Указан полный путь к файлу c work proba doc указать расширение файла, определяющее его тип

Обновлено: 21.11.2024

Подробная документация по параметрам командной строки.

IQ-TREE вызывается из командной строки, например:

при условии, что IQ-TREE можно запустить, просто введя iqtree . Если нет, измените iqtree на фактический путь к исполняемому файлу или прочитайте краткое руководство.

Общие параметры

Примеры использования:

Реконструировать дерево максимального правдоподобия по файлу выравнивания последовательности example.phy :

Построить дерево максимального правдоподобия, используя не более 8 ГБ ОЗУ, и автоматически определить количество используемых ядер:

Контрольная точка для возобновления остановленного выполнения

ПРИМЕЧАНИЕ. IQ-TREE записывает файл контрольной точки с суффиксом имени .ckp.gz в формате gzip. Не изменяйте этот файл. Если вы удалите этот файл, вся информация о контрольных точках будет утеряна!

Анализ сопоставления правдоподобия

Начиная с версии 1.4.0, IQ-TREE реализует подход картирования правдоподобия (Strimmer and von Haeseler, 1997) для оценки филогенетической информации входного выравнивания. Подробные результаты будут распечатаны в файл отчета .iqtree. Графики отображения правдоподобия будут распечатаны в файлы .lmap.svg и .lmap.eps.

СОВЕТ. Рекомендуется, чтобы количество квартетов, указанных с помощью -lmap, по крайней мере в 25 раз превышало количество последовательностей в выравнивании, чтобы каждая последовательность покрывалась ~100 раз в наборе нарисованных квартетов.

Пример файла кластера NEXUS (где A, B, C и т. д. — имена последовательностей):

Здесь от Cluster1 до Cluster4 представлены четыре пользовательских кластера последовательностей. Обратите внимание, что пользователи могут давать кластерам любые имена вместо Cluster1 и т. д. Если кластеру присвоено имя ignored или IGNORED, включенные в него последовательности будут проигнорированы при анализе сопоставления правдоподобия.

Если вы предоставите файл кластера, он должен содержать от 1 до 4 кластеров (плюс необязательный ИГНОРИРУЕМЫЙ или игнорируемый кластер), что сообщит IQ-TREE о необходимости выполнения некластеризованного (по умолчанию без файла кластера) или кластерного анализа с 2, 3 или 4 группы соответственно.

Имена, присвоенные кластерам в файле кластера, будут использоваться для обозначения углов треугольных диаграмм.

Примеры использования:

Теперь вы можете просмотреть файл графика отображения правдоподобия example.phy.lmap.svg , который выглядит следующим образом:

Он показывает филогенетическую информацию о выравнивании example.phy . Вверху: распределение квартетов, изображенных точками на графике отображения правдоподобия. Слева: три области показывают поддержку одной из различных группировок, таких как (a,b)-(c,d). Справа: информативны попадающие в три угла квартеты. Те, что в трех прямоугольниках, частично информативны, а те, что в центре, неинформативны. Хороший набор данных должен иметь большое количество информативных квартетов и небольшое количество неинформативных квартетов. Значения также можно найти в разделе СТАТИСТИКА ОТОБРАЖЕНИЯ ВЕРОЯТНОСТИ файла отчета example.phy.iqtree :

Автоматический выбор модели

СОВЕТ. В разделе модели IQ-TREE запишет файл контрольной точки модели (суффикс .model в версии .model.gz в версии >= 1.6.X), в котором будет храниться информация обо всех протестированных на данный момент моделях. Таким образом, если IQ-TREE будет прерван по какой-либо причине, перезапуск запуска загрузит этот файл для повторного использования вычислений.

ВНИМАНИЕ: Для версий -m . ОБЪЕДИНИТЬ. всегда будет выполнять поиск схемы разделов, не связанных с краем, даже если используется параметр -spp. Только на следующем этапе реконструкции дерева используется модель разделения с ребрами. Однако в версиях 1.6.X и выше поиск разделов, связанных с ребрами, выполняется с помощью параметра -spp.

ПРИМЕЧАНИЕ. Для некоторых из приведенных выше параметров требуется список, разделенный запятыми, в котором не должно быть пустого места!

Примеры использования:

Выберите наиболее подходящую модель для выравнивания data.phy на основе байесовского информационного критерия (BIC):

Выберите наиболее подходящую модель для выравнивания белков prot.phy, используя новую процедуру тестирования, и учитывайте только матрицы WAG, LG и JTT, чтобы сэкономить время:

Указание моделей замещения

-m — это мощная опция для указания моделей замещения, состояния частоты и типа неоднородности скорости. Общий синтаксис:

где MODEL – это название модели, +FreqType (необязательно) – тип частоты, а +RateType (необязательно) – тип неоднородности скорости.

Примеры использования:

Вывод дерева машинного обучения для выравнивания ДНК dna.phy по модели GTR+I+G:

Вывод дерева машинного обучения для выравнивания белков prot.phy по модели LG+F+G:

Оцените неоднородность

При необходимости можно указать коррекцию смещения подтверждения, добавив +ASC к строке модели. Расширенные смешанные модели также можно указать с помощью MIX <. >и FMIX <. > синтаксис. Опцию -mwopt можно использовать для включения оптимизации весов смешанных моделей.

Параметры модели раздела

Параметры частотной модели для конкретного сайта

С опцией -fs вы можете ввести файл, содержащий ваши собственные профили частот сайта. Формат этого файла таков, что каждая строка содержит идентификатор сайта (начиная с 1) и частоты состояний (20 для аминокислоты), разделенные пробелом. Так что у него столько строк, сколько сайтов в выравнивании. Порядок аминокислот следующий:

Параметры поиска в дереве

ПРИМЕЧАНИЕ. Несмотря на то, что эмпирически было определено, что параметры по умолчанию хорошо работают в нашем расширенном тесте (Nguyen et al., 2015), они могут не соответствовать всем наборам данных. Если вы сомневаетесь, что поиск по дереву все еще застрял в локальных оптимумах, следует повторить анализ, по крайней мере, с 10 запусками IQ-TREE. Более того, наш опыт показал, что -pers и -nstop - наиболее подходящие варианты для изменения в таком случае. Например, наборы данных с большим количеством коротких последовательностей следует анализировать с меньшей силой возмущения (например, -pers 0,2 ) и большим количеством итераций остановки (например, -nstop 500 ).

Примеры использования:

Выведите дерево машинного обучения для выравнивания data.phy с увеличенной итерацией остановки до 500 и уменьшенной силой возмущения до 0,2:

Параметры сверхбыстрой загрузки

Примеры использования:

Выберите наиболее подходящую модель, создайте дерево машинного обучения и выполните сверхбыструю начальную загрузку с 1000 повторений:

Непараметрический бутстрап

Тесты с одной веткой

СОВЕТ. Можно объединить все эти тесты (включая опцию UFBoot -bb) в рамках одного запуска IQ-TREE. Каждой ветви результирующего дерева будет назначено несколько значений поддержки, разделенных косой чертой ( / ), где порядок значений поддержки указан в файле отчета .iqtree.

Примеры использования:

Реконструкция последовательности предков

Примеры использования:

Первые несколько строк выходного файла example.phy.state могут выглядеть следующим образом:

Тесты топологии дерева

IQ-TREE предоставляет ряд тестов для выявления существенных топологических различий между деревьями. Реализация теста AU в IQ-TREE намного эффективнее исходного CONSEL, поскольку поддерживает SSE, AVX и многоядерное распараллеливание. Кроме того, он более подходит, чем CONSEL, для анализа разделов путем начальной повторной выборки сайтов внутри разделов, тогда как CONSEL не учитывает разделы.

ПРИМЕЧАНИЕ. Существует несоответствие между IQ-TREE и CONSEL для теста AU: IQ-TREE реализует оценку по методу наименьших квадратов для p-значений, тогда как CONSEL обеспечивает оценку максимального правдоподобия (MLE) для p- значения. Следовательно, p-значения AU могут немного отличаться. Мы планируем реализовать MLE для p-значений AU в IQ-TREE в ближайшее время.

Предполагая, что мне дан URI, и я хочу найти расширение возвращаемого файла, что мне нужно сделать в Java.

Я не могу увидеть полное имя файла с расширением .owl, только /2001/08/baseball/baseball-ont, как мне получить расширение файла. ``

8 ответов 8

Во-первых, я хочу убедиться, что вы знаете, что также невозможно узнать, на какой файл ссылается URI, поскольку ссылка, оканчивающаяся на .jpg, может позволить вам получить доступ к файлу .exe (это особенно верно для URL-адресов, из-за символических ссылок и файлов .htaccess), поэтому получение настоящего расширения из URI не является надежным решением, если вы хотите ограничить разрешенные типы файлов, если это то, что вам нужно. собираемся конечно. Итак, я предполагаю, что вы просто хотите узнать, какое расширение имеет файл на основе его URI, хотя это не совсем надежно;

Вы можете получить расширение из любого URI, URL или пути к файлу, используя метод ниже. Вам не нужно использовать какие-либо библиотеки или расширения, так как это базовая функциональность Java. Это решение получает позицию последнего . (точка) в строке URI и создает подстроку, начинающуюся с позиции знака точки и заканчивающуюся в конце строки URI.

Приведенный выше пример кода выводит расширение .jpg из URI в переменной расширения, обратите внимание, что файл . (точка) включена в расширение, если вы хотите собрать расширение файла без префикса точки, увеличьте индекс подстроки на единицу, например:

Один из плюсов использования этого метода вместо регулярных выражений (метод, который часто используют другие люди) заключается в том, что он намного менее затратен в ресурсах и намного проще в выполнении, но дает тот же результат.

Кроме того, вы можете убедиться, что URL-адрес содержит символ точки. Для этого используйте следующий код:

Возможно, вы захотите еще больше улучшить функциональность, чтобы создать более надежную систему. Вот два примера:

  • Подтвердите URI, проверив его существование или верный синтаксис URI, возможно, используя регулярное выражение.
  • Обрежьте расширение, чтобы удалить ненужные пробелы.

Я не буду описывать здесь решения для этих двух функций, потому что это не то, о чем спрашивали в первую очередь.

Путь — это уникальное расположение файла или папки в файловой системе операционной системы. Путь к файлу — это комбинация символов / и буквенно-цифровых символов.

Абсолютный путь

  • Начните с корневого каталога ( / ) и продвигайтесь вниз.
  • Напишите косую черту ( / ) после каждого имени каталога (последнее не обязательно)

Например:

будет работать, только если файл «abc.sql» существует в вашем текущем каталоге. Однако, если этот файл отсутствует в вашем рабочем каталоге и присутствует где-то еще, скажем, в /home/kt , тогда эта команда будет работать, только если вы будете использовать ее, как показано ниже:

В приведенном выше примере, если первым символом пути является /, местоположение файла должно быть определено относительно корня. Когда у вас есть более одного / в имени пути, для каждого такого / вы должны спуститься на один уровень в файловой системе, как в приведенном выше примере, kt на один уровень ниже home и, следовательно, на два уровня ниже root.

Абсолютный путь определяется как указание местоположения файла или каталога из корневого каталога (/). Другими словами, мы можем сказать, что абсолютный путь — это полный путь от начала фактической файловой системы до каталога /.

Относительный путь

Относительный путь определяется как путь, связанный с текущей работой напрямую (pwd). Он начинается в вашем текущем каталоге и никогда не начинается с / .

Чтобы быть более конкретным, давайте взглянем на рисунок ниже, на котором, если мы ищем фотографии, то абсолютный путь к ним будет указан как /home/jono/photos, но при условии, что мы уже присутствует в каталоге jono, тогда относительный путь к нему можно записать как простые фотографии.

Использование . и .. в относительных путях

UNIX предлагает ярлык в относительном пути, который использует либо текущий, либо родительский каталог в качестве ссылки и указывает путь относительно него. Относительный путь использует один из следующих загадочных символов:

На самом деле это означает, что если мы сейчас находимся в каталоге /home/kt/abc и теперь вы можете использовать .. в качестве аргумента для cd для перехода в родительский каталог /home/kt как :

ПРИМЕЧАНИЕ. Теперь / при использовании с .. имеет другое значение; вместо перехода на уровень вниз он перемещается на один уровень вверх:

Пример абсолютного и относительного пути

  1. Изменение каталога с концепцией относительного пути:
  2. Изменение каталога с концепцией абсолютного пути:

Пожалуйста, напишите комментарии, если обнаружите что-то неверное или хотите поделиться дополнительной информацией по теме, обсуждавшейся выше.

Читайте также: