Файл ошибки обработки файла должен иметь только один лист
Обновлено: 02.07.2024
Вы можете оставить заявку на любом этапе и вернуться, чтобы закончить ее позже.
Во время отправки вы можете просмотреть свои предыдущие шаги, нажав на предыдущие вкладки.
Если вы решили исправить свои предыдущие записи (например, изменить дату выпуска на этапе «Общая информация»), нажмите кнопку «Продолжить» на редактируемых страницах, чтобы сохранить изменения.
Существует разница между сообщениями об ошибках ( ) и предупреждениями ( ) на портале отправки. Сообщения об ошибках описывают ошибку и предлагают решение. Ошибки должны быть исправлены, прежде чем вы сможете перейти к следующему шагу отправки. Предупреждающие сообщения, с другой стороны, пытаются предотвратить возможную ошибку. Они не мешают вам продолжить отправку, и вы можете продолжить отправку, если ваши данные представлены точно..
Если ошибка произошла в образце файла атрибутов или в файле метаданных SRA, удалите эту версию файла, нажав кнопку Удалить, и загрузите новый исправленный файл.
Этапы отправки
Рисунок 1. Этапы отправки SRA, включая регистрацию новых BioProject и BioSamples
1. Отправитель
Пожалуйста, проверьте правильность вашей контактной информации и при необходимости создайте группу соавторов. При обращении к нам по возможности используйте свой основной адрес электронной почты.
2. Общая информация
Выберите «Да» в первых двух разделах этого шага, если вы уже зарегистрировали свой проект и образцы в мастерах портала отправки BioProject и BioSample. Если вы выберете Нет, мастер отправки SRA попросит вас создать их, что может привести к созданию дубликатов вашего существующего проекта и/или образцов, что приведет к ошибкам отправки.
Укажите дату выпуска в третьем разделе этого шага. Дата выпуска по умолчанию установлена на «Выпуск сразу после обработки».
Вы сможете изменить дату выпуска позже в пользовательском интерфейсе SRA. Инструкции по изменению даты выпуска см. в разделе Изменение даты выпуска.
3. Информация о проекте
4. Тип биообразца
Если вы определили, что ваши человеческие данные должны быть отправлены через dbGaP, удалите текущую отправку и обратитесь к Руководству по отправке dbGaP.
5. Атрибуты биообразца
Внимание: обработка заявки может быть отложена из-за необходимости проверки куратором
Проблема
Самая распространенная причина – неоднозначное название вашего организма. Пример: в столбце «Название организма» вашей электронной таблицы микробов или метагеномных атрибутов вы ввели название «Бактерии». Название «Бактерии» само по себе неоднозначно, так как существует два таксона с этим названием — «Бактерии» как надцарство клеточных организмов и «Бактерии» как род палочников. Организм «Бактерии» также неверен. Образцы микробов требуют, чтобы названия организмов были более конкретными, чем надцарство. Для метагеномных образцов и образцов из окружающей среды родословная организма должна начинаться с неклассифицированных последовательностей, а
название организма должно заканчиваться словом метагеном.
Решение
Укажите наиболее подходящий таксон для каждого организма/метагенома в браузере таксономии NCBI. Выбор точного и наиболее конкретного названия для организма/метагенома упростит отправку биообразца.
Для получения дополнительной информации см. документацию BioSample.
Ошибка: несколько биообразцов не могут иметь одинаковые атрибуты
Эта проверка была реализована, чтобы побудить отправителей включать отличительные метаданные в свои образцы. Информация в названии образца, описании и заголовке не учитывается, поскольку свободный текст не является частью контролируемого словаря.
Проблема
После заполнения значений атрибутов, представленных в шаблоне, ваши образцы нельзя отличить хотя бы по одному или комбинации атрибутов.
Решение
Сделайте объединенное значение всех атрибутов уникальным для каждого образца, учитывая, что "название образца", "название образца" и "описание" не включены в эту проверку на "уникальность".
- Найдите образцы характеристик, которые имеют смысл, но отсутствуют в наборе атрибутов, предлагаемых в шаблоне. Очень часто такие характеристики скрыты в названии, названии или описании образца.
- Вставьте столбец (или столбцы) в электронную таблицу Excel, например, соленость (PSU), время сбора (час:мин AM/PM) и т. д., и укажите значение для каждой пробы.
- Если ваша заявка включает биологические реплики, добавьте столбец реплик на лист «biosample_attributes» и запишите туда номера реплик, чтобы различать их. Для технических реплик в этом нет необходимости, так как должен быть зарегистрирован только один биопроба, а затем указан в нескольких строках вашего листа «sra_metadata», по одной строке на реплику.
Ошибка: эти образцы имеют одинаковые имена образцов и идентичные атрибуты
Проблема
В вашей текущей заявке SRA вы повторно создали образцы, которые дублируют образцы, которые вы уже зарегистрировали в другом месте, и портал отправки не позволяет вам создавать дубликаты.
Решение
- Вернитесь на вкладку «Общая информация» и выберите переключатель «Да» на вопрос «Вы уже зарегистрировали биообразцы для этого набора данных?» и нажмите кнопку Продолжить. Мастер отправки SRA пропустит этапы отправки BioSample.
- Используйте существующие образцы образцов на этапе метаданных SRA при отправке. Чтобы найти образцы образцов, которые вы уже зарегистрировали, нажмите ссылку «Мои материалы» в верхней части страницы (рис. 3).
6. Метаданные SRA
Ошибка: ваши метаданные SRA были отклонены
Проблема
Ваш файл SRA_metadata был отклонен из-за ошибок.
Решение
- Загрузите шаблон SRA_metadata (остерегайтесь использования устаревшего шаблона, который вы сохранили на своем компьютере некоторое время назад)
- Прокрутите сообщения об ошибках до файла метаданных и нажмите кнопку "Удалить" (рис. 4).
- Загрузите исправленный файл SRA_metadata и нажмите кнопку "Продолжить".
Инструкции по правильному заполнению таблицы метаданных SRA можно найти здесь:
- В справке мастера отправки SRA
- В рабочей тетради контактная информация и инструкции шаблона, загруженного в формате Excel
7. Файлы
Нет доступных папок для загрузки
Проблема
Вы загрузили свои файлы в корень папки вашей учетной записи или в папку, вложенную в папку отправки.
Решение
Если вы перенесли свои файлы с помощью FTP-клиента, такого как FileZilla, вы можете легко переместить файлы в нужную папку, перетащив их.
Если вы использовали FTP из командной строки, вы можете использовать команду rename для перемещения файлов, например:
переименовать fish.fastq ./data_folder/fish.fastq
Внимание! Вы загрузили один или несколько дополнительных файлов, которых нет в вашей таблице метаданных
Проблема
Вы загрузили файлы, которые не указаны в вашем шаблоне метаданных SRA, в папку отправки случайно или намеренно.
Решение
Если вы не собираетесь включать эти файлы в заявку SRA, нажмите кнопку Продолжить .
Если вы намерены включить эти файлы в отправку SRA, вернитесь к шагу Метаданные SRA и обновите электронную таблицу SRA_metadata, чтобы включить эти файлы.
Обратите внимание, что в вашу заявку SRA будут включены только те файлы данных, которые перечислены в вашей таблице метаданных. Все файлы, не включенные в метаданные SRA, будут игнорироваться.
Папка отправки, в которую вы загрузили файлы данных, является временной и будет удалена из папки вашей учетной записи на портале отправки.
Внимание! Отсутствуют файлы:
Проблема
Вы загрузили все свои файлы в архив и правильно перечислили каждый файл, содержащийся в архиве, в таблице метаданных SRA. Программа обнаружила наличие архива и предлагает нажать кнопку Продолжить, чтобы позволить ей извлечь все файлы из архива и сопоставить их имена с таблицей метаданных SRA.
Решение
Если вы уверены, что в архиве есть все файлы, пропавшие без вести, нажмите кнопку Продолжить .
Открытие больших архивов может занять от нескольких минут до нескольких часов.
Ошибка: некоторые файлы отсутствуют. Загрузите отсутствующие файлы или исправьте таблицу метаданных.
Проблема
Программа не нашла все файлы, перечисленные в таблице метаданных SRA, в папке отправки, и нет архивов для дальнейшего поиска.
Решение
Загрузить файлы, пропавшие без вести. Кроме того, убедитесь, что имена файлов, указанные в таблице метаданных, включают расширения файлов (.fq, .fastq, .sff и т. д.) и действительно те, которые вы загрузили (иногда различия очень тонкие и их трудно обнаружить). В последнем случае вернитесь на вкладку «Метаданные SRA», удалите файл метаданных и загрузите новый с правильными именами файлов. Нажмите кнопку Продолжить .
8. Обзор
Убедитесь, что вы нажали кнопку "Отправить"
После отправки
Обработка SRA занимает более 24 часов
Проблема
Решение
Ошибка: файл поврежден. Пожалуйста, перезагрузите файл.
Проблема
Либо у вас есть поврежденные файлы на вашей стороне, либо файлы были повреждены во время передачи.
Решение
В этом случае вам придется повторно загрузить файлы, которые были повреждены: нажмите кнопку Исправить и следуйте инструкциям. Имена файлов должны совпадать.
Перед повторной загрузкой проверьте целостность файлов на своей стороне. В случае gzip-файлов вы можете использовать следующую команду:
Если утилита gzip сообщила об ошибке, найдите и загрузите неповрежденную версию этого файла, прежде чем продолжить. Если файл в порядке, загрузите его повторно.
Нажмите кнопку "Отправить" .
Ошибка: во время обработки отправки произошла ошибка. Свяжитесь с нами.
Проблема
Решение
Свяжитесь с персоналом SRA
При открытии или сохранении файла в Microsoft Excel может появиться одно из следующих сообщений об ошибке:
Сообщение об ошибке 1
Недопустимое имя файла.
Сообщение об ошибке 2
Не удалось получить доступ к файлу.
Сообщение об ошибке 3
Введенный вами путь ' ' слишком длинный. Введите более короткий путь.
Сообщение об ошибке 4
не удалось найти. Проверьте правильность написания имени файла и правильность расположения файла.
Сообщение об ошибке 5
В Microsoft Office Excel 2007 может появиться следующее сообщение об ошибке:
<р>' . ' невозможно найти. Проверьте правильность написания имени файла и правильность расположения файла. Если вы пытаетесь открыть файл из списка недавно использовавшихся файлов в меню "Файл", убедитесь, что этот файл не был переименован, перемещен или удален.Чтобы проверить сообщение об ошибке, которое вы получаете в Excel 2007, нажмите Ctrl+Shift+I. В правом нижнем углу этого диалогового окна сообщения об ошибке отображается следующий номер:
Примечание. Microsoft Office 2000 имеет встроенные функции, которые позволяют вам получать больше информации о предупреждениях или сообщениях об ошибках, которые трудно устранить.
Примечание. Если вы попали в эту статью, нажав кнопку «Информация в Интернете» в сообщении об ошибке, значит, у вас уже включены настраиваемые оповещения.
Причина
Это сообщение об ошибке появляется при сохранении или открытии файла, если длина пути к файлу (включая имя файла) превышает 218 символов. Это ограничение включает три символа, обозначающие диск, символы в именах папок, обратную косую черту между папками и символы в имени файла.
Это поведение основано на ограничении в 256 символов в Excel для создания ссылок на другой файл. Это ограничение в 218 символов для имени пути основано на следующем:
До 31 символа в имени листа.
Апострофы и скобки, используемые для обозначения названия книги.
Восклицательный знак.
Ссылка на ячейку.
Например, путь к файлу может выглядеть следующим образом:
'c:\excel\personal\. \[my workbook.xls]up_to_31_char_sheetname'!$A$1
Примечание. Это также происходит, если в пути есть квадратная скобка.
Что попробовать
Убедитесь, что путь к файлу содержит менее 219 символов. Для этого воспользуйтесь одним из следующих способов:
Переименуйте файл, чтобы он имел более короткое имя.
Переименуйте одну или несколько папок, содержащих файл, чтобы они имели более короткие имена.
Переместите файл в папку с более коротким путем.
Дополнительная информация
Обратите внимание: если вы введете 255 символов в поле "Имя файла" в диалоговом окне
Сохранить как и нажмете "ОК", вы получите следующее сообщение об ошибке:
Введенный вами путь, "
", слишком длинный. Введите более короткий путь.
Кроме того, если вы попытаетесь сохранить файл, длина пути которого превышает 255 символов, вы получите следующее сообщение об ошибке:
Не удалось получить доступ к файлу. Попробуйте один из следующих способов:
- Убедитесь, что указанная папка существует.
- Убедитесь, что папка, содержащая файл, не доступна только для чтения.
- Убедитесь, что имя файла не содержит ни одного из следующих символов: ? [ ] : | *.
- Убедитесь, что имя файла/путь не содержит более 218 символов.
Выглядит знакомо? Вы, вероятно, сталкивались с этими сообщениями об ошибках импорта, если вам когда-либо приходилось импортировать CSV-файл. Несмотря на достижения почти во всех аспектах технологии, передача файла CSV из одной системы в другую по-прежнему остается основным камнем преткновения. А поскольку клиенты не могут использовать ваше приложение, не имея возможности заполнить свои данные, проблема с импортом CSV часто возникает в самый неподходящий момент — во время процесса адаптации клиента.
Вы можете подумать, что решили проблему, создав инструкции для клиентов о том, как правильно форматировать CSV для импорта, или предоставив готовый шаблон CSV, чтобы они могли манипулировать своими данными в соответствии с вашими потребностями импорта. Но на самом деле вы ничего не "решили". Вы только что переложили бремя исправления ошибки импорта CSV на своего клиента — как раз в тот момент, когда вы пытаетесь произвести на них впечатление своим технологическим опытом.
Первый шаг к правильному устранению ошибки импорта CSV – четкое ее понимание.
Вот основные проблемы с импортом CSV, которые могут вызвать серьезные проблемы при импорте ваших файлов.
<р>1. Размер файлаОдна из наиболее распространенных ошибок при импорте CSV – это слишком большой размер файла. Это может быть вызвано слишком большим количеством полей или записей в файле, слишком большим количеством столбцов или слишком большим количеством строк. Ошибка импорта может быть вызвана ограничениями, установленными программой при использовании файла, или объемом доступной памяти в системе. Если ваш импорт не удался из-за проблем с размером файла, вам нужно вернуться и разбить файл на более мелкие файлы, что позволит успешно загрузить его.
Еще одна ошибка импорта ключа, которая появляется при загрузке CSV-файла, связана с сопоставлением. Это могут быть столбцы, которые не соответствуют ожидаемым именам полей из-за значений, отличных от ожидаемых, имена полей не в первой строке или просто полное отсутствие имен столбцов.
Ошибка сопоставления также может возникнуть, если ожидаемые столбцы расположены в неправильном порядке или обязательные поля — столбцы — отсутствуют.
<р>3. Перевод (данные):Ошибка перевода данных может возникнуть, если кодировка неверна или непредвиденна. Другой причиной может быть наличие нестандартных символов, которые нельзя использовать. Например, может потребоваться сохранить файл в кодировке UTF-8, чтобы этот файл правильно работал на платформе компании. Попытка импортировать данные с другими закодированными файлами просто не сработает. Посмотрите этот пример использования Inkit, чтобы увидеть именно этот пример.
Улучшить процесс загрузки данных
Легко импортировать данные о клиентах
Проблемы со значениями данных могут быть серьезной причиной ошибок импорта CSV. К ним относятся непредвиденная длина данных — слишком длинная или слишком короткая. Это также может означать недопустимые символы, такие как текст в столбце, состоящем только из чисел, или числа в логическом значении (логическое значение — это тип данных с двумя возможными значениями: true или false.)
Связанные поля с конфликтующими данными, например записи с несколькими типами уникальных идентификаторов, когда разрешен только один, вызовут ошибки. Например, названия городов или штатов отличаются от их фактических почтовых индексов или даже связанных полей, в которых нет обязательных данных.
<р>5. Отсутствуют данныеОтсутствие данных — одна из самых распространенных ошибок при импорте CSV. Примеры включают неполные данные, которые может исправить пользователь, такие как счета, в которых указан месяц и день, но нет информации о годе. Другие неполные данные могут быть обработаны пользователем с помощью системы, в которой он работает. Отсутствующие данные города/штата с присутствующими почтовыми индексами и существующей информацией о роли контакта обычно могут быть добавлены автоматически. Информация о новой роли контакта, включая предложения от систем, основанные на сопоставлении связанных контактов или данных, должна быть исправлена в системе вручную.
В некоторых случаях неполные данные должны быть получены человеком или другой системой. Например, данные о продажах недвижимости, в которых отсутствует исходная дата списка, или сопоставимая информация об имуществе, могут быть извлечены из общедоступных записей.
<р>6. Неперевариваемые форматы:К неперевариваемым форматам относятся простые несоответствия форматов, требующие нормализации формата, такие как номера телефонов или номера социального страхования, которые представляют собой числа без символов. Сложные несоответствия форматов потребуют нормализации формата И нормализации данных, например, когда формат даты отличается от ожидаемого, несовместим или включает текст, а не нормализован, например, "31 июля 2020 года" или "20 июня 19".
Сведение к минимуму ошибок при импорте CSV-файлов может занять много времени и сил, но есть лучший способ: использование стандартного решения для импорта данных CSV может устранить эти распространенные ошибки и упростить процесс импорта.
Платформа загрузки данных Flatfile предназначена для того, чтобы помочь вашей команде беспрепятственно импортировать данные о клиентах. Всего за несколько кликов данные сопоставляются, проверяются и успешно импортируются. Теперь данные клиентов чисты и готовы к использованию. Интеграция Flatfile в ваш продукт означает, что ваша команда может сосредоточиться на более значимой работе, например на создании уникальных функций. Flatfile обеспечивает более быстрый и удобный импорт данных для ваших клиентов, партнеров и поставщиков.
Читайте также: