Как обновить r studio

Если поискать в Google, как что-то делать в R, вы найдете множество пакетов, которые могут оказаться полезными. Наиболее строго проверенные пакеты размещаются на CRAN — зеркальном сервере. В настоящее время в CRAN имеется более 20 000 пакетов для выполнения различных специализированных операций в R. Все они были кому-то полезны, поэтому они поделились ими в CRAN. Чтобы установить пакеты из CRAN, вы используете функцию:

Обратите внимание, что package_name должно быть в кавычках. Это могут быть одинарные или двойные кавычки. package_name и install.packages() с учетом регистра, как и все объекты и функции в R, поэтому что-то вроде Install.Packages не будет работать.

Давайте попрактикуемся в установке пакета. Запустите приведенный ниже код, чтобы установить пакет remotes().

14.1.1 Установка пакетов с Github

Некоторые пакеты все еще находятся в разработке. Они часто находятся в репозиториях на GitHub, а не на серверах CRAN. Чтобы установить эти пакеты, вам нужно знать путь к репозиторию. Вы можете установить разрабатываемую версию пакета medicaldata с Github (стабильная версия находится на CRAN). Запустите приведенный ниже код, чтобы установить этот пакет (предполагается, что у вас уже установлен пакет remotes).

В отличие от install.packages, функция library() может работать с кавычками вокруг package_name, но это не обязательно. Это связано с тем, что эти пакеты уже установлены в вашей библиотеке R, и их количество известно. Как правило, известные объекты на панели R Environment (фреймы данных, векторы) не требуют кавычек, а новые вещи, такие как новые пакеты (или переменные, скрытые внутри фрейма данных), требуют кавычек или $ — хотя пакеты tidyverse обходят это. проблема с кавычками для переменных внутри фрейма данных.

Если вы повторно запустите файл print(.пакеты) на этом этапе у вас больше не будет пакетов. Это связано с тем, что вы установили новые пакеты, но не загрузили их с помощью library() .

Обратите внимание, что вы могли использовать функцию пакета install_github() выше, не загружая пакет с помощью library(remotes) , потому что вы явно вызвали функцию с именем пакета, как в удаленных устройствах. ::install_github() .

Попробуйте установить еще несколько пакетов, например "janitor" или "gtsummary". Теперь они должны отображаться с помощью install.packages() . Затем используйте library() для загрузки этих пакетов и убедитесь, что вывод print(.packages) изменился.

14.1.2 Проблемы с установкой пакетов

14.1.2.1 Проблемы с версией R

Иногда вы можете столкнуться с проблемой при установке пакета, который был разработан для предыдущей версии R. Особенно, если вы недавно обновили версию R, версия пакета CRAN может немного отставать. Часто это можно исправить, погуглив «github» и «package_name». Обычно это приведет вас к репозиторию github для этого пакета, который будет иметь путь «github_username/package_name». Зная это, вы можете использовать

devtools::install_github('github_username/package_name') для установки новейшей версии пакета, которая обычно совместима с последней версией R.

14.1.2.2 Установка из исходного кода и двоичных файлов

При установке или обновлении пакета, находящегося в стадии быстрой разработки, может появиться следующее сообщение:

Доступны бинарные версии, но исходные версии более поздние: бинарный исходный код need_compilation tidyr 1.1.4 1.2.0 TRUE

Это означает, что последняя версия (в данном случае 1.2.0) доступна, но ее нужно скомпилировать и собрать из исходного кода, что немного медленнее. Быстрее устанавливать из бинарных файлов, которые, как правило, доступны в CRAN (созданном командой волонтеров CRAN) немного позже. Если бинарная версия пакета еще недоступна, вам будет предложено решить: вы можете установить версию с исходным кодом (устанавливается медленнее, но вы получаете самую последнюю версию) или бинарную версию (устанавливается быстро, но версия позади). В большинстве случаев, если у вас не очень медленное подключение к Интернету, вы хотите установить исходную версию. Часть компиляции замедляет установку. Обычно на вопрос Вы хотите установить из исходников пакеты, которые нужно скомпилировать? (Да/нет/отменить)

Почему некоторые пакеты нужно компилировать из исходного кода (~ 25%), а другие (~ 75%) нет? Обычно это происходит потому, что те, которые необходимо скомпилировать, включают другой язык (например, C или C++, а не чистый R), который необходимо скомпилировать. Эти дополнительные языки обычно используются для повышения скорости обработки результирующих функций.

14.1.2.3 Зависимости

Некоторые пакеты зависят от конкретных версий других пакетов, и вам будет предложено обновить другие пакеты во время установки. Как правило, вы должны говорить «да» всем пакетам. Если вы беспокоитесь о том, чтобы перезаписать существующий пакет таким образом, что это нарушит ваш код в другом проекте, тогда этому проекту нужна собственная библиотека для конкретного проекта, которую вы можете создать с пакетом.

14.1.2.4 Зависимости Extra-R

Иногда для пакетов требуется (зависит от) программное обеспечение, которое не является частью экосистемы R. Как правило, в процессе установки они будут давать вам сообщения с просьбой установить это вспомогательное программное обеспечение. Общие вспомогательные программные пакеты включают в себя такие вещи, как gtk+, freetype и proj. Иногда вам нужно заходить на веб-сайты или использовать программное обеспечение, такое как Homebrew (на Mac), чтобы установить эти дополнительные вспомогательные программы. Если вы никогда не использовали Homebrew, вот базовое руководство для начала. Страница Homebrew находится здесь. Вы можете искать на странице Homebrew и обычно находите нужные пакеты. Их можно установить (через ваше терминальное приложение (в утилитах) с помощью чего-то вроде brew install packagename . Немного поиска в Google с сообщением об ошибке, поскольку поисковый запрос обычно поможет вам найти конкретное имя пакета. Как только пакет external-to-R установлен, вы можете вернуться и установить пакет R, который зависит от внешнего пакета программного обеспечения.

14.1.2.5 Ошибка установки пакета

Иногда вы получите сообщение вроде:

Предупреждение в install.packages: установка пакета "ragg" имеет ненулевой статус выхода

Это означает, что установка пакета завершилась неудачно. Иногда это происходит из-за проблемы с пакетом, но чаще из-за отсутствия зависимости. Часто это можно понять, прокрутив страницу вверх. Вы часто будете сталкиваться с сообщениями о фатальной ошибке: файл ft2build.h не найден

Предполагается, что вам нужен файл с именем «ft2build.h».Скорее всего, вам придется поискать эту ошибку в Интернете, чтобы узнать, как ее исправить, обычно путем загрузки и установки программного обеспечения, необходимого для запуска проблемного пакета.

У вас отсутствует часть программного обеспечения, внешнего по отношению к R, которое называется libtiff-dev. Сообщение об ошибке довольно полезно.

14.2 Загрузка пакетов с библиотекой

Запустите приведенный ниже фрагмент кода, чтобы загрузить и , и . Обратите внимание, что пакет на самом деле представляет собой метапакет, содержащий 8 пакетов, каждый из которых имеет свой номер версии.

Обратите внимание, что загрузка tidyverse привела к некоторым сообщениям о конфликтах. Функция dplyr::filter маскирует функцию stats::filter(). Эти два пакета и оба имеют функцию с именем filter(). Пакет, загруженный последним, считается пакетом по умолчанию, поэтому, если вы вызываете команду filter(), R будет использовать dplyr::filter(). Если вы хотите вызвать команду stats::filter(), вы должны явно использовать формат package::function(). Если вы не уверены, какой пакет вы загрузили последним, может быть целесообразно использовать явный формат при вызове функций в R.

Другая замаскированная функция — lag(). Функция dplyr::lag() маскирует stats::lag(), так как была загружена после . В большинстве случаев это не имеет большого значения, но время от времени конфликт между функциями пакета может стать очень запутанным. Если вы сомневаетесь, используйте явный формат, в котором вы вызываете package::function(), чтобы прояснить, что вы имеете в виду, как в случае dplyr::lag() и stats::lag().

Обратите внимание, что рекомендуется загружать все пакеты, необходимые для сценария R или документа Rmarkdown (.Rmd), в начале сценария или .Rmd. Это позволяет кому-то другому, использующему ваш скрипт или Rmd, проверить, установлены ли у него необходимые пакеты, и установить их при необходимости. В документе Rmarkdown это делается в специальном фрагменте кода setup в верхней части документа. Если некоторых из этих пакетов нет в CRAN, рекомендуется добавить комментарий (утверждение после хэштега) о том, как установить этот пакет. Например, в фрагмент установки, который загружает и , рекомендуется добавить комментарий о том, как установить , которого еще нет в CRAN. См. пример ниже

14.2.0.1 Явное управление конфликтами функций

Вы также можете управлять конфликтами между функциями с одинаковыми именами из разных пакетов в R с помощью пакета, который идентифицирует конфликты, когда вы вызываете функцию без явного указания имени пакета, из которого она получена. Вы загружаете библиотеку (конфликтующую), и она будет следить за конфликтами и отправлять ошибку, когда вы вызываете функцию неоднозначным образом.

Если вы не хотите всегда явно указывать между dplyr::filter , base::filter и rstatix::filter , вы можете установить версию функции по умолчанию сразу после загрузки библиотек с помощью конфликтующего::conflict_prefer ("filter", "dplyr") , который сообщает R, что вы хотите использовать версию фильтра dplyr по умолчанию, и что вы укажете, хотите ли вы использовать base::filter или rstatix::filter .

14.3 Обновление R

Время от времени вам может понадобиться обновить свою версию R. Обычно это происходит при обновлении основной версии, когда что-то важное меняется. Вы можете не торопиться с этим, так как это означает переустановку всех ваших пакетов, но в конечном итоге стоит установить последнюю версию.

Чтобы обновить R, вам нужно найти установленную версию R и запустить ее отдельно, вне RStudio. Это легко, если у вас есть ярлык R на рабочем столе, но не слишком сложно, если вы немного покопаетесь в папке «Приложения».

Дважды щелкните значок R, чтобы запустить R. Откроется консоль R и меню. Щелкните меню R в левом верхнем углу и выберите Проверить наличие обновлений R. Если вы используете последнюю версию, R Console сообщит: «Ваша версия R обновлена». Если нет, этот процесс предоставит окна и кнопки для обновления до последней версии R. По завершении выйдите из R и запустите RStudio, чтобы убедиться, что обновление перенесено. Вы должны увидеть новый номер версии при запуске RStudio.

14.4 Обновление RStudio

Чтобы обновить RStudio, просто запустите RStudio и перейдите в меню "Справка" в верхней строке меню (не на вкладку "Справка" в правом нижнем квадранте). В меню «Справка» выберите «Проверить наличие обновлений». Он сообщит вам, используете ли вы последнюю версию RStudio, или направит вас на веб-сайт для загрузки последней версии.

14.5 Обновление пакетов

Чтобы обновить пакеты, перейдите в меню "Инструменты" в RStudio и выберите "Проверить наличие обновлений пакетов". Обычно вы получаете список пакетов, которые были обновлены с момента их установки. Как правило, выберите «Обновить все» и разрешите один перезапуск сеанса R. RStudio может спросить вас, хотите ли вы перезапустить более одного раза, но всегда говорите «нет» после первого перезапуска сеанса. Вас могут спросить об установке некоторых пакетов из исходного кода, и обычно вам следует ответить Да.В общем, ваша панель консоли будет немного болтливой, так как она документирует все шаги по установке пакета, но обычно должна заканчиваться чем-то вроде:

"Загруженные исходные пакеты находятся в папке /private/var/folders/93/s18zkv2d4f556fxbjvb8yglc0000gp/T/RtmpHnsvlh/downloaded_packages"

и вернитесь к подсказке >.

Если вы затем повторно проверите наличие обновлений пакетов, вы получите сообщение о том, что все ваши пакеты обновлены.

Этот процесс немного отличается после обновления основной версии R, о котором мы расскажем в следующей главе. Вам нужно получить список всех ваших пакетов, решить, какие из них оставить, а затем установить их в новую версию R (и ее новую библиотеку пакетов для основной версии).

Пользователь, недавно прошедший мой курс "Начало работы с R", прислал мне электронное письмо с общим вопросом для тех, кто начинает работать с R:

Как вы поддерживаете свое программное обеспечение R в актуальном состоянии? Насколько я знаю, автоматических обновлений для R, RStudio и пакетов нет. А так как обновления выходят довольно часто, довольно сложно проверять каждые несколько недель (или даже дней) наличие новых версий.

Это то, что опытные пользователи R часто усваивают до такой степени, что часто забывают сформулировать шаги для новичков. Возможно, это неудивительно: в отличие от других программ, процесс обновления пакетов RStudio, R и R не является простым. Итак, давайте рассмотрим каждый из них по очереди.

Готовы начать изучение R?

Подпишитесь на бесплатную программу "Начало работы с R"

Как обновить RStudio

Вы можете обновить RStudio, посетив страницу загрузки на веб-сайте RStudio. Найдите последнюю версию для вашей операционной системы, загрузите ее, установите, и она перезапишет вашу текущую версию.

Некоторым людям нравится запускать «ежедневные газеты» RStudio, которые представляют собой ежедневные компиляции последнего кода для RStudio. Хотя в большом предупреждении говорится, что они могут быть нестабильными, они показывают, над чем работает команда RStudio. В настоящее время люди очень рады видеть радужные скобки в будущем выпуске RStudio (помимо того, что это красиво, это значительно упрощает сопоставление открывающих и закрывающих скобок).

Если я не обновляю пакеты с помощью этой функции, я использую вкладку пакетов в RStudio. Я нажимаю кнопку обновления, которая показывает, какие пакеты нуждаются в обновлении, а затем обновляю их все.

Недостатки обновления

Обновление RStudio, R и ваших пакетов по большей части безболезненно, если вы знаете, что делать. Но есть некоторые недостатки, о которых следует помнить. В дополнение к необходимости прыгать через некоторые обручи, чтобы использовать ваши старые пакеты в новой установке R, обновление пакетов R также может испортить часть вашего старого кода. Чтобы было ясно, это происходит не часто, поскольку разработчики изо всех сил стараются избежать критических изменений. Но иногда разработка улучшенных пакетов приводит к тому, что версии кода не работают с более старыми версиями пакетов.

К счастью, для этого есть решение: пакет renv. Хотя я сам не использовал этот пакет, он выглядит довольно полезным. По сути, он хранит копии ваших пакетов R в том виде, в каком они существовали, когда вы писали исходный код. Таким образом, если вы использовали dplyr 0.8.5 для написания кода для анализа в марте 2020 года, вам не нужно беспокоиться о том, что изменения, внесенные в этот пакет в будущем, сделают ваш код непригодным для использования сегодня, если вы обновились до dplyr 1.0.

Заключение

Поддержание RStudio, R и ваших пакетов в актуальном состоянии может показаться сложной задачей, но если вы знаете, как это сделать, это не так сложно. В частности, для пакетов преимущества обновления значительны: вы получаете доступ к новейшим функциям, которые облегчают вашу жизнь. Например, многие считают, что добавление поворотных функций в последней версии пакета tidyr значительно улучшило мой опыт работы с R.

Поработайте с R достаточно долго, и в конце концов вы обнаружите, что стали опытным пользователем с постоянно обновляемыми пакетами. Знание того, что у вас есть самые современные инструменты, означает, что вы можете сосредоточиться на том, на чем следует сосредоточиться: на использовании R для выполнения потрясающей работы!

Если вы используете R в Windows, вы можете легко выполнить обновление до последней версии R с помощью установочного пакета. Просто запустите следующий код:

Запуск «updateR()» обнаружит, доступна ли новая версия R, и если да, то загрузит и установит ее (и т. д.). просто нажимайте «Далее», «ОК» и «Да» везде…

Графический интерфейс для обновления R в Windows

Начиная с версии установщика 0.15.0, процесс обновления можно выполнить с помощью графического интерфейса с меню. Вот как это использовать.

Шаг 1: загрузите программу установки

Шаг 2: выберите «обновить R» в новом меню «установщик»

Шаг 3: installr проверит наличие новой версии R для вас — нажмите «ОК»

Шаг 4: если вы хотите проверить НОВОСТИ новой версии R, нажмите «Да», и откроется окно браузера с этой информацией

Шаг 5: если вы хотите загрузить и установить последнюю версию R, нажмите «Да»

Шаг 6: дождитесь загрузки R

Шаг 7: нажмите «Далее» в мастере установки R

Шаг 8: дождитесь завершения установки R

Шаг 9. Нажмите «Да», чтобы скопировать пакеты в новую установку R (нажмите «Нет», если вы собираетесь использовать стратегию «глобальная папка библиотеки R»)

Шаг 10: чтобы сохранить пакет в старой папке R, нажмите «Да» (это безопаснее)

Шаг 11: подождите, пока пакеты скопируются

Шаг 12: вы также можете автоматически скопировать Rprofile.site в новое место

Шаг 13: вы можете нажать «Да», чтобы получить пакеты обновлений в новой установке R

Шаг 14. Если у вас есть брандмауэр, R может запросить доступ к Интернету

Шаг 15: пока пакеты обновятся, вам нужно будет подождать. Скрытый процесс Rscript будет работать в фоновом режиме и обновлять пакеты

Шаг 16: как только все будет сделано, вам будет предложено выйти из R (конечно, почему бы и нет)

Отзыв

Я стараюсь обновлять пакет installr и делать его полезным, поэтому, если у вас есть какие-либо предложения или замечания по пакету, приглашаем вас оставить комментарий ниже или сообщить о проблеме на github.

Читайте также:

  
• Разъем Pci для чего
  
• Использование Offset Explorer
  
• Сообщение, состоящее из 4096 символов с пробелами, занимает память
  
• Как играть среди асов на ПК
  
• Ведьмак 3 тормозит на мощном компьютере