Где компас сохраняет временные файлы

Обновлено: 21.11.2024

Файл с входными данными об экспрессии генов со строками в качестве генов и столбцами в качестве образцов. Входными данными должен быть один файл с разделителями табуляцией и метками строк и столбцов:

Файл с входными данными об экспрессии генов со строками в виде генов и столбцами в виде образцов в формате рыночной матрицы (mtx). За вводом должен следовать файл, разделенный табуляцией, с именами строк, соответствующими генам. При желании за ним могут следовать имена столбцов, соответствующие образцам.

Если файл имен столбцов опущен, образцы будут помечены индексом.

Чтобы просмотреть примеры входных данных, используйте:

--пример ввода

Отметьте Compass, чтобы указать каталог, в котором можно найти примеры входных данных.

Настройки вывода¶

Конечный каталог для конечных выходных файлов (например, response.tsv). По умолчанию ./ (тот же каталог, из которого была запущена команда).

--temp-dir [КАТАЛОГ]

Каталог для хранения частичных результатов завершенных выборок в наборе данных (используется для возобновления прерванных запусков). По умолчанию ./_tmp.

--list-genes [ФАЙЛ]

Файл для вывода списка метаболических генов, необходимых для выбранной метаболической модели. Это полезно, если вы хотите подмножить входную матрицу, чтобы включить только метаболические гены, используемые алгоритмом (гены, не включенные в список, игнорируются). Этот список зависит от аргумента --species.

--list-reactions [ФАЙЛ]

Файл для вывода списка идентификаторов реакций и связанных с ними подсистем. Это полезно, если вы хотите вычислить оценки Compass только для подмножества реакций, чтобы сократить время вычислений (см. ниже, --select-reactions и --select-subsystems )..

--select-reactions [ФАЙЛ]

Вычислять оценки Compass только для реакций, перечисленных в данном файле. ФАЙЛ должен быть текстовым, с одной строкой на реакцию (ненаправленный, а именно добавление суффикса «_pos» или «_neg» к строке создаст действительный идентификатор направленной реакции). Нераспознанные реакции в ФАЙЛЕ игнорируются.

--select-subsystems [ФАЙЛ]

Вычислять оценки Compass только для подсистем, перечисленных в данном файле. Предполагается, что FILE будет текстовым, с одной строкой на подсистему. Нераспознанные подсистемы в FILE игнорируются.

Настройки метаболической модели¶

Виды, используемые для сопоставления названий генов с моделью. Обязательный параметр. Варианты:

Используемая метаболическая модель. Варианты:

Носитель для имитации модели. Это заполнитель для будущих алгоритмических расширений.

--и-функция [FXN]

Числовая функция, которая заменяет отношения И в переводе ассоциаций генов и белков GSMM в штрафы за реакцию. Варианты:

Отметьте, чтобы включить расчет и вывод показателей поглощения/выделения в дополнение к показателям реакции.

--нет реакции

Отметьте, чтобы отключить расчет и вывод показателей реакции и вычислять только показатели поглощения/выделения.

Настройки штрафов¶

Режим для использования при обмене информацией о значениях штрафа за реакцию между отдельными ячейками. Варианты:

Коэффициент сглаживания для обмена информацией между отдельными ячейками (по умолчанию – 0, обмена информацией нет). Лямбда должна быть установлена ​​между 0 и 1. В рукописи, где обмен информацией был уместным, мы использовали 0,25.

Если лямбда равна 0, ячейки обрабатываются независимо друг от друга, поэтому вы можете разделить выборки, чтобы запустить их отдельно и получить одинаковые результаты.

Либо эффективное количество соседей для рассеивания штрафа по Гауссу, либо точное количество соседей для рассеивания штрафа KNN. По умолчанию 30

--input-weights [ФАЙЛ]

Файл для ввода пользовательских весов для усреднения данных по одной ячейке. Метки столбцов и строк должны совпадать с именами выборок в данных выражения.

--симметричное ядро ​​

Отметьте, чтобы включить симметризацию ядра TSNE, которая занимает больше времени

--input-knn [ФАЙЛ]

Файл для ввода предварительно вычисленного графика kNN для образцов. Файл может быть либо tsv с одной строкой на выборку и (k+1) столбцами. Первый столбец должен содержать имена выборок, а следующие k столбцов должны быть индексами k ближайших соседей (в соответствии с их порядком в столбце 1).

Вы также можете ввести массив значений numpy без столбца меток в формате npy, но будьте осторожны, чтобы порядок образцов был таким же, как и входные данные.

--input-knn-distances [ФАЙЛ]

Файл для ввода предварительно вычисленного графика kNN для образцов. Файл может быть либо tsv с одной строкой на выборку и (k+1) столбцами. В первом столбце должны быть имена выборок, а в следующих k столбцах — расстояния до k ближайших соседей этой выборки.

Вы также можете ввести массив значений numpy без столбца меток в формате npy, но будьте осторожны, чтобы порядок образцов был таким же, как и входные данные.

--output-knn [ФАЙЛ]

Файл для сохранения графика kNN выборок. Файл будет представлять собой tsv с одной строкой на выборку и (k+1) столбцами.В первом столбце будут имена выборок, а в следующих k столбцах будут индексы k ближайших соседей (по их порядку в столбце 1).

Эти форматы knn являются результатами алгоритма ближайших соседей scikit-learn, которые затем помещаются во фрейм данных Pandas.

Файл с представлением образцов в скрытом пространстве, на которых выполняется кластеризация kNN для обмена информацией и/или микропулинга. Должен быть tsv с одной строкой на выборку и одним столбцом на измерение скрытого пространства.

--только-штрафы

Отметьте, чтобы Compass вычислял только штрафы за реакцию для набора данных. Это полезно для разделения нагрузки, когда требуется обмен информацией между ячейками; только вычисление штрафа должно выполняться централизованно, а последующие вычисления очков могут быть разделены между машинами.

Настройки компьютера¶

Количество процессов, которые Compass может использовать, каждый из которых обрабатывает один образец. Должно быть положительным целым числом и по умолчанию равно количеству процессоров на машине (с использованием Python multiprocessing.cpu_count() ). Игнорируется при отправке задания в очередь

--число потоков [N]

Количество потоков, используемых на выборку для решения задач оптимизации баланса потоков. По умолчанию – 1.

Как правило, для повышения производительности лучше увеличить количество процессов, чем количество потоков, если только количество процессов не превышает количество выборок. Это связано с тем, что, как правило, лучше решать несколько задач оптимизации одновременно, чем решать одну задачу оптимизации несколькими потоками.

Имя очереди крутящего момента для отправки

--прекэш

Флаг, заставляющий Compass создать кеш для выбранной модели и медиа. Это перестроит кеш, даже если он уже существует.

--размер микрокластера [C]

Целевое количество ячеек на микрокластер. Compass будет объединять похожие ячейки в кластеры и вычислять штрафы за реакцию для кластеров (используя среднее значение кластера).

--microcluster-file [ФАЙЛ]

Файл, в который будет выводиться tsv микрокластеров. Будет один столбец, где каждая запись имеет метку, указывающую, в каком микропуле/микрокластере находится образец. По умолчанию это micropools.tsv в выходном каталоге.

--microcluster-data-file [ФАЙЛ]

Файл, в котором будет выводиться tsv средней экспрессии генов на микрокластер. По умолчанию это micropooled_data.tsv в выходном каталоге.

При использовании микрокластеров совместное использование информации с лямбда > 0 обычно не требуется, поскольку микрокластеры уже служат той же цели. Если оба включены, информация также будет использоваться между микрокластерами.

Тестирование и скрытые настройки¶

Есть несколько аргументов Compass, которые не отображаются в синтаксическом анализаторе, поскольку они в основном предназначены для тестирования или пакетных заданий.

--глюкоза [G]

Экспериментальная функция для настройки концентрации глюкозы в среде. Значение по умолчанию – 1. Более высокие уровни повышают доступность глюкозы.

--тестовый режим

Флажок, который ограничивает подсчет баллов первыми 100 реакциями и первыми 50 метаболитами

--detailed-perf

Флаг, который включает сбор дополнительных данных о производительности, таких как время выполнения реакции на образец.

--собрать

Отметьте, чтобы Compass собирал результаты. Используется для пакетных заданий

--config-file [ФАЙЛ]

Настройка, используемая для пакетных заданий

--penalties-file [ФАЙЛ]

Файл, который позволяет указать файл штрафов, отличный от файла по умолчанию (то есть _tmp/penalties.txt.gz)

--lpmethod [N]

Аргумент для выбора алгоритма, который использует CPLEX. См. документацию Cplex для более подробной информации. При тестировании барьерный алгоритм (4) оказался самым быстрым и поэтому используется по умолчанию, а автоматический выбор (0) или двойной симплекс (2) также показали хорошие результаты.

--вперед [N]

Аргумент для выбора расширенной базовой настройки Cplex. См. документацию Cplex для более подробной информации. По умолчанию установлено значение 2, так как для тестов было найдено лучшее время выполнения.

--save-argmaxes

Отметьте, чтобы включить сохранение argmax для вычисления оценок Compass для каждой реакции. Забавный факт: жадное решение TSP на графе argmaxes, чтобы в полной мере использовать расширенные настройки базиса с помощью симплексного алгоритма, на практике не превзошло барьерный алгоритм.

Проблемы с сохранением изменений

Возможны случаи, когда вы вносите изменения в данные, и эти изменения не сохраняются. Большинство этих проблем на самом деле вызвано не компасом, а результатом работы Windows. Вот описание проблем:

(Обратите внимание: прежде чем приступить к решению этой проблемы, очень полезно настроить Windows так, чтобы вы могли просматривать расширения файлов.)

А. Не устанавливая изменения. Редактор не сохранит опрос, если не знает, что снимок или заголовок изменились. Если вы введете значение в одну из ячеек редактирования заголовка или ячейки редактирования кадра, изменения не вступят в силу, пока вы не выйдете из ячейки.Вы выходите из ячейки, нажимая клавишу Enter, одну из клавиш со стрелками или щелкая мышью по другой ячейке. Редактор также принудительно изменяет ячейку при смене страниц редактора. Если вы внесете изменения в ячейку, а затем попытаетесь сохранить файл, не выходя из ячейки, редактор не сохранит изменения. Вы можете определить, была ли запись записана, посмотрев на поле «Изменено:» на странице редактирования снимка.

Б. Файлы только для чтения. Все файлы Windows имеют набор связанных с ними атрибутов. Это атрибуты Archive , Read Only , Hidden и System . Если файл настроен только для чтения, никакая программа не может его изменять. Если для одного из ваших файлов опроса установлено значение «Только для чтения», Compass не сможет изменить файл, чтобы добавить ваши изменения, и они будут потеряны. . Кроме того, если какой-либо из файлов резервных копий (*.BAK) или временных файлов «C$$$$$$$$.$$$» настроен как «Только для чтения», у Compass могут возникнуть проблемы с обновлением этих файлов, что может привести к прекращению процесса сохранения до его завершения.

Если вы видите копию временного файла "C$$$$$$$.$$$", находящегося в папке с другими файлами пещеры, это верный признак того, что у Compass возникают проблемы с сохранением данных, потому что он не может удалить, переименовать или добавить новые данные в какой-либо файл. Compass создает только один из этих файлов «C$$$$$$$.$$$» на короткий период времени при сохранении данных. Единственный раз, когда Compass оставит этот файл, это когда он не сможет создать, удалить, сохранить или добавить данные в существующий файл.

Чтобы решить эту проблему, я внес изменения в Compass, чтобы он всегда удалял атрибут "Только для чтения" при работе с файлами. Однако могут быть случаи, когда он не может удалить атрибут или имеет другие проблемы с атрибутами. По этой причине вам следует удалить этот атрибут из всех файлов Compass. Вы можете сделать это, найдя файлы в проводнике Windows и щелкнув их правой кнопкой мыши. Выберите параметр «Свойства» и убедитесь, что параметр «Только для чтения» не отмечен.

Обязательно проделайте этот процесс со всеми файлами опроса (DAT), файлами резервных копий (BAK) и временными файлами (C$$$$$$$$.$$$). Вы также можете просто удалить все временные и Сделайте резервную копию файлов, но будьте осторожны, чтобы не удалить файлы данных.

С. Дата файла. Иногда файлы могут иметь неправильную дату. Это может произойти, если часы компьютера неверны. Compass использует дату каждого файла для принятия решений о том, когда обрабатывать файлы. Если дата файла в файле неверна, Compass может принять неправильное решение. Это может привести к тому, что недавно добавленные опросы не будут отображаться на графике. Например, если у вас есть файл «Закрытые данные» (CLP), дата которого установлена ​​на год вперед, Compass будет сбит с толку. Compass обычно закрывает данные съемки, когда файл данных съемки новее, чем файл закрытых данных. Однако, если дата файла установлена ​​на год вперед, файл данных всегда будет старше закрытого файла данных, и поэтому Compass никогда не закроет его повторно. В результате на графиках будут появляться одни и те же старые данные, даже если вы добавили в файл новые опросы.

Решение этой проблемы – заставить менеджера проекта закрыть данные. Вы можете сделать это, установив параметр «Закрыть все» в «Диспетчере проектов», а затем нажав кнопку «Обработать и просмотреть». Вы также можете решить эту проблему, удалив все ваши файлы CLP. Будьте осторожны, чтобы не удалить файлы данных съемки (DAT) или файлы проекта (MAK).

Д. Файл открыт более чем одной программой. Если один из ваших файлов опроса был открыт двумя программами, вы не сможете изменить данные в файле. Например, относительно легко открыть файл исследования в двух разных версиях редактора, дважды щелкнув кнопку «Редактировать исследование пещеры или файл» в Менеджере проекта. Эта проблема относительно легко решается. Просто убедитесь, что вы запускаете только одну копию редактора за раз.

Э. Несколько версий данных. Нет ничего необычного в том, что несколько копий одних и тех же данных обследования доступны на компьютере. Иногда он находится в разных папках или на жестких дисках. Иногда он находится на другом компьютере или сервере в сети. Это может вызвать проблему, когда вы редактируете один набор данных, но обрабатываете и отображаете другой набор данных. Это приведет к тому, что любые внесенные вами изменения не отобразятся на окончательном графике.

Вы можете решить эту проблему, убедившись, что программа всегда работает с одними и теми же данными. Это также помогает избавиться от лишних копий одних и тех же данных. Вам также следует избегать наличия более одной копии Compass на вашем компьютере. Это связано с тем, что разные версии Compass могут по умолчанию использовать разные папки, что приводит к путанице в отношении того, какие данные обрабатываются.

Compass Documents позволяет хранить в DMS файлы трех разных типов:

· Изображения документов — это плоские изображения, хранящиеся в DMS. Документы, отсканированные с помощью Compass Capture, и документы, отправленные в DMS с помощью Compass Forms, являются примерами изображений документов. После отправки в DMS они становятся недоступными для редактирования.В Compass Documents будут запускаться изображения следующих типов файлов:

· Документы без изображений — это документы (например, документы Word), которые импортируются в Compass Documents и отправляются в DMS без преобразования в изображение. Поскольку это не изображения, их можно редактировать. После редактирования новая версия сохраняется в DMS, сохраняя оригинал. При открытии они запускаются в родном приложении. Сторонние документы следующих типов файлов можно сохранять в DMS, получать к ним доступ через Compass Pilot и запускать в соответствующих собственных приложениях:

o файлы Microsoft Word (.doc; .docx)

o файлы Microsoft Excel (.xls; .xlsx)

o Файлы Microsoft PowerPoint (.ppt; .pptx)

o Файлы формата Portable Document Format (.pdf)

· Аудиофайлы — это аудиофайлы, хранящиеся в DMS. При открытии запускается медиаплеер по умолчанию и воспроизводит аудиофайл. Аудиофайлы следующих типов файлов будут запускаться в медиаплеере по умолчанию:

Пользователи Laserfiche могут запускать документы в Laserfiche и изменять их, выделяя, поворачивая и добавляя стикеры и штампы. Дополнительные сведения см. в разделе «Работа с документами в Laserfiche».

Если установка с Laserfiche имеет сервер, предшествующий Windows 2012, записи реестра для файлов M4A может не существовать, и ее может потребоваться добавить вручную.

Авторское право © 2015 Northwoods Consulting Partners. Все права защищены. Northwoods, логотип Northwoods Bear, CoPilot и Compass являются зарегистрированными товарными знаками и знаками обслуживания Northwoods Consulting Partners, Inc. Все остальные товарные знаки и знаки обслуживания являются собственностью соответствующих владельцев.

Уже более 20 лет функция "Очистка диска" присутствует в каждой сборке Windows. Это быстрый и простой способ освободить место на жестком диске, избавившись от ненужных системных и временных файлов.

В выпуске Windows 10 от октября 2018 г. Microsoft добавила флажок, позволяющий пользователям также удалять содержимое своей папки загрузок.

К сожалению, значительный процент пользователей загружает важный файл, обращается к нему, вносит в него изменения, а затем сохраняет эти изменения, оставляя файл в папке загрузки. Это означает, что когда они позже запустят функцию очистки диска, если они не будут осторожны, они могут легко удалить важный файл, который они не собирались делать. Плохо.

В выпуске Windows 10 от мая 2020 г. компания предприняла шаги для исправления этой проблемы. Папка загрузок больше не является вариантом, который вы можете выбрать, когда речь идет об освобождении места на жестком диске.

Это еще не все. В 2018 году Microsoft представила еще одну новую функцию под названием «Storage Sense», которая, по-видимому, станет возможной заменой почтенной функции очистки диска. В отличие от предыдущей функции, Контроль памяти отслеживает свободное место на жестком диске в режиме реального времени и автоматически удаляет ненужные системные и временные файлы, когда места становится слишком мало.

Более того, контроль памяти можно настроить таким образом, чтобы любые файлы в папке "Загрузки" рассматривались как временные файлы, а также удалялись. То есть, если они не использовались какое-то количество дней, указанное пользователем. Но лучше всего то, что это самое последнее изменение.

Microsoft рассказала о последнем усовершенствовании:

"Исходя из отзывов, если ваша папка "Загрузки" синхронизирована с облачным провайдером, мы отключаем параметр, позволяющий Контролю памяти циклически очищать папку "Загрузки".

На наш взгляд, это исключительный шаг. Это предотвращает непреднамеренное удаление любых облачных файлов как непреднамеренное следствие вашей конкретной конфигурации Storage Sense. Кроме того, это значительно снижает вероятность того, что вы случайно удалите что-то, что вам отчаянно нужно и от чего вы никогда не собирались избавляться. Спасибо Microsoft за недавнее изменение!

Читайте также: