb09
исправить единичное значение ce4d5cb
поштучное исправление 409d6db
показать последний символ отладки e6a76f8a339e1f
ожидается выпуск 3264d72
пошаговое исправление e41e29800e5d3a5a76293
один раз при отладке cb6374d
восстановить DC25885
альфа никогда не равна нулю ff04a51

возможная оптимизация производительности 1e04814666ab9a
правильный год авторского права 99ef124
оптимизировать чтение свойств XPM cd103b8
косметика 5683607
Удалена проверка IsAVI. 6eb9f96
Исправлена кодировка UTF-16 с прямым порядком байтов. 71e590e
ожидается выпуск 002c3d7
предотвратить целочисленное переполнение a69648d0977428
обновить год авторских прав f5cb4ce
Удалены переименованные методы. 88f63de37ac2f0
Исправлена ошибка сборки. 8cb3ec3

разрешить наложение изображений MPRI 4dd4d0d
поднять уровень исправления версии e662b69
ожидает выпуска f0b31c1
проверить чрезмерную длину названия цвета 1025a9b
ожидается выпуск f1e0995
восстановить MPRI URI d624f7f

проверить чрезмерный запрос памяти при рисовании 50aeffe77fc0b9
Это новый рассвет; Это новый день; Это новая жизнь; Для ImageMagick 49ea804
изменить размер блока с int на ssize_t ba2e0ef
ожидается плата за выпуск44f7
ожидает выпуска fca98f0
ожидается выпуск 44065d3f5f594a
Заголовок PDF в формате Unicode bf36be48e326c6
Добавлена проверка отсутствующей версии. 9cfea23

Создайте ImageMagick для Windows с помощью VisualStudio 2022. а9б405б
Используйте те же проверки, что и в IM7. а93с000
разрешить 4 ГБ блоков 23b4299
улучшено исправление возможного отказа в обслуживании для некоторых конструкций SVG 84ec30525c9e4d9002280
AVIF поддерживается кодером HEIC 2287dca2318bfb
устранить предупреждения компилятора C++ 08dd651
Удален комментарий. f5bac9b21bddc2
Добавлены проверки на недопустимый размер канала PSD. e26d718
вернуть дада640
устранить редкую утечку памяти cf21bd4aee3f00
Сборка configure изменена на 64-разрядную. f5cb4bb2ff94fa
нулевая геометрия формата бумаги 43823598854349
ожидает выпуска aff974efd1df0b
Исправлена возможная утечка памяти. e5bee23
Исправлена сборка Windows. e838900
косметика 623e681
ожидается выпуск d02bc00
нечеткая проверка на равенство 0256b55
восстановить 46859fd
Добавлен переход на использование установленной версии Strawberry Perl. д68е6фа
Разрешить диспетчеризацию рабочего процесса. 809c4ce

Задайте цветовое пространство после проверки ширины и высоты изображения. 3fd8496c10351c
проверить наличие несбалансированной скобки 6fdd03b
ожидает выпуска 0b0cbf7
Исправлен вызов метода. 05259b5

Поменял местами методы Sync8BimProfile и SyncExifProfile. 77b718c
Улучшена настройка смещения страницы при изменении размера изображения. accf336fb428af
Также синхронизируйте профиль exif внутри профиля 8bim. 3be80bc9f7310b526a3d1
улучшена настройка смещения страницы при изменении размера изображения c8bb427
восстановить 7cbce51094e143
ожидается выпуск a518f31
Исправленное имя метода. 15aadb7
Исправлен встроенный видеокодер и декодер. 91 320 куб.см
Восстановлено отладочное сообщение. 2ab41fb
Исправлено приведение типов. 87ce0d8

восстановить исправление утечки памяти e735d88fa5c3aa4c0fcf3
Добавлены отсутствующие проверки возвращаемого значения методов exr. 5beeab8
ASAN возвращает ложные срабатывания для OMP 976dba6
Добавлена проверка на недопустимый размер. 94f76dd2a29e35
ожидает выпуска be1bc1d
ожидается выпуск b5525d6
ожидает выпуска 3bf73bf9a7d07d
ожидается выпуск 1832b1d
ожидается выпуск 9e8e460
устранить предупреждение компилятора 63f5b43e35c98c
закрыть входной файл при раннем выходе из-за исключения fd51385

Исправлены проверки определения OpenCL. 149fb8a
ожидает выпуска 4976493
Удалено ненужное определение. 6722a79
устранить возможное деление на ноль 8c80027

смягчить оповещения UBSAN 1219eac
проверить канал индекса NULL f63a211
устранить предупреждение компилятора 7864d48
проверить, являются ли индексы нулевыми 23bd0577599dd95f77de4
проверить индексы NULL e008625
проверить индексы NULL 3644f40
ожидает выпуска 1864067
менее агрессивная проверка работоспособности dda7d0bd46d0c6
удалить список изображений, а не только первое изображение c42cd7c
устранение предупреждений UBSAN a4dec0c
смягчить оповещения UBSAN 99841ed
ожидается выпуск 506ae2c

последние документы f624d40
Используйте CheckMergedImageAlpha, если размер слоя равен нулю. b614db7
ранний выход при исключении b272aca
Улучшено обнаружение %%. cddc5be
Исправлено определение цветового пространства CMYK. af56076ba084f6
ожидает выпуска efe0cae
ожидается выпуск 4dbdd3b

ожидается выпуск 0ca0004
ожидает выпуска af2ee30ba7e11c
Исправлено переполнение стека при анализе вредоносного файла изображения ps. f74b2b1
ожидается выпуск 1898d52
ожидается выпуск f59af4f
косметика d480691

настройка показателей больше не зависит от гравитации 6dc9251
:1 cc76510
Отменить корректировку значения y1 122366e.
Исправленные версии в журнале изменений. 7e972cc5c82207
устранить предупреждение компилятора 8afbdbc
исправить переполнение стека при анализе вредоносного изображения 85a370c2466e9a в формате TIFF
ожидает выпуска a85dee3
отменить оптимизацию 07c8384
небольшая оптимизация производительности 627cf43
ожидается выпуск adf4467
ожидает выпуска fd247de
Исправьте больше номеров версий. b0a8b26
ожидается выпуск 175f33e
ожидается выпуск 3430fb8
тестовый выпуск 01e79c2

не корректировать показатели, если гравитация не определена 79c537c
Использование пространства имен std после файлов заголовков ImageMagick перемещено для устранения проблем при включении ISO C++ 17 и ISO C17 2c96ab5.
исправить ошибку компилятора ANSI 94119fec8bba5b
ожидается выпуск af67f12

Настройте смещение границ x1, чтобы убедиться, что шрифт отображается внутри холста. 1746362
игнорировать профили нулевой длины 94cc6fd
Правильная замена пробелов, использующих более одного октета. 1d597191c5e41a
Отменить исправление, поскольку оно нарушает отрисовку шрифта для других шрифтов. c55ddb14748ccc
Корректировка границ измерений. fd9443b
ожидается выпуск c15d3ae
Добавлена дополнительная проверка для предотвращения замены неразрывного пробела новой строкой. 6e82f6f
косметика d2b4807
Предупреждение о молчании. 32bda8b
Указатель пробела по-прежнему указывал на старую строку. 96f65f4
Используйте тот же код, что и для IM7. 770902f
аргумент константа 4137ebca96f221
проверить статус возврата cca5a6a
Косметика. 7467737
Пробел. д338817
Исправлена ошибка сборки. 78e0310

Не устанавливайте разрешение, если используется рамка обрезки. de18836
ожидается выпуск 54a7092
Добавлены отсутствующие проверки на null. c7039d2
Дайте буферу правильный размер вместо "перераспределения". ecd4719
Добавлена ссылка на рекомендации. бд43241
ожидается выпуск 4230c6e
Добавлена отсутствующая бомба. bd9fb58eef08cc

проверьте, несовместимо ли цветовое пространство, прежде чем преобразовывать его в sRGB fdf7e64
параметр -format теперь учитывает аргумент -channel 6dc7e94
среднее значение уже вычислено, не вычисляйте его снова b1a8609
переполнение буфера в динамической памяти в кодировщике TIFF (предупреждение от Хантера Митчелла) e1fbcdf
оптимизировать обнаружение оттенков серого e38fce1
timeb.h устарел 827ba53
Используйте новое решение, которое уже обновлено до VS2019. b9ca6d9
устранить некорректное утверждение 78c72ee
изображения в градациях серого записывались неправильно 84e8b18
переполнение буфера динамической памяти в кодировщике TIFF (предупреждение от Хантера Митчелла) f90a091
сбросить структуру изображения участника magick e2045ec63037e737b4985
ожидается выпуск 4e5510e9aa9170
переполнение буфера в динамической памяти в кодировщике TIFF (предупреждение от Хантера Митчелла) 35b88c9
устранить предупреждение компилятора 1c9bcc6
Пробел 4d1d0a6
ожидает выпуска 0f1b20c
ожидается выпуск 1e43b29
ожидает выпуска d49be7f
ожидает выпуска bf9a427
остановить синтаксический анализ после исключения 44c3bfc
Используйте & вместо этого. 8a23eb241c943454df923
Запускайте тест OpenCL только при включенном OpenCL. a04e6c4
уменьшить перемещение памяти 0132164
остановить синтаксический анализ при исключении b915afb

вернуться; сохранить пары CoreGenesis/CoreTerminus; уничтожить идентификатор палочки 2f3cc2c
вызов MagickWandGenesis()/MagickWandTerminus() 64aef14
вызывать генезис/терминус жезла, а не ядро c4f26fb
Исправлена запись информации iptc, если она не хранится слишком долго. f4feb3e
установить заголовок wand.h, определяющий DestroyWandIDs() c2d788cf939ee0
ожидает выпуска c0e73a4
ожидает выпуска e28afaa
ожидается выпуск 1015767
ожидает выпуска 5b9a9dbe924a55
удалить смещение виртуального холста из подобия изображения 1f974fd

Используйте новые шаблоны задач. 7c853af
оптимизировать обнаружение оттенков серого ec9feab
Исправлено получение размеров изображения при идентификации файла postscript. д624б59
Исправлен анализ плашечных цветов документа PostScript. ce84a88
system() не поддерживается в IOS b9f3577
Тег-предиктор следует устанавливать только для определенных типов сжатия. 96c9b70
Добавлена возможность просмотра буфера байтов. 63bc851
Удален контрольный список. bc06359
присвоить мнимой составляющей комплексного сопряжения значение -Ai f6b610f
проверить нулевой демонинатор e110b81
Исправлена ошибка копирования и вставки. 0416173
В список автосвязывания добавлен raqm. 756685f
Объясните, что утечки памяти нет. 7f0b16c
предотвратить взрыв, если стандартное отклонение равно 0 033df67
ожидается выпуск 83e0280
правильный состав 4ce1321cd274e4

ожидается выпуск fdb4ff6
исправить повреждение памяти в ConcatenateStringInfo 7b5d5d9

ver выделение памяти, обычно используемое при объединении строк 73a59dc
Отменить исправление, которое автоматически меняет ориентацию изображения. 086c8ee
ожидается выпуск 46762e1
ожидается выпуск 25aa96d
Используйте то же преобразование типов, что и в ImageMagick 7. d02e016
ожидает выпуска 17d7b4b

обновить авторские права e65639e
Удалена сборка Трэвиса. бдфф671
обновить CSS 502d738
Всегда используйте подстановочный знак в NTOpenDirectory. 8305ee3
Добавлены отсутствующие проверки статуса. 7b2c55c
Согласно документации MSDN, путь не должен заканчиваться обратной косой чертой. 8533847
Исправлено чтение и запись фрагмента XMP в изображении WebP. 62b736a
Удалена неиспользуемая переменная. 5b44db7
Отключить предупреждения mingw. a4ec89d
ожидается выпуск 6f1745f
ожидает выпуска f4efad9d780ce0
ожидается выпуск 7f8bf2f3233cab
Допускается название цвета NULL d5a3cf7
Тип изображения не следует изменять, если изображение уже имеет правильный тип. 8f74220
устранение уязвимости переполнения буфера кучи благодаря ZhangJiaxing (@r0fm1a) из Codesafe Team of Legendsec в Qi'anxin Group b307bca2f1c004
ожидается выпуск 8947663
Определение определения перемещено в этот заголовочный файл. 5e2af4c2ac82aa

улучшить тестирование исключений 94026fbed78be2
support dither:diffusion-amount определяет дизеринг Riemersma 0d0f402
ожидает выпуска 0d11539

Замените табуляцию пробелами. b9d006e
Создайте файл threshold-map.h. d4c3361
Добавить полную карту пороговых значений c9753f9
улучшить имя метода 5d112e0
Используйте ExceptionInfo вместо того, чтобы позволять libraw печатать в stderr. 8462661
Исправлена проверка в декодере TIFF. a260de2caee165
восстановить комментарии 7d8a3b7
ожидается выпуск 1ba0774
исправить исключение разделителя Makefile 0d00ae75c22ac6
Используйте magick вместо MagickCore. 38f6779
Еще одна попытка. 816071e
исправить имена fbb8139
косметика f944c0e307f11e
ожидается выпуск 930161d
Исправлена опечатка. 3d0d0e0

перед разыменованием 5ee7e3e проверьте, что изображение не равно NULL
ожидает выпуска fea001e
ожидается выпуск 370ce4c

косметика 3832fa1
косметика 47e1eab
Исправлен журнал изменений. 165f89f
ожидается выпуск e9740ab
Исправлена опечатка. c8c3cf8

последняя версия automake/autoconf 1fb5916
ожидается выпуск e65db11
ожидает выпуска e06e7ff5b0acdb
записывать цветные изображения в формате tiff с альфа-каналом PHOTOMETRIC_RGB 270494f

добавьте одноразовый номер к генерации подписи d9600ecd94de13
ограничить список подизображений c4392aebec4e2dd4f04b4
отменить исправление 3415a1d
ожидает выпуска e183af8
ожидается выпуск a14972b
ожидается выпуск 8608fb14c0a1d5
ожидает выпуска b37dd2c75c05e189f9691

отменить исправление 7703d3b
предотвратить проблему неопределенного поведения, о которой сообщил Хардик 798838f
ожидает выпуска 328bd1a
ожидает выпуска 0f40ca2cbc076e
Добавлена отсутствующая проверка нуля. 3f8f861fbecaf0
ожидается выпуск fd23993
ожидается выпуск 7aab092
ожидает выпуска 0e74340f8e4322

ожидается выпуск 9b40562
ожидается выпуск 4ef5c73
избегайте взаимоблокировки omp 99ac197f940ecb

ожидается выпуск 4a83315448f9274eafab8
небольшая адаптация к источнику света D65 1df11cf

возможно деление на ноль + очистка буферов e53e24b
проверить, что изображение существует, прежде чем мы его уничтожим 3418473bbb2dff841138c
косметика 63d476864c0cc2
ожидается выпуск 309cf43
ожидается выпуск a9c2639
исправить исключение компилятора 2e0bf51
ожидается выпуск 627cbd7
ожидается выпуск 588d323
ожидает выпуска eb69a8ab365302
ожидает выпуска abad074f1e68d2
ожидает выпуска c5e7a8b
ожидается выпуск 7d56434

обновить документы dab48ba
поднять второстепенный выпуск 9f1d23f
косметика c8922ae
ожидается выпуск 769536db322ab0

Вы не можете выполнить это действие в данный момент.

Вы вошли в другую вкладку или окно. Перезагрузите, чтобы обновить сеанс. Вы вышли на другой вкладке или в другом окне. Перезагрузите, чтобы обновить сеанс.

Установите R >=3.5.0.Биопроводник 3.8 был разработан специально для этой версии R.

В этом выпуске Bioconductor добавлено 95 новых программных пакетов.

ACE использует сегментированные данные о количестве копий для оценки процента опухолевых клеток и построения графиков количества копий, отображающих абсолютные числа копий.

AffiX может определить GReX (генетически регулируемую экспрессию) для набора генов в выборке людей, используя метод, основанный на общей аффинности связывания (TBA). Статистические модели для импутации GReX можно обучить с помощью обучающего набора данных, где известны реальные значения суммарного выражения.

artMS artMS предоставляет набор инструментов для анализа протеомных наборов данных без меток. Он принимает в качестве входных данных результаты поиска MaxQuant (файл Evidence.txt) и выполняет контроль качества, относительную количественную оценку с использованием MSstats, последующий анализ и интеграцию. artMS также предоставляет набор функций для переформатирования и обеспечения совместимости с другими аналитическими инструментами, включая SAINTq, SAINTexpress, Phosfate и PHOTON.

Оценка ORF Чтобы оценить качество набора предсказанных генов для генома, необходимо сначала сопоставить данные с этим геномом. Затем каждый ген должен быть классифицирован в зависимости от того, насколько сильны доказательства за или против этого гена. Пакет AssessORF предоставляет функции и структуры классов, необходимые для выполнения этих задач, используя протеомные совпадения и эволюционно законсервированные стартовые кодоны в качестве доказательств.

bayNorm bayNorm используется для нормализации данных секвенирования РНК отдельных клеток.

Технологии метагеномного секвенирования BDMMAcorrect позволяют проводить количественный анализ микробиома. Однако объединение микробных данных из этих экспериментов является сложной задачей из-за различий между экспериментами. Существующие методы коррекции пакетных эффектов не учитывают взаимодействия между переменными — микробными таксонами в микробиологических исследованиях — и чрезмерной дисперсией данных микробиома. Следовательно, они не применимы к данным микробиома. Мы разрабатываем новый метод, байесовский полиномиальный регрессионный метаанализ Дирихле (BDMMA), для одновременного моделирования пакетных эффектов и обнаружения микробных таксонов, связанных с фенотипами. BDMMA автоматически моделирует зависимость между микробными таксонами и устойчив к высокой размерности микробиома и разреженности их ассоциаций.

BiocNeighbors Реализует точные и приблизительные методы обнаружения ближайших соседей в среде, которая позволяет легко переключать их в пакетах или рабочих процессах Bioconductor. Точный алгоритм реализуется с использованием предварительной кластеризации с помощью алгоритма k-средних, как описано Wang (2012). Это быстрее, чем обычные kd-деревья для поиска соседей в более высоких (> 20) размерных данных. Приближенный метод использует алгоритм Annoy. Также предусмотрены функции для поиска всех соседей на заданном расстоянии. Распараллеливание достигается для всех методов с помощью платформы BiocParallel.

BiocPkgTools Bioconductor имеет богатую экосистему метаданных о пакетах, использовании и статусе сборки. Этот пакет представляет собой простой набор функций для доступа к этим метаданным из R. Цель состоит в том, чтобы предоставить метаданные для интеллектуального анализа данных и дополнительных функций, таких как поиск пакетов, анализ текста и аналитика пакетов.

brainImageR BrainImageR — это пакет, который предоставляет пользователю информацию о том, где в человеческом мозгу соответствует его набор генов. Это предоставляется как в виде непрерывной переменной, так и в виде легко интерпретируемого изображения. BrainImageR имеет дополнительную функцию определения приблизительного времени развития, которому соответствует набор данных об экспрессии генов. Обогащение пространственного набора генов и предсказание момента времени развития оцениваются по сравнению со справочными данными Allen Brain Atlas.

breakpointR Этот пакет реализует функции для поиска точек останова, построения графиков и экспорта данных Strand-seq.

BUScorrect Экспериментальные данные с высокой пропускной способностью экспоненциально накапливаются в общедоступных базах данных. Однако добыче ценных научных открытий из этих обильных ресурсов мешают технические артефакты и присущая им биологическая неоднородность. Первые обычно называются «пакетными эффектами», а вторые часто моделируются «подтипами». Пакет R BUScorrect соответствует байесовской иерархической модели, модели пакетной коррекции эффектов с неизвестными подтипами (BUS), для исправления пакетных эффектов при наличии неизвестных подтипов. BUS может (а) явно корректировать эффекты пакетной обработки, (б) группировать образцы со схожими характеристиками в подтипы, (в) идентифицировать признаки, отличающие подтипы, и (г) использовать сложность вычислений линейного порядка.

CAMTHC Пакет R для характеристики неоднородности тканей с помощью конвексного анализа смесей (CAM). Он предоставляет основные функции для выполнения неконтролируемой деконволюции на профилях выражений смеси с помощью CAM и некоторые вспомогательные функции, помогающие понять результаты, специфичные для подгруппы.Он также реализует функции для выполнения контролируемой деконволюции на основе предварительных знаний о молекулярных маркерах, S-матрице или A-матрице. Комбинируя молекулярные маркеры из CAM и из предшествующих знаний, можно добиться полуконтролируемой деконволюции смесей.

celaref После этапа кластеризации в эксперименте с РНКсек для одной клетки этот пакет предназначен для предложения меток/типов клеток для кластеров на основе сходства с эталонным набором данных. Для этого требуется таблица количества прочтений на ячейку для каждого гена и список ячеек, принадлежащих каждому из кластеров (как для тестовых, так и для эталонных данных).

CellTrails CellTrails — это неконтролируемый алгоритм для хронологического упорядочения, визуализации и анализа данных об экспрессии отдельных клеток de novo. CellTrails использует геометрически мотивированную концепцию многомерного обучения с более низкой размерностью, которая демонстрирует множество достоинств, противодействующих внутреннему шуму данных отдельных ячеек, вызванному выпадением данных, техническими различиями и избыточностью прогностических переменных. CellTrails позволяет реконструировать траектории ветвления и обеспечивает интуитивно понятное графическое представление паттернов экспрессии вдоль всех ветвей одновременно. Это позволяет пользователю определять и делать выводы о динамике экспрессии отдельных и множественных путей к различным фенотипам.

cicero Cicero вычисляет предполагаемые цис-регуляторные карты на основе данных о доступности хроматина отдельных клеток. Он также расширяет монокль 2 для использования в данных доступности хроматина.

COCOA COCOA – это метод анализа различий между образцами, который можно использовать с данными, включающими геномные координаты, например данные о метилировании ДНК. На высоком уровне COCOA использует базу данных «наборов регионов» и анализ основных компонентов (PCA) ваших данных для выявления источников вариаций среди образцов. Набор областей представляет собой набор геномных областей, которые имеют общую биологическую аннотацию, например, области связывания фактора транскрипции, области модификации гистонов или открытые области хроматина. COCOA работает как в контролируемых (известные группы образцов), так и в неконтролируемых (без групп) ситуациях и может использоваться в качестве дополнения к «дифференциальным» методам, которые находят дискретные различия между группами. COCOA может определить биологически значимые источники различий между образцами и улучшить понимание различий в ваших данных.

compartmap Compartmap выполняет вывод уменьшенных компартментов A/B из массивов ATAC-seq и метилирования.

condcomp Для данных кластеризованных данных, которые также можно разделить на два условия, этот пакет предоставляет способ выполнить сравнение условий для указанных кластеризованных данных. Сравнение выполняется для каждого кластера. Используется несколько статистических данных, и при совместном анализе они могут дать некоторое представление о неоднородности некоторых кластеров.

консенсус Внедрение стандарта E691 Американского общества по тестированию и материалам (ASTM) для процедур межлабораторного тестирования, разработанного для кросс-платформенных геномных измерений. Учитывая три (3) или более геномных платформ или лабораторных протоколов, этот пакет предоставляет процедуры межлабораторного тестирования, дающие сравнения по каждому локусу на предмет чувствительности и точности между платформами.

consensusDE Этот пакет позволяет пользователям выполнять анализ DE с использованием нескольких алгоритмов. Он ищет консенсус с помощью нескольких методов. В настоящее время он поддерживает «Voom», «EdgeR» и «DESeq», но может быть легко расширен. Он использует RUV-seq (необязательно) для удаления пакетных эффектов.

coRdon Инструмент для анализа использования кодонов в различных неаннотированных или аннотированных KEGG/COG последовательностях ДНК. Вычисляет различные меры смещения CU и основанные на CU предикторы экспрессивности генов, а также выполняет анализ обогащения набора генов для аннотированных последовательностей. Реализует несколько методов визуализации CU и результатов анализа обогащения.

countsimQC countsimQC предоставляет функциональные возможности для создания комплексного отчета, сравнивающего широкий спектр характеристик в наборе матриц подсчета. Одним из важных вариантов использования является сравнение одной или нескольких синтетических матриц счета с матрицей реального счета, возможно, той, которая лежит в основе моделирования. Однако можно сравнивать любой набор матриц подсчета.

cTRAP Сравните результаты дифференциальной экспрессии генов с результатами известных клеточных возмущений (таких как нокдаун генов, сверхэкспрессия или малые молекулы), полученными из карты связности. Такой анализ позволяет не только сделать вывод о молекулярных причинах наблюдаемой разницы в экспрессии генов, но и идентифицировать небольшие молекулы, которые могут вызвать или обратить вспять определенные транскриптомные изменения.

DEqMS DEqMS разработан на основе Limma. Однако Лимма предполагает одинаковую априорную дисперсию для всех генов. В протеомике точность оценок содержания белка зависит от количества пептидов/PSM, определенных как в данных без меток, так и в данных с метками. Количественная оценка белков с помощью нескольких пептидов или PSM является более точной.Пакет DEqMS способен оценивать различные априорные дисперсии для белков, количественно определяемых с помощью различного количества PSM/пептидов, что обеспечивает более высокую точность. Пакет можно применять для анализа как немаркированных, так и меченых данных протеомики.

График EnhancedVolcano Volcano представляет собой полезный способ визуализации результатов анализа дифференциальной экспрессии. Здесь мы представляем функцию с широкими возможностями настройки, которая создает готовые к публикации графики вулканов. EnhancedVolcano попытается разместить в окне графика как можно больше названий расшифровок, избегая тем самым «засорения» графика метками, которые иначе нельзя было бы прочитать.

ERSSA Пакет ERSSA использует предоставленный пользователем набор данных дифференциальной экспрессии RNA-seq и вычисляет количество дифференциально экспрессируемых генов на различных уровнях биологической репликации. Это позволяет пользователю определить, не полагаясь на какие-либо априорные предположения, было ли достигнуто достаточное дифференциальное обнаружение с его набором данных RNA-seq.

ExCluster ExCluster объединяет файлы Ensembl и GENCODE GTF в файлы GFF, которые используются для подсчета операций чтения на непересекающиеся интервалы экзонов из файлов BAM. Этот подсчет чтений выполняется с помощью функции featureCounts из пакета Rsubread. Размеры библиотек нормализованы для всех биологических повторов, а затем ExCluster сравнивает два разных состояния, чтобы обнаружить значительно различающиеся сплайсированные гены. Этот процесс требует не менее двух независимых биологических повторов для каждого условия, а ExCluster одновременно принимает ровно два условия. ExCluster в конечном итоге дает коэффициенты ложных открытий (FDR) для каждого гена, которые используются для определения значимости. Средние значения кратности экзона log2 (log2FC) и дисперсии могут быть нанесены на график для каждого значительно отличающегося сплайсинга гена, что помогает ученым разработать гипотезу и нацелить события дифференциального сплайсинга для проверки RT-qPCR в влажной лаборатории.

FastqCleaner Интерактивное веб-приложение для контроля качества, фильтрации и обрезки файлов FASTQ. Этот удобный инструмент сочетает в себе конвейер обработки данных на основе инфраструктуры Biostrings и ShortRead с передовой визуальной средой. Файлы Single-Read и Paired-End могут обрабатываться локально. Диагностические интерактивные графики (содержимое компьютерной графики, качество каждой базовой последовательности и т. д.) предоставляются как для входных, так и для выходных файлов.

FoldGO FoldGO – это пакет, предназначенный для аннотирования наборов генов, полученных в результате экспериментов по экспрессии, и определения терминов GO, связанных с изменением кратности.

Читайте также: